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华大基因研究院济宁市分院成立 推动与济宁市人民政府全方位合作
2013年11月13日,济宁市人民政府与华大基因研究院签署战略合作协议书。 出席仪式的有济宁市委副书记、市长梅永红,副市长田志锋,副市长白山等县市领导,华大基因董事长汪建,华大基因研究院副院长张耕耘,华东区负责人杨晓楠,战略规划委员会主任朱岩梅等。 白山副市长与张耕耘副院长作为双方代表签署协议。据协议,深圳华大基因研究院将在济宁市设立华大基因研究院济宁市分院(以下简称“济宁分院”)。作为双方战略合作平台,济宁分院与济宁市人民政府在医学健康产业和重要经济生物育种产业方向开展全方位的合作,推动济宁资源型城市转型升级发展。 签约仪式后,汪建董事长作了题为《生物经济与济宁发展机遇》的专题报告。 相关链接: 济宁市政府与华大基因研究院实现战略合作2013-11-14 00:00:00.0
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中山大学副校长颜光美一行来访华大基因 双方寻求合作契机
2013年11月13日下午,中山大学副校长颜光美、艾伯维生物制药公司(原雅培制药)技术部总监傅杰垒博士、医疗部总监史迪夫.英格兰博士、合作部高级经理李金河博士等一行来访华大基因。华大科技高级副总裁王军一、华大科技生物医药研究部贡卓琳、科技服务美洲事业部生物信息负责人金鑫予以热情接待。 在华大基因展厅,颜光美副校长一行详细了解了华大基因的科学发展道路、标志性成果、大平台大资源、产业发展及应用、人才与教育和华大重要规划等。在标志成果展示墙前,颜光美副校长特别指出中山大学和华大基因合作完成的食蟹猴及中国恒河猴基因组研究,其基因组的分析结果有益于药物研发人员解释复杂的药物作用和个体差异性分析。 座谈会上,傅杰垒博士介绍艾伯维生物制药公司的概况以及研究成果。傅杰垒博士表示,艾伯维正在寻找合作伙伴,其理念与华大基因的“大平台、大科学、大健康”理念以及在科学研究、数据分析、人才队伍建设等方面非常吻合,希望能借此次到访,增进双方的友谊,寻找合作契机,携手推进药物研发、个性化治疗的发展。 艾伯维生物制药公司(AbbVie)介绍 艾伯维致力于在全球的研发中心和生产基地推广灵活合作的创新方式,艾伯维(中国)的研发中心在2009年落成,是艾伯维分布在全球的7个主要研发中心的一员。艾伯维(中国)研发中心支持全球药物研发部门(GPRD),其重点主要集中在免疫、疼痛、神经系统与肾病领域。2013-11-13 00:00:00.0
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建邺区委冯亚军书记一行到访南京华大
2013年11月11日下午,南京市建邺区委书记冯亚军、建邺区新城科技园管委会工委书记曹国圣等一行来访南京华大。南京华大负责人陈敏峰予以热情接待。 参观中,来宾详细了解了华大基因的发展规划、科研成果、健康科技产业化等相关情况,陈敏峰着重汇报了南京华大落户、筹建、发展的情况,并感谢区委政府的大力支持。冯亚军书记、曹国圣书记对华大基因取得的成绩给予了高度评价,并就南京华大的发展提出了宝贵建议。2013-11-13 00:00:00.0
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汪建董事长应邀出席上海纽约大学“对话校长”活动
2013年11月12日,华大基因董事长汪建和万科集团董事长王石应邀出席上海纽约大学首届“对话校长”活动,与大学生面对面畅谈人生理想、生活价值以及如何应对困难挫折等。华大基因副院长张耕耘、华东片区负责人杨晓楠、华大基因学院办公室主任杨东声随同出席了此次活动。 本次活动邀请中外社会各界具有创新精神的领袖人物参加,由上海纽约大学美方校长Jeffrey S. Lehman主持,上海纽约大学师生共两百余人济济一堂,聆听两位领袖人物畅谈人生理想,近距离分享他们对人生、教育等方面的观点。 据了解,上海纽约大学于2011年01月19日筹建,是第一所具有独立法人资格的中美合作创办的大学,由华东师范大学和美国纽约大学联合创办,其定位为“探索建设高水平中外合作大学的有益尝试”。 图片来源:上海纽约大学公共事务部2013-11-13 00:00:00.0
