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华大基因应邀拜访广州市妇女儿童医疗中心
4月24日,应广州市妇女儿童医疗中心院长夏慧敏、主任邱琇的邀请,深圳华大基因研究院院长汪建、副院长张秀清、副院长王威、华南片区第一负责人彭智宇等一行7人参观了广州市妇女儿童医疗中心珠江新城院区。广州妇女儿童医疗中心夏慧敏院长、邱琇主任等院方领导热情接待汪建院长一行,并进行座谈。 在座谈会上,双方就儿童血液病、单基因病等多个方面的科研领域进行了深入的探讨,并就建立全面基因组学平台、开展广泛临床合作达成共识。 双方座谈气氛热烈,广州市妇女儿童医疗中心计划近期将安排科研团队赶赴华大基因就几个合作方向进行更深入的探讨。 据了解,广州市妇女儿童医疗中心于2006年9月正式成立,由广州市儿童医院和广州市妇幼保健院整合而成,是集预防、医疗、保健、科研、教学为一体的国家级三级甲等妇幼保健院。医院分娩量一直位居全市各级妇幼保健院之首,并于1996年率先建立脐血干细胞库,其产前诊断中心多次获得国家、省市科技进步奖。2012-04-25 00:00:00.0
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中坤集团副总裁谢勇来访华大 共商合作
2012年4月24日,中坤集团副总裁、中坤研究院执行院长谢勇一行来访华大基因。深圳华大基因研究院执行副总裁黄胜全、深圳华大基因研究院副院长李松岗、基地建设中心负责人李友谊、投资部经理熊力、科技服务体系副总裁许姣卉、海洋平台负责人石琼等予以热情接待。双方进行友好交谈,共商合作。 在李松岗副院长的详细讲解下,谢勇副总裁一行具体了解了华大基因的发展历程,科研成果及应用,技术体系,国家基因库,社会责任与民生,人才教育培养,产学研资联盟等。随后,来宾参观了华大基因八楼办公区、农业平台实验室、测序平台实验室。 座谈中,谢勇副总裁介绍了中坤集团的概况及对双方合作的思路和想法。黄胜全执行副总裁、李松岗副院长等相关领导提出了建议。双方达成一致,后续将针对普洱项目相关规划进行相互沟通,寻找合作切入点,并签订战略框架协议,最后在此基础上进行具体合作。2012-04-24 00:00:00.0
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华大基因推出首款云计算产品EasyGenomics™ 高效应对“大基因数据”挑战
2012年4月24日,华大基因宣布其成功构建了一个自主开发的云计算服务产品——EasyGenomicsTM(www.easygenomics.com),该产品旨在为“组学”研究领域的科研人员提供快捷、准确和易于操作的新一代测序分析服务,从而更好地应对及解决海量生物信息数据的存储、处理、计算和分析等问题。 以数据为驱动力的研究正引发着现代生命科学领域的巨大变革。“大数据”(Big data)成为近期兴起的一个热点话题。它被一些科学家称为“一种新型货币”和“一种新的石油”。美国总统奥巴马于3月29日刚刚宣布了他的“大数据”计划,并决定每年投资2亿美元来资助“大数据”研究。由此可见“大数据”的重要性,与之相关的研究也迫在眉睫。 云计算则成为解决这一难题的强大利器。基于此,华大基因构建了云计算平台并成功推出了其首款云产品——EasyGenomics。该产品为一套操作简单、灵活多样、集存储分析于一体的“一站式”自动化服务系统。据介绍,EasyGenomics主要集基因组学领域内的常用的和华大基因特有的数据及参数为一体,结合云存储和高性能计算技术,能够以更低的成本、更高的效率完成大量的数据处理及分析。 此外,EasyGenomics整合了Aspera公司的fasp™高速文件传输技术,有效解决了“大基因数据”的传输瓶颈。