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老挝巴斯德研究所与华大基因携手创新微生物宏基因组研究 填补区域公共卫生监测应急空白
2012年5月24日,老挝卫生部国立巴斯德研究所(Institut Pasteur of Laos)所长Dr. Paul Brey一行来访华大基因。华大基因助理院长尹烨、华大基因助理院长兼老挝华大负责人杨爽、微生物平台负责人杨瑞馥予以热情接待。 来宾首先参观了华大展厅、微生物平台、农业育种平台、高通量测序平台及员工培训中心,进一步了解华大基因的核心竞争力和价值观并给予高度评价。随后,所长Dr. Paul Brey依据老挝卫生部授权,作为国立巴斯德研究所代表与华大基因代表尹烨博士正式签署战略合作协议。 Dr. Paul Brey 指出,“东南亚地区具有独特的生态系统和地缘区位特征,生物多样性资源极为丰富,是微生物界的‘hotpot’。随着经济和社会发展加快,越来越多的地区进行各种形式的开发,老挝既是微生物研究宝库,也有可能对区域和全球公共卫生造成重大影响。作为巴斯德研究所国际网络成员,老挝巴斯德研究所是在老挝中央政府、巴黎巴斯德研究所的鼎力支持下建成的直属于老挝卫生部的国立研究所,并得到亚洲开发银行和有关单位的大力帮助。老挝巴斯德研究所肩负建立老挝现代微生物研究体系的使命,已在致病微生物、昆虫微生物等方面拥有相当程度的积累。” Dr. Paul Brey还表示,“华大基因凭借其顶尖的研究水平和令人敬佩的合作理念,是老挝巴斯德研究所的不二合作伙伴,双方的合作必将填补这一空白。” 华大基因助理院长尹烨对老挝巴斯德研究所来访表示热烈欢迎,期望双方发挥各自优势,通过建立长期的配合及协作机制在相关领域开创高水平的研究发现和应用。微生物平台负责人杨瑞馥与来宾从多个角度深入探讨了有关问题。 在当天下午举行的项目协作会上,双方分享了相关研究基础和最新进展,确定了合作路线图,就近期启动若干基础项目达成了共识。2012-05-25 00:00:00.0
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中国科学家携手探索猪DNA甲基化与肥胖之间奥秘——最新研究成果于Nature子刊《自然-通讯》杂志发表
2012年5月22日,由四川农业大学和深圳华大基因研究院主导,由中、美、英、加等四国共12个单位的50多位研究人员合作完成的研究成果《猪脂肪和肌肉组织的基因组甲基化图谱》(An Atlas of DNA Methylomes in Porcine Adipose and Muscle Tissues)在国际著名学术杂志《自然-通讯》(Nature Communications)上发表。该研究首次构建了猪不同部位脂肪和肌肉组织的DNA甲基化图谱,为预防人类肥胖疾病的发生和促进猪肌肉生长和脂肪沉积这一重要经济性状的研究,奠定了重要的表观遗传学基础。该研究对促进猪作为人类肥胖疾病研究的理想模式动物的发展具有十分重要的意义。 肥胖是引发多种疾病的元凶,已成为世界五大流行性疾病之一,严重危害着人类的健康。预计到2030年,全球大约有58%的成年人可能成为“胖子”,并且世界卫生组织声称每年至少有280万成人死于超重或肥胖。目前,美国每年与肥胖相关的医疗开支高达1470亿美元;此外,中国的肥胖问题也不容乐观,肥胖人口已达3.25亿人。如何有效遏制肥胖症蔓延,已成为世界关注的焦点。 论文的第一作者——四川农业大学李明洲副教授谈到:“目前很多研究人员致力于寻找‘肥胖基因’,但仅依靠DNA序列信息并不能全面地解析肥胖的致病机制。DNA甲基化是表观遗传修饰的一个重要机制,在肥胖发生过程中具有十分重要的作用,因此全面了解DNA甲基化的机制及功能对肥胖及其他疾病研究具有十分重要的意义。” 本研究中,研究人员选取了中外三个不同猪种(长白猪、藏猪和荣昌猪),对DNA甲基化和肥胖之间的关联性进行了系统研究。猪是最接近人类的模式动物,与人类具有相似的代谢功能、心血管系统、成比例的器官大小、出生后棕色脂肪缺乏等特性,且与人类在遗传学上也具有高度相似性,特别是遗传决定的代谢相似性。