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华大基因学院软件队获国际遗传工程机器大赛软件类金牌
2013年11月1日至4日,国际遗传工程机器大赛(International Genetically Engineering Machine Competition,简称iGEM)决赛在美国麻省理工学院举行。华大基因学院实验队(BGIC_ATCG)和软件队(BGIC_0101)两支队伍共14名队员参赛。iGEM决赛共有73支来自世界各地的队伍参加,华大基因学院软件队BGIC_0101荣获软件类金牌。 据了解,软件队的课题是《基因组从头设计软件Genovo》,指导用户进行染色体内容理性设计,大规模的序列编辑和多种组装策略的切分设计。在决赛过程中,华大基因学院队员们在海报展览区向来自世界各地的评委和其他参赛队伍介绍自己的项目和进行交流,并且派发代表队伍的书签和项目小册子,共建友谊。 此前,在iGEM亚洲赛区比赛中,实验队BGIC_ATCG课题是“四维细胞展示系统Cell Magic”,此项目在完成调控通路的建模之后,利用酿酒酵母细胞周期、多种导肽和降解肽、内含子可变剪切,对5种荧光蛋白进行表达时间点、出现位置、存在时长的预设或者调控,还利用微流控技术来进行细胞群周期的同步化以便于观察。实验队BGIC_ATCG获得金牌,还同时获得了本科生实验组亚军,以及Best Wiki 单项奖。软件队BGIC_0101成为亚洲赛软件组三支进入决赛的队伍之一。2013-11-13 00:00:00.0
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中国科学家领衔的银屑病研究获新突破 “罕见突变”影响或有限——最新研究成果于《自然•遗传学》杂志发表
目前,主流假说普遍认为在人群中频率较低的罕见突变与复杂性遗传疾病的发生有着莫大关系,但是此假说却没能在来自安徽医科大学、深圳华大基因研究院等单位的研究人员进行的21,309名中国银屑病患者和对照的目标区域基因测序研究中得到验证。这意味着罕见突变对银屑病的影响可能很有限。最新研究成果已发表于最新一期的《自然•遗传学》杂志上(原文链接:A large-scale screen for coding variants predisposing to psoriasis)。 银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病,累及人群较广,目前尚缺乏长期有效的治疗方法。银屑病可以在任何年龄段发病,尤以15~35岁年龄段为甚。其发病机制也比较复杂,虽然近年来全基因组关联分析发现了大量与银屑病关联的常见突变(>5%的等位基因频率),但只能解释部分遗传因素。除了与遗传因素有关外,环境,神经压力,药物,抽烟、饮酒等不良生活习惯等都可能诱发银屑病。 来自安徽医科大学和华大基因的科研人员首先对781位银屑病患者以及676位健康对照者的样本进行了外显子测序,旨在发现更多遗传因素的证据。数据分析检测到518,308个单核苷酸变异(SNVs),其中,20.62%的SNVs是非同义突变,68.13%是罕见突变(<1%的等位基因频率)。考虑到外显子研究阶段样本量有限,研究者们在第二阶段又进一步对9,946位银屑病患者和9,906位健康对照者的样本进行了靶向测序研究。他们共分析了1,326个靶向基因,包括622个与免疫调节相关的基因,并发现了82,387个非同义突变的SNVs,其中罕见突变所比例高达97.07%。 