EasyGenomics在各种共享和私有网络环境中的数据传输速度比传统传输方法提高了约10到100倍,极大地降低了数据传输的成本,实现了基因组学测序数据的高效交流。 华大基因EasyGenomics产品主管何思飞表示:“Aspera是生命科学领域海量数据传输和管理的行业标准,其卓越的数据传输速度、网络带宽管理以及可靠性,使得EasyGenomics能够更加高效地进行大量基因数据的处理和分析。” EasyGenomics精心部署及构建了多项标准化生物信息分析流程及个性化比对、分析、注释服务。目前,EasyGenomics支持的数据分析服务主要包括外显子重测序(Exome Resequencing)分析、基因组重测序(Resequencing)分析、RNAseq分析、Small RNA分析,de novo基因组组装等。该平台可以为各大科研机构和生物科技行业用户提供高效数据传输、信息挖掘、生物信息分析等多种服务及创新解决方案。华大基因将继续完善EasyGenomics系统,并在未来5年中推出系列基于生物云计算平台的云产品,提供更多更丰富的生物信息分析服务,进一步推动基因组学研究向应用的转化。 深圳华大基因研究院副院长方林指出:“目前,华大基因已经拥有212 T Flops的峰值计算能力,总内存容量已达到37.2 TB,总存储能力已达到17 PB,此外,华大基因还在不断提升其高性能计算能力,希望可以为基因组学研究带来更多的创新解决方案。” 方林补充说:“我们的目标是以更低的成本和更高的效率完成大量的生物信息数据处理。通过云计算平台,全球的科研人员可以更加便捷地共享基因数据和软件系统,从而可以更好更快地开展各项研究工作,促进以基因信息为指导的临床诊断和治疗的贯穿应用。” 为适应更庞大数据存储、处理、分析与应用的要求,深圳华大基因研究院已和国家超算天津中心、深圳超算中心、广州超算中心等机构展开战略性合作,旨在进一步提高基因组学相关技术的研发和应用的效率。2012-04-24 00:00:00.0
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华大基因与国际半干旱热带作物研究所签署合作协议 共促作物分子育种创新及发展
2012年4月24日,深圳华大基因研究院和国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT) 正式签署合作备忘录,宣布双方将在应用基因组学和分子育种等领域开展长期合作,旨在通过新一代测序技术加速作物品种改良,提高作物产量质量,促进粮食生产的可持续性发展。此项合作协议的签署将对于改善亚洲和非洲撒哈拉以南地区的贫困农民的生计具有十分重要的意义。国际半干旱热带作物研究所所长William D Dar博士和华大基因研究院副院长张耕耘博士分别代表双方在协议上签字。 据协议,双方将主要对鹰嘴豆、穇子、花生、珍珠 粟、木豆和高粱等作物进行基因组测序和生物信息学分析。这些物种主要为国际半干旱热带作物研究所的作物研究物种,它们具有较高的营养价值和耐旱能力,但在边缘环境里的产量却相当低。目前,全球正面临着几十年来最严重的旱灾和饥荒,对于发展以科学为基础、可持续性为目标的新型农业是帮助人们摆脱贫困和饥荒的 最有效的办法。此次合作将在作物的品种改良、产量提高等方面发挥至关重要的作用,也将有效地应对由干旱地区气候变化和自然资源稀缺所带来的威胁和挑战。 William D Dar博士表示:“此次与华大基因合作协议的签署对提高世界半干旱热带地区人民的生活质量具有十分重要的意义。这不是合作的起点,而是标志着双方在各方面合作的加强。” 华大基因研究院副院长张耕耘博士也强调了此次合 作的重要性及意义,他指出:“基因组学的飞速发展将有助于极大地提高农作物的产量、品质和对病虫害抵抗力。对作物进行遗传改良是作物分子育种研究的重要课题。