这使得猪成为研究人类肥胖、糖尿病及其并发症等疾病的最佳模式动物。 由于脂肪和骨骼肌组织在肥胖及其并发症的发病机制中发挥着重要的作用,所以研究人员从猪的不同部位分别采取了8种脂肪组织和2种骨骼肌组织,随后采用MeDIP-seq技术进行了基因组范围内的DNA甲基化分析,共获得1381G的海量数据,成功绘制完成了猪的全基因组甲基化图谱。基于所得结果,他们全面地总结及分析了在不同的品种、性别和组织区域中DNA甲基化的分布及差异性。 论文的共同第一作者——华大基因项目负责人吴红龙指出:“我们发现启动子中不同甲基化区域能够抑制一些已知的肥胖基因和新基因的表达,与肥胖相关表型的变异密切相关。此外,我们还发现肌间脂肪组织的甲基化模式与内脏脂肪组织更加相似,这是首次从表观遗传学角度证明肌间脂肪组织也是导致肥胖风险的一个重要因素,为研究脂肪沉积和肌肉生长的表观遗传学机制奠定了坚实的基础。” 该研究小组还发现,约80%的已知人类肥胖基因和72%的影响猪肉品质的基因都在所定义的甲基化差异区域内,研究分析表明这些基因的甲基化调控模式与已知的生物学功能相一致。此外,本研究还发现了许多与肥胖表型变异有关的新基因。 华大基因执行院长王俊教授指出:“随着表观遗传学的兴起,科研人员已逐渐从分子水平开始解析复杂的临床现象,这为解开生命奥秘及征服疾病带来新的希望。我希望日后能够取得更大的突破,从而为遏制肥胖病蔓延做出积极贡献。” 本论文的共同通讯作者——原华大基因李瑞强(现北京大学研究员)表示:“本研究将基因组学领域的前沿研究手段和生物信息学分析方法应用到农业经济动物的研究中,其研究成果不仅对于人类医学有一定促进作用,对于农业动物的分子育种也提供了宝贵数据。” 本论文的通讯作者——四川农业大学李学伟教授表示:“本研究为与肥胖相关的生物医学研究提供了宝贵的资源,同时也为挖掘猪重要经济性状的功能基因奠定了重要的分子基础,这对提高猪的分子育种效率,实现猪肉健康生产,保障食品安全具有十分重要的意义。”2012-05-22 00:00:00.0
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美国费城儿童医院代表团来访华大 共商遗传病研究及生物数据库相关合作
2012年5月16日,美国费城儿童医院首席运营官Steven M. Altschuler等一行五人来访深圳华大基因研究院。华大基因院长汪建、执行院长王俊、副院长李英睿、副院长王威、副院长徐讯、助理院长张勇、美洲华大实验室负责人刘炜、新闻发言人杨碧澄等予以热情接待。 杨碧澄博士向代表团详细介绍了华大基因近年的发展概况以及全球战略布局情况。代表团对华大基因的科研实力与未来发展前景给予充分赞赏以及期待。 座谈会上,刘炜博士代表华大基因对代表团的到来表示欢迎。接着,张勇助理院长与费城儿童医院应用基因组学中心主任Hakon Hakonarson分别就“深圳国家基因库项目的进展及计划”与“费城儿童医院应用基因组学中心建设以及研究领域”作了报告。Hakon Hakonarson主任表示,应用基因组学中心与华大基因的合作极其重要,并希望能够在遗传病领域开展更多的合作。随后,代表团对中国的儿童医院情况、地中海贫血疾病整体状况与华大基因代表进行了深入交流与探讨。 座谈后,费城儿童医院与深圳国家基因库签署合作备忘录,华大基因副院长、国家基因库负责人张勇与费城儿童医院应用基因组学中心主任Hakon Hakonarson分别代表双方签字。双方将联合就生物数据库等开展广泛合作。 2011年11月9日,华大基因与费城儿童医院联合宣布建立合作伙伴关系,并将在费城儿童医院共建“华大基因-费城儿童医院联合基因组学中心”。双方希望通过大规模基因测序和生物信息学分析,能够找到与罕见和常见儿科疾病相关的致病基因,为儿科疾病的临床诊断、治疗提供新思路。此次就生物数据库签署的合作备忘录,将进一步促进双方在相关领域的合作与发展。2012-05-17 00:00:00.0
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罗氏GS FLX+ system测序仪落户华大基因
