中科院昆明动物所与华大基因共同完成中国猕猴全基因组序列多态性分析并建立相关数据库
2011-07-19 00:00:00.0
中国科学院昆明动物研究所和深圳华大基因研究院的研究人员首次完成了对中国猕猴全基因组序列多态性分析，并基于分析产生的海量序列多态数据建立了CMSNP（the Chinese macaque single nucleotide polymorphism）数据库，将为进化和医学研究提供基础支持。这一研究成果于7月6日发表在国际知名杂志《基因组生物学》（Genome Biology）上。
猕猴生理上与人类较接近，因此是生物学、心理学、医学等多种学科研究工作中理想的试验动物，也是被最广泛使用的非人灵长类模式动物。完成对猕猴基因组的测序和分析将帮助人类更好地了解灵长类的进化过程，并将为今后的医学研究等提供更多有价值的信息。
研究人员采用新一代测序的方法完成了对中国猕猴基因组的测序并进行了分析。与已知的印度猕猴基因组序列比较，共发现了550万个单核苷酸序列多态性位点（SNP），其中294万个SNP是中国猕猴基因组中的杂合多态性，256万个SNP是中国猕猴和印度猕猴间的差异位点。同时，还发现了12万多个的基因组结构变异（Structural variation, SV）。此外，利用通用基因组浏览器（GBrowse),研究人员建立了中国猕猴全基因组序列多态性数据库(monkey.genomics.org.cn)，为进一步开展数据分析提供了一个可视化的平台。
华大基因项目负责人方晓东说：“猕猴作为一个重要的非人灵长类模式动物，对于生物医学的研究有非常大的帮助，了解其多态性情况将有助于研究人员根据试验目的选择合适的对象（如通过某种特定基因型的频率来选择）及解释试验结果（如遗传差异导致试验结果不一致等）。这只是我们在研究猕猴遗传背景工作框架中的一小部分，后续会有更详尽的猕猴遗传背景差异及进化历史的研究成果公布。”