通过利用作物的全基因组序列信息,我们可以更好地解决食品安全和环境污染等一系列难题,进一步提高人民的生活质量。” 国际半干旱热带作物研究所基因组学中心负责人和木豆基因组研究项目首席科学家Rajeev K. Varshney博士说:“随着基因组测序技术和基因分型技术的发展,我们与华大基因的合作将不仅仅局限于对某一个物种的基因组进行解码,还将会对作物的中‘优良基因’进行筛选等研究。这将极大地降低新品种培育的成本,使农民也从中获益。” 华大基因亚太地区负责人梁鸿生表示:“我们很荣幸能够再次与国际半干旱热带作物研究所进行合作,凭借华大基因在基因组测序和分析方面多年的研究经验,我相信我们能够在‘组学’相关的领域中取得更多的突破,进一步促进印度和其他亚太地区农业的发展。” 2011年11月,由国际半干旱热带作物研究所和华大基因以及其他单位共同合作完成的木豆基因组研究成果,发表于国际权威杂志《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)。在世界的半干旱地区,木豆是一种非常重要的食用豆类,由于其高蛋白含量被称之为“穷人的肉”,与谷类一起搭配食用可保证当地居民的膳食平衡。木豆基因组结构和功能的研究对提高木豆的质量、产量和增强其对恶劣环境的抵抗能力以及防治病虫害等方面具有重要意义。2012-04-24 00:00:00.0
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中国出生缺陷监测中心主任朱军来访 探讨相关合作
2012年4月21日,四川大学华西医学中心、中国出生缺陷监测中心、四川妇幼卫生监测办公室主任朱军来访深圳华大基因研究院。华大基因院长汪建、副院长王威、副院长张勇、助理院长易鑫、院长助理程乐等予以热情接待。 在王威副院长、易鑫助理院长的介绍下,朱军主任详细了解了华大基因在各方面的发展概况,特别是健康服务以及国家基因库的建设。座谈会上,朱军主任与汪建院长就相关合作深入交谈。近期,双方将做进一步探讨和交流。2012-04-22 00:00:00.0
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广州市科信局副局长王越西率各大医院领导一行赴华大基因华南片区调研
2012年4月19日,广州市科信局副局长王越西等一行赴华大基因华南片区调研,共同探讨健康医疗合作意向事宜。广州医学院副校长张雅洁、广东省人民医院副院长袁向东、广东省中医院副院长卢传坚、广州市第一人民医院党委副书记饶慧兰、中大三院院长助理吴斌、南方医科大学处长李海燕、广州金域医学检验中心有限公司技术总监燕启江等陪同考察。华大基因华南区第一负责人彭智宇、华南片区刘俊杰、广州大学城健康产业产学研孵化基地总经理金维刚等予以热情接待。 华南片区第一负责人彭智宇详细介绍了华大基因发展历程、科研成果、技术体系、产业突破之健康服务、社会与责任及人才与教育等情况。王越西副局长及各大医院领导对华大基因的科研成果和创新模式表示赞叹,并饶有兴致地询问了华大基因健康服务的相关情况。 座谈会上,王越西副局长介绍了前期随广州市市长访问休斯敦健康医学城的见闻和收获,希望以德州医学中心的先进模式为借鉴,把广州医疗、健康产业的资源优势与华大基因的先进技术和科研优势进行有机结合,力争将广州打造成世界一流的健康医疗中心,并表示,科信局将全力支持华大基因在广州的发展。随后,各大医院领导详细询问了华大基因在产前筛查、HPV检测、单基因病检测等医疗相关技术,并就合作切入点进行探讨,希望把医院的样品、病例资源同华大基因的先进测序技术和分析手段进行创新结合,更好地关注民生、服务社会。2012-04-20 00:00:00.0
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深圳国家基因库:四万年时长的“高清电影”是如何炼成的?