2012年5月15日,罗氏GS FLX+ system测序仪成功落户深圳华大基因研究院。这将极大地提高测序读长和序列读取质量,弥补短序列测序技术中的不足,从而增强华大基因在大型基因组研究项目中的测序实力。 Roche GS FLX+ system是罗氏旗下454生命科学推出的一款升级版测序仪,该仪器能够产生高达1,000 bp的测序读长,接近传统的毛细管电泳测序法,使高通量测序技术首次达到了与Sanger法相当的准确性和读长。读长的改善也使得测序通量提高到接近1Gb,从而降低了大型测序项目的测序成本。454 生命科学总裁Thomas Schinecker 说:“我们很高兴GS FLX+ system测序仪能够落户华大基因,这再次证明了GS FLX+系统平台的重要性和取代Sanger测序的有效性。” 长读长对于基因组分析和探索具有十分重要的价值,如对整个基因组的de novo测序和拼接,全面的转录组图谱分析、环境样品的宏基因组鉴定等。“尤其是在分辨复杂基因组的高度重复区域时,这种长而准确的读长可以显著地改善拼接。”华大基因高通量测序部门负责人唐美芳指出,“目前,GS FLX+ system测序仪运行稳定,它能够产生长达1,000 bp的测序读长,这将会使华大基因的测序能力更加全面,提高了整体测序实力。” 罗氏和华大基因之间的合作已有数年之久,双方一直致力于基因组学研究领域新方法和新工具的开发。去年11月,双方共同研发出人类主要组织相容复合物(MHC)区域捕获技术,有助于深入研究与MHC区域相关疾病的病因及遗传机制,对生物医药产业的发展也具有极大的推动作用。唐美芳补充说:“我们希望将来能够与罗氏合作开展更多的研究项目,更加紧密的合作,在生命科学领域实现更多的科学突破。”2012-05-15 00:00:00.0
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中国科学家完成谷子基因组测序,成果于《自然-生物技术》杂志发表
2012年5月14日,由深圳华大基因研究院和张家口市农业科学院等单位合作完成的谷子基因组研究成果于国际著名杂志《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上在线发表。在本研究中,科研人员成功构建了谷子全基因组序列图谱,为揭示谷子抗旱节水、丰产、耐瘠和高光合作用效率等生理机制的研究提供了新的途径,并为高产优质、抗逆谷子新品种的培育奠定了坚实的基础。 随着水稻、玉米、高粱、短柄草等重要禾本科物种的基因组相继被解密,科研人员更加迫切地希望能够破解更多的重要禾本科作物基因组,以期能揭示重要禾本科作物的保守性及差异性、阐明禾本科作物的基因组进化过程、进一步挖掘作物重要性状功能基因。谷子是重要的禾本科作物之一,其脱壳前被称为谷子,脱壳后被称为小米,是中国古代最重要的粮食作物,被称为“五谷之首”,从南到北均曾被广泛种植。谷子是二倍体自花授粉作物,其基因组较小(约470 Mb),具有丰富的遗传多样性(约6000个品种),种质资源保存较完整。此外,它还具有生育期短、单株籽粒多、适应性广、抗旱、耐瘠、采用C4光合途径等特点。这些特性使谷子能够成为一个很好的抗旱机理及C4光合系统发育与调控研究的新模式作物。 在本研究中,来自华大基因的科研人员通过新一代测序技术对一个来自中国北方的谷子品系(zhang gu)进行了全基因组测序和组装,获得了谷子的全基因组序列图谱(组装得到的基因组大小约为423Mb,N50达到了1.0Mb)。通过基因组注释和分析发现,谷子基因组中的重复序列约占整个基因组的46%,大约含有38,801个蛋白质编码基因。 为了构建遗传图谱,研究人员对另一谷子品系A2进行了重测序(10X基因组)。研究人员利用两个亲本(zhang gu和A2)的F2代群体,绘制了高密度的遗传图谱。该遗传图谱不仅辅助了基因组的组装,同时为谷子性状研究奠定了基础。例如,通过将谷子的基因组序列、遗传图谱及其后代表型等信息相结合,研究人员准确地找到了谷子中与抗稀禾定(一种除草剂)性状相关的基因,印证了之前研究表明的一个单核苷酸突变位点(SNP)可能是导致植株对稀禾定敏感性发生改变的结论。 谷子和水稻大约在5000万年前(50Mya)开始分化,二者分化之后的基因组结构仍存在明显的共线性。