2013年9月4日，华大基因高通量测序实验室正式通过中国合格评定国家认可委员会(CNAS)的认可评审，获得CNAS签发的资质认可证书，证明实验室符合ISO/IEC 17025：2005《检测和校准实验室能力认可准则》的要求，具有提供正确的技术结果和检测服务能力。此次通过认可的检测项目包括：全因组测序（WGS）、外显子捕获测序（Exome Capture and Sequencing）、基因分型（Genotyping）、转录组测序（RNA-Seq）。

这是华大基因继获得ISO9001、ISO14001、OHSAS18001认证、ISO27001认可后，再次通过CNAS的认可，成为中国首个通过CNAS认可的新一代高通量测序检测实验室。除此之外，目前华大基因也正在积极开展ISO15189、CAP（College of American Pathologists）、CLIA（Clinical Laboratory Improvement Amendments）等一系列专业认证。

华大基因高通量测序实验室会持续地严格按照ISO/IEC 17025《检测和校准实验室能力认可准则》的要求、实验室的各项管理要求、技术运作程序以及相应的法律法规，不断地借鉴和吸收国内外先进的质量管理体系，持续改进，并在CNAS的监管下，持续为客户提供优质的检测服务。