新华网深圳4月16日电(记者王攀、付航)“以一部高清电影4GB、时长1.5小时算,如果把国家基因库当做一部高清电影看,要看四万年。”这是该项目负责人、深圳华大基因研究院助理院长张勇对国家基因库形象的形容。 深圳国家基因库自去年6月17日揭牌以来,备受舆论关注。张勇向记者介绍说,截至目前,国家基因库已经收集了13PB(100万 GB)的生物数据,包含基因组、转录组、蛋白质组、代谢组及表型的数据,同时也积累了约四十万份生物样本。预计基因库最终将达到EB(10亿GB)级别的 数据容量。 深圳国家基因库,由深圳华大基因研究院负责组建,是我国第一个国家级综合基因库。它的组建,可以更有效地保护、开发和利用中国宝贵的遗传资源,促进中国生物产业发展和维护国家生物信息安全,增强中国主动抢占生物技术领域制高点的能力。 和国际上已有的基因库相比,深圳国家基因库的特点是既有“湿库”也有“干库”:前者将把千万种实体的动植物、微生物和人类组织细胞 等资源和样本纳入网络;后者将汇集巨量的核酸、基因表达、蛋白、表型等多类数据信息,成为“大数据”生物学时代研究生物生长发育、疾病、衰老、死亡以及向 产业化推广的利器。 我国不断创新发展的信息科技则为国家基因库的未来发展提供了新的空间。随着我国超级计算机技术的成熟与发展,国家基因库已经开始着手将BT(生物技术)和IT(信息技术)这两项前沿科技融合。 “和国际上传统实验室相比,我们积累了一整套工业化、规模化的基因数据处理经验和项目运作经验,拥有近1000人的生物信息分析人员团队,这使得我们的科研方式更具规模性和成效性,在与全球其他测序机构的竞争中具备了特殊优势。”华大基因研究院新闻发言人杨碧澄介绍说。 大数据来自高通量的基因测序技术、蛋白质谱技术等。如:利用先进的第二代DNA测序仪,华大基因能够实现同时进行上千人的基因测 序,单个人的全基因组测序只需耗时15天,这和二十世纪九十年代,全球生命科学工作者花费十年才完成一个人体的全基因图谱测序形成鲜明对比。 “如果说第一代DNA测序仪是物种时代,第二代是个体时代,第三代是细胞时代,尺度的变小,意味着速度、效率的提升和成本的降低,以及我们对于生命的理解不断深入的过程。这一切伴随着大数据的爆发,而对这些大数据的解读与应用尤为重要。”张勇说。 为适应更庞大数据存储、处理、分析与应用的要求,深圳华大基因研究院正在和国家超算天津中心、深圳超算中心、广州超算中心等机构展开战略性合作。而下一步,将通过云计算的模式来组织存储和处理相关数据。 展望未来,深圳国家基因库还有望带动形成千亿元规模的周边产业集群。以人体的疾病检测为例。张勇介绍,目前,世界已知的单基因病有 6700多种,其中只有1000多种单基因病的发病机制比较明确,能指导临床检测和治疗。国家基因库通过大量的样本与临床知识积累,通过基因数据的采集与 挖掘,为单基因病的临床诊断提供基础数据支撑,将大大加速剩余5000多种单基因病发病机制的发现。 “以基因为纽带,人体的基因疾病检测、植物的育种、环境的治理在分子生物学水平上有望获得突破。”张勇说,“以国家基因库为基础,我国科学家和企业完全可以创造出错落有致、生机盎然的应用科技体系,这将给世界科技进步贡献一份力量。” 相关链接: 深圳国家基因库:四万年时长的“高清电影”是如何炼成的?2012-04-19 00:00:00.0
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广东省卫生厅厅长姚志彬一行莅临华大 全力支持华大创新发展