在本研究中,研究人员发现谷子的2号和9号染色体分别由水稻的7号和9号、3号和10号染色体融合而成,同时,他们发现这两次融合事件也发生在高粱的染色体中,由此,研究人员推测这两次染色体融合事件应该发生在谷子和高粱分化之前。此外,研究人员还发现了谷子独立分化出来之后的一次特异性染色体融合事件,即谷子的3号染色体是由水稻的5号和12号染色体或高粱的8号和9号染色体融合而成。这些染色体重组事件是物种遗传变异及物种分化的重要基础。 谷子属于C4植物,与C3植物(如水稻和小麦)相比具有较高的水分利用效率和光合效率。为了揭示C4植物和C3植物在光合作用过程中遗传机制上的差异性,研究人员对谷子中与光合作用有关的重要基因进行了分析,发现C4植物和C3植物均有与碳固定途径有关的基因且相关基因在拷贝数目上的变化差异不大。由此,他们推测C4植物中的C4途径可能是由于调控表达的差异所引起的功能上的改变导致的。 在全球气候剧烈变化、耕地资源不断减少、水资源日益短缺的情况下,大力培育和推广优良谷子品种将有助于提高土地利用率,节约灌溉用水,增加粮食产量,合理膳食结构,改善人民健康。华大基因研究院副院长张耕耘表示:“谷子全基因组序列图谱的完成是进行禾本科比较基因组学研究和功能基因挖掘的重要进展。此外,谷子基因组数据为谷子的生物学研究和新品种选育提供了一个全新的支撑平台。”2012-05-14 00:00:00.0
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第二届中日癌症研讨会在日本成功召开
2012年5月11日,为期三天的“第二届中日癌症研讨会”在日本千叶圆满闭幕。由分子生物学专家、香港中文大学孔祥复院士、中国协和医科大学刘德培院士、东方肝胆外科医院王红阳院士、北京肿瘤医院吕有勇教授、解放军总医院郭亚军教授、MD安德森癌症中心魏庆义教授等组成的中方委员团一行40多人赴日探讨交流癌症相关研究。来自日本国立癌症研究中心、日本埼玉医科大学、日本爱知癌症中心研究所、日本九州大学、日本静冈癌症中心、东京工业大学等知名科研院所的150多位癌症相关研究领域的专家学者出席了本次大会。此次会议由日本千叶癌症研究中心、东京医科齿科大学、华大基因研究院和日本华大基因联合举办。 大会第一天,以“新一代测序技术的应用”和“内窥镜分子诊断”为主题的两个分会分别在千叶县幕张国际展览中心召开。在“新一代测序技术的应用”研讨会上,华大基因研究院副院长李英睿向大家介绍了华大基因在癌症基因组研究中取得的成果及合作项目进展等情况,他表示:“新一代测序技术使研究人员可以结合‘多组学’研究手段从全基因组、转录组、表观组、蛋白质组水平对肿瘤开展深入研究。这将肿瘤研究提升到了一个全新的水平,为肿瘤的诊断、治疗开拓了新的研究思路。” 第二天,大会正式开幕。日本千叶癌症研究中心所长Akira Nakagawara、华大基因研究院执行院长王俊和日中医学协会理事长Isamu Adachi分别发表了致辞。Akira Nakagawara教授提到,“目前癌症研究与临床转化已取得了丰硕成果,个性化医疗正在成为现实。我们非常高兴看到日中双方科学家为推动癌症领域合作交流而展开的又一次大规模聚会。” 随后,与会专家学者们围绕“新一代测序技术”、“药物研发”、“癌症生物信息学”、“致癌机制”、“从医学到社会”五个方面,并结合各自的研究项目及经验进行了深入的交流和讨论。二十多个精彩的学术报告为各位与会者带来了肿瘤研究领域的一场学术盛宴,如“常见脆性位点对癌细胞的基因损害”、“我们应该为亚洲癌症治疗的发展做些什么?”、“中国基因数据库和癌症基因组研究项目状况概述”、“韩国、日本和中国主要癌症的比较流行病学研究”等。 华大基因执行院长王俊教授向大家汇报了题为“癌症是一种细胞演化博弈”(Cancer is a game of cell evolution)的精彩报告。他指出:“癌症基因组学一直是癌症研究领域中的一项重要内容。我们已经开展了多项常见癌症的研究项目,希望能够破译新的致癌基因和致癌机制,为疾病预测、诊断、基因靶向药物开发等研究奠定重要的科研基础,并最终把这些发现应用于临床治疗。” 中日癌症研讨会是一场癌症研究领域内的学术盛会,使与会专家学者能够及时了解癌症研究领域的最新研究动态,深入掌握全球癌症研究的发展方向和趋势。华大基因主席杨焕明院士说道:“本次会议使我回想起在深圳举办的‘第一届中日癌症会议’,它为中日癌症研究领域的专家学者搭建了一个良好的学术交流与项目协作的平台。 我们相信‘中日癌症研讨会’能越办越好,为人类最终攻克癌症作出积极贡献。”2012-05-12 00:00:00.0
