2011年7月11日，由深圳华大基因研究院和中国农业科学院蔬菜花卉所等全球29家单位组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”共同完成的马铃薯基因组研究成果在国际顶尖科学杂志《自然》上在线发表，这是继2009年完成马铃薯基因组序列框架图之后，科学家们在马铃薯基因组学研究中取得的又一重大突破，对这一重要块茎作物的遗传改良及育种具有巨大的科学价值。

在该项目中，华大基因主要承担了马铃薯基因组的从头测序、组装以及生物信息学相关分析。马铃薯基因组测序深度为123X，组装后的马铃薯基因组大小为727Mb，对全基因组的覆盖度达到86%。马铃薯是第一个被测序的菊分支物种，对其基因组进行生物信息学分析发现了39,031个蛋白编码基因，其中2,642个是菊科植物分枝特有的基因。文章中还对马铃薯基因组进化、块状茎生长及抗病虫害相关的发现进行了阐述。

华大基因项目负责人徐讯介绍说：“在项目启动前期，由于二倍体马铃薯复杂的遗传基础，使研究人员面临基因组杂合度高、多倍性等困难。中国农业科学院蔬菜花卉所的黄三文教授提出以单倍体纯合马铃薯为材料，采用全基因组鸟枪法策略和较低成本的新一代测序技术完成该项目。华大基因凭借其国际一流的测序平台和丰富的生物信息学分析经验，在该项目中发挥了重要作用，为阐明马铃薯遗传机制和培养高品质的马铃薯品种提供了坚实的基础。”

发表文章：

Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature (2011) doi:10.1038/nature10158

(http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10158.html )