中山大学和华大基因联合举行“石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成”新闻发布会
2011-03-18 00:00:00.0
2011年3月18日，中山大学和华大基因在中山大学召开新闻发布会，宣布“石斑鱼基因组序列图谱绘制完成”。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱，也是世界上首个鲈形目鮨科石斑鱼类基因组序列图谱。中山大学副校长徐安龙教授、校长助理、科技处处长夏亮辉研究员、生命科学学院林浩然院士、生命科学学院副院长束文圣教授、华大基因科技合作总裁尹烨、项目总监赵金阳、广东海洋与渔业局总工程师冯吉南、科技处长郑增豪、广东省大亚湾水产试验中心主任张海发等专家领导出席了本次发布会。
下午4点，新闻发布会在中山大学校长助理、科技处处长夏亮辉的主持下正式开始，项目负责人林浩然院士发言，宣布“石斑鱼全基因组序列图谱”绘制完成，并介绍了石斑鱼全基因组测序的背景、目的、意义及最新进展。
石斑鱼类隶属鲈形目（Perciformes），鮨科（Serranidae），石斑鱼亚科（Epinephelinae），石斑鱼属（Epinephelus），为暖水性礁栖鱼类，广泛分布于印度洋和太平洋的热带、亚热带海域。石斑鱼是驰名世界的名贵海产鱼类之一，其肉质鲜美，营养丰富，为餐桌中的上等佳肴，被港澳地区推为我国的四大名鱼之一，深受各地消费者的喜爱，经济价值巨大。
石斑鱼是典型的雌雄同体雌性先熟鱼类，在高龄的时候会发生天然的性别转变。在石斑鱼全基因组测序的基础上，将能鉴别石斑鱼性别调控的基因并揭示石斑鱼性别分化和性别转化的相关功能基因的作用机制，对于揭示整个脊椎动物性别决定机制的形成及进化途径有非常重要的理论价值，对于建立鱼类性别控制的生物技术途径具有重要意义。
石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成将提供大量的重要性状相关功能基因和分子标记，有利于从功能基因组角度揭示石斑鱼生长、发育、营养、代谢、繁殖、遗传、免疫等重要生命现象的分子机制，建立石斑鱼品种改良的理论基础，为建立石斑鱼基因组辅助育种技术，快速培育抗病、抗逆、优质、高产的优良品种奠定重要基础。
石斑鱼基因组测序采用的是全基因组鸟枪法测序（WGS）策略，使用Illumina基因组分析仪（Hiseq 2000）测序技术。项目组通过条件摸索和样品筛选，克服了石斑鱼基因组高杂合度的问题，分别构建了170bp、500bp、800bp、2kb等不同插入片段长度的文库，进行双末端测序，得到数据总量约为60Gp。石斑鱼基因组大小约为1.1Gb，拼接组装所获得的序列Contig N50的长度为15.7kb，Scaffold N50的长度超过180kb，基因区覆盖度超过90%。目前，项目组正在加紧绘制石斑鱼全基因组的精细图谱。
华大基因科技合作总裁尹烨说：“石斑鱼基因组测序项目是华大基因‘千种动植物基因组计划’的合作项目之一，华大基因在海洋生物研究领域已经取得了一系列卓越的成就，先后合作完成了牡蛎基因组序列图谱和半滑舌鳎基因组序列图谱的绘制工作，开辟了我国水产生物研究的基因组时代，华大基因将依托先进的测序能力和强大的信息分析能力在海洋生物领域展开更加深入的研究，进一步推动基因组学研究在水产养殖的应用发展。”
