2012年国际计算生物协会亚洲会议暨深圳计算基因组学大会在深隆重召开

2012-12-18 00:00:00.0

2012年12月17日，由深圳华大基因研究院与国际计算生物协会（ISCB）联合举办的“国际计算生物协会亚洲会议暨深圳计算基因组学大会”（ISCB-Asia/SCCG 2012）在深圳隆重召开。据悉，ISCB首届会议曾于2011年在马来西亚举行，本次大会是SCCG首届会议与第二届ISCB会议合并举行，为全球计算生物学、生物医学信息学及相关领域的研究者人员提供了一个更广阔、更集中的交流平台。本次会议为期三天，共吸引了100多名科研人员、企业代表等参会者。

上午八点半，会议正式拉开帷幕。日本产业技术综合研究所（AIST）计算生物学研究中心教授、ISCB-Asia/SCCG 2012会议主席Paul Horton和德国慕尼黑工业大学教授、ISCB主席Burhard Rost分别致开幕词，并简要介绍了ISCB的发展历程及现状。ISCB自成立以来一直致力于为计算生物学领域研究、学习、交流提供良好平台，如今其已发展成为一个拥有来自70多个国家的3000多名会员的庞大组织。

在主题大会中，日本横滨理化研究所RIKEN Omics中心负责人Piero Carninci教授和联科集团吴秉宗（Ng Ping Chung）博士分别围绕自己的研究工作，提出了新的技术和研究思路。Carninci教授做了题为《哺乳动物转录复杂性》的报告，向大家介绍了一些鉴定调控基因表达的转录网络的新技术，比如CAGEscan技术等，这些新技术已经在RIKEN Fantom计划中广泛应用。吴博士讲述了联科集团为生物信息研究提供支持的最新、最全面的技术——ClusterTech Life-science Analysis Suite（CLASS）。据介绍，CLASS可以显著节省成本，并可提供即时可用的硬件和软件设施，有助于研究人员更好的处理生物学中的计算问题，而且还可支持高性能云计算。

接下来，与会人员分别围绕“新一代测序技术”、“癌症基因组信息”、“云计算和可重现生物信息分析流程”、“蛋白质信息学”、“元基因组”、“RNA信息学”以及“计算生物学中的开放性问题”展开热烈讨论。所有报告内容紧扣大会主题，聚焦于计算生物学研究以及如何更好地实现研究和技术成果的应用转化。

单倍型信息对于诸如全基因组关联分析等各种遗传分析是至关重要的。从实验上确定单倍型具有很大难度，因此出现了越来越多的计算途径来从基因组数据中推断单体型信息。在本次会议上，来自日本东京大学计算生物学院的Hirotaka Matsumoto教授介绍了一种概率模型——MixSIH，用于解决单倍型组装问题。他还讲述了一些实例来对这种算法的准确性进行验证，通过选取了一些经过实验确定的来自不同单倍型且包含嵌合短序列的数据集，证实这种算法能够高度精确地提取单倍型片段信息。

日本产业技术综合研究所计算生物学研究中心的Martin Frith教授和大家分享了《用最传统的方法改进对亚硫酸盐转化DNA的比对》的精彩报告。基因组DNA中胞嘧啶的甲基化通常与许多生物学过程或疾病相关，传统的确定甲基化的方法是使用亚硫酸氢钠使未发生甲基化的尿嘧啶转变成尿嘧啶，然后再对基因组序列进行测序，与参考序列比对。Martin Firth教授向大家介绍了将DNA短序列比对到基因组中正确的位置上的关键步骤及方法，这种方法建立在似然比分值及空位种子等经典的比对技术上，可以更加精确的分析DNA甲基化情况。

基于新一代测序技术的无创产前基因检测作为一种新的检测手段，可以更准确、更安全的检测胎儿患染色体非整倍体疾病的风险。而母体外周血中的胎儿DNA浓度是该技术分析中的关键参数。来自香港中文大学李嘉诚健康研究中心及化学病理学系的孙昊（Hao Sun）教授介绍了一种统计混合模型——FetalQuant，这种模型采用最大似然法估计母体外周血中所含胎儿DNA的浓度，而不需要母体或胎儿的其他任何基因型信息，并且十分精确。孙教授强调，“FetalQuant将有助于扩展基于新一代测序的无创产前基因检测技术。”

在ISCB-Asia/SCCG 2012的海报展示环节，大约有40多张海报论文展出。据悉，本次大会所有入选会议论文将有机会发表在BMC Bioinformatics/BMC Genomics的特刊中，或推荐发表在Omics和GigaScience上。综述类以及技术发展类论文将被推荐发表在Briefings in Bioinformatics的特刊上。

在接下来两天中，大会将进一步讨论癌症基因组学、现代生物学中的统计知识、云计算及可重现生物信息分析流程以及其他一些主题。其中一些精彩报告包括：《人类基因组调控趋序列和染色质特征》、《化合物数据库的隐私保护检索》、《通过RNA-seq方法获取转录组图谱》、《SignalP4.0：从跨膜区域识别信号肽》、《人类基因组功能区域占多少？》、《基于单碱基的甲基化组途径》等。