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深圳华大基因研究院荣获“盐田区区长质量奖”
2012年5月11日上午,盐田区召开首届区长质量奖表彰大会,会上公布了“盐田区区长质量奖”以及“盐田区质量进步奖”获奖单位名单,深圳华大基因研究院荣获“盐田区区长质量奖”奖项。 会上,盐田区委副书记、区长杜玲为获奖单位代表颁发了奖杯以及奖金。华大基因研究院助理院长尹烨上台发言,表示华大基因会向其他标杆企业学习,再接再厉,不断创新质量管理,不懈追求卓越绩效。 杜玲区长以及深圳市市场监管局副巡视员郭晓渝发表重要讲话,鼓励获奖企业单位珍惜荣誉,在质量工作中再创佳绩。 据了解,为深入贯彻落实科学发展观,引导和激励广大企事业单位不断探索管理创新,大力弘扬质量意识,根据《盐田区区长质量奖评定管理暂行办法》,盐田区组织开展了首届“盐田区区长质量奖”评定活动。 “区长质量奖”评定周期为每两年评定一届,奖项设置为 “区长质量奖”和“质量进步奖”。作为盐田区人民政府设立的全区最高质量荣誉,授予在全面质量管理和经营绩效上取得显著成就的盐田区企业或组织。2012-05-11 00:00:00.0
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暨南大学领导来访 探讨深入合作
2012年5月9日,暨南大学校长胡军一行来访华大基因,双方针对人才培养及科研项目合作等方面进行洽谈。来访人员还有暨南大学副校长刘洁生、副校长宋献中及科技处、规划处、研究生院等相关领导。 深圳华大基因研究院院长汪建、副院长张秀清、副院长徐讯、健康科技负责人杨玲、华大基因学院办公室主任杨国华、教育顾问郭肇铮、国内教育合作交流负责人彭凤琴、转化中心微生物负责人金桃等予以热情接待。 在相关负责人的介绍下,暨南大学校长胡军一行参观了7楼展厅,了解华大基因的概况,包括发展历程、技术体系,国家基因库,产业应用,社会责任与民生,人才教育与培养等内容。 座谈中,胡军校长和汪建院长分别介绍了双方参加座谈的人员。接着,双方就人才培养及具体的科学研究问题进行了交流与探讨。汪建院长希望可以将华大基因的大平台资源与暨南大学拥有的产学研资源相结合,培养出具有自主创造力、对社会有价值的人才。胡军校长表示,暨南大学也非常期待能与华大基因在创新人才培养方向合作。会议上,暨南大学的研究人员还就各个方向研究与华大基因相关人员进行探讨。汪建院长建议双方可针对具体的科研方向进行项目合作,共同攻关。在临床医学方面,双方也进行了深入的探讨。 经过双方的友好商议,在人才培养方向,后续将会联合创建人才创新班,共同培养学生;并将在神经科学、老年病及赤潮等方面进行科研项目具体合作,临床医学方面达成初步合作意向。 会后,来宾还参观了华大基因农业平台、测序平台、蛋白平台实验室。2012-05-10 00:00:00.0
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华大基因获悉尼大学颁发合作奖 双方共商深入合作
2012年5月8日, GRDC锈病研究中心主席、悉尼大学教授Robert Park来访深圳华大基因研究院,并亲自向华大基因颁发了“最佳合作伙伴奖”。他肯定了华大基因在基因组研究中为悉尼大学所做的贡献,并期待在未来的锈病研究中有更多的合作。 深圳华大基因研究院副院长、深圳生物育种创新院副院长张耕耘,华大基因微生物方向总负责人倪培相,华大基因泛亚太片区研究分院院长李俊桦,华大基因亚太科技服务总负责人刘颖等予以热情接待。 双方在座谈中就谷物锈病基因组研究及其经济价值进行了深入的讨论。最后,双方就在悉尼建立联合实验室进行了交谈,并达成了初步的合作共识。2012-05-09 00:00:00.0