2012年4月18日,广东省政协副主席、卫生厅厅长姚志彬,中山大学副校长严光美,省食安办常委副主任、卫生厅副巡视员、办公室主任吴圣明,政医处处长温伟群,厅长秘书林海波等。深圳华大基因研究院院长汪建、行政院长龙岳华、副院长王威、健康科技负责人杨玲、健康科技营销负责人赵立见、华南区第一负责人彭智宇等予以热情接待。 在华大基因展厅,汪建院长和彭智宇为姚志彬厅长等详细介绍了华大基因发展历史,科研成果,技术体系,产业突破之健康服务,社会与责任及人才与教育等情况。姚志彬厅长饶有兴趣地询问了华大基因健康服务的相关情况,汪建院长等予以热情回应,姚志彬厅长对华大基因利用高通量降低成本的检测方式表示认可。 座谈中,汪建院长为姚志彬厅长等介绍了华大基因的发展历程及华大基因在健康方面开展的主要工作,他说,华大基因拥有“三机一库”(即测序仪、蛋白质谱仪、大型计算机和国家基因库),利用高科技为医疗健康服务,希望在未来能引领健康产业的发展,更好地为民生项目贡献力量。汪建院长希望华大基因可以得到广东省卫生厅的关注和指导,从而更好地为人民服务。 姚志彬厅长首先对华大基因突飞猛进的发展表示赞许。他指出华大基因应建立从科研技术层面进入到临床应用的渠道,表示一定会全力支持华大基因创新发展。2012-04-19 00:00:00.0
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华大基因与遵义市农科所、华南农大、四川农大签署生物资源战略合作协议 共同推动华南地区生物资源可持续发展
2012年4月17日,深圳华大基因研究院与遵义市农业科学研究所、华南农业大学园艺学院、四川农业大学玉米研究所签署生物资源战略合作框架协议,望能进一步提高重要经济物种种质资源评价、基因挖掘与利用等方面的研究水平,加快科技创新与人才培养,推动科研、生产和相关产业快速发展,为实现华南区生物资源可持续发展做出积极贡献。 遵义市农科所所长余吉平、四川农大玉米所常务副所长、校研究生处处长潘光堂、华南农大园艺学院副院长、广东省蔬菜战略专家胡开林、深圳华大基因研究院助理院长尹烨等领导出席了本次签约仪式。随后,来自各研究院所的领导及相关研究人员就目前生物领域的研究情况及发展前景进行了座谈。 在讨论会上,遵义市农业科学研究所余吉平所长致欢迎辞并对各位领导专家的到来表示热烈欢迎,他指出:“此次生物资源讨论会及战略合作协议的成功签署,对遵义优势生物资源的有效开发及利用具有十分重要的意义。希望我们四家合作单位能携手推进生物资源的可持续发展,共创美好前景。”华大基因助理院长尹烨就“基因引领未来”为主题向大家介绍了基因组学的发展前景及重要意义。他指出:“抢占基因资源将成为生物学研究领域的重要任务,我们可以重点分析、借鉴国外粮食公司对基因专利的保护方法,通过国家基因库与遵义农科院合作的方式落地,实现对本地的农业基因资源的良好保护及利用”。随后,他还详细介绍了华大基因“百万动植物基因组计划”的相关内容,他表示:“该计划将为有效挖掘基因资源,带动系统研究,推动下游产业的发展提供丰厚的研究材料。这对于我们创建一个标准,搭建一个平台,培养一支团队,获得一些专利,培育一个品种,改变一种模式,建立行业研究领域的领军地位有着非常重要的战略意义。” 四川农大玉米所的潘光堂教授概述了西南区玉米育种的研究进展,他指出:“玉米是四川及西南地区的第二大粮食作物。目前,采用分子辅助标记选择等先进的品种鉴定选择方法和单倍体育种等现代育种技术,可以更快、更简便、更经济的培育新型玉米品种。”华大农大的胡开林教授也从菜椒产业的发展历史和目前进展做了简要概述,他表示:“菜椒是中国西南区的重点产业之一,但是目前分子研究基础薄弱,后续人才培养急需加强,争取尽快打开菜椒分子育种研究的大门。”最后,遵义农科所科研科科长余常水就遵义特色物种向与会专家做了简要介绍,他表示期待遵义生物产业能从传统的人工选育杂交转向现代的基因筛选育种。 作为世界最大规模的基因组学研究中心,华大基因建立了大规模测序、生物信息、克隆、健康、农业基因组等技术平台,测序能力及基因组分析能力世界领先,并致力于开展知识产权密集型的人类健康、规模化重要物种、重要经济动植物等基因组研究。而遵义市农科所、华南农大、四川农大作为中国重要的农学及生物科技类科研院所,拥有丰富的种质资源、完善的栽培技术体系、优良的生物技术育种平台。在此次合作中,各科研院所将充分发挥各自优势,共创新的生物及信息科技高地,为进一步推动生物资源的可持续发展做出重要贡献。2012-04-19 00:00:00.0