经进一步分析后,科研人员在IL23R和GJB2这2个基因上检测到与全基因组关联分析(GWAS)信号独立的低频(1%-5%的等位基因频率)错义突变关联信号;在LCE3D,ERAP1,CARD14和ZNF816A这几个基因中,检测到5个可能是致病突变的常见错义突变与银屑病的发生显著关联。此外,研究者们还认为在FUT2和TARBP1这2个基因上发现的罕见错义突变可能也与银屑病的发生有关,但其关联没有达到全基因组显著水平。在以基因为单位的检验(gene-based test)中,也没有发现罕见突变在对照和患者中的分布有明显差异。此结果显示,目标区域编码区的低频和罕见非同义突变突变对银屑病的发生可能影响有限。 此外,科研人员还对欧洲银屑病患者和中国银屑病患者之间的遗传异质性进行了分析。结果发现,中国和欧洲患者的基因中均发生了特异性的变异,其中位于GJB2基因上的错义突变(rs72474224)为中国患者所特有,而位于IL23R基因上的错义突变(rs11209026)是欧洲患者所特有的。另外,位于CARD14基因上的一个常见错义突变(rs11652075)则在两个地区患者中表现出一致性。 华大基因该项目负责人金鑫指出:“大规模靶向测序使我们可以对目标区域的所有突变进行全方位分析。虽然我们没有发现与银屑病有密切关系的罕见编码区突变,但是研究所得的数据将有助于我们完善一些已知的(GWAS)信号以及对候选致病突变的进一步鉴定。接下来,我们仍需要在银屑病中验证此特征是否也存在于目标区域之外的其它区域,罕见突变对除银屑病之外的其它疾病的贡献也有待进一步研究。”2013-11-11 00:00:00.0
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王俊院长获谈家桢生命科学创新奖
2013年11月10日,第六届谈家桢生命科学奖颁奖典礼在合肥举行。深圳华大基因研究院院长王俊获得谈家桢生命科学创新奖。 谈家桢生命科学奖是为纪念我国现代遗传学奠基人之一谈家桢教授,由科技部2008年批准设立的奖项,旨在促进我国生命科学研究成果产业化,激励生命科学工作者不断创新。该奖项由上海市生物医药行业协会负责组织评选,每年评选一次,下设谈家桢生命科学成就奖、谈家桢生命科学创新奖、谈家桢生命科学产业化奖。 转载自安徽新闻网http://ah.anhuinews.com/system/2013/11/11/006201263.shtml2013-11-11 00:00:00.0
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华大基因与广州医科大学座谈相关合作 汪建董事长“广医学堂”畅谈《大数据大科学大产业大健康》
2013年11月7日,华大基因研究院院长汪建应邀到广州医科大学“广医学堂”作主题演讲。 下午16点,华大基因董事长汪建、战略规划委员会主任朱岩梅、助理总裁殷波、华大健康集团总裁办公室主任张晓平、人力资源副总监李治平、华大学院办公室主任杨东声、华大基因学院国内学历教育主任彭凤琴、华南技术总监叶明芝等一行在广州医科大学就科研和人才培养合作方面的议题展开座谈。广州医科大学校长王新华、校长助理罗健东、教务处处长李建华、研究生学院书记雷丽琼、教务处副处长吴他凡、学生处副处长麦倩挚予以热情接待。同时,广医第一附属医院院长何建行、副院长刘宇平、教学科科长陈小清等也参加了座谈。 座谈中,汪建董事长介绍了华大基因在基因领域的科研和临床应用方向、现状和进展,并深入了解了广州医科大学现在的教育模式,双方就如何在现有模式下探索新的培养模式,如何与华大基因联合培养新型研究型医学人才,建设研究型医院方面进行了深入交流与探讨。王新华校长表示随后将与华大基因签署战略合作协议框架,双方展开科研和人才培养等方面的一系列合作。 晚上19点,汪建董事长在广州医科大学图书馆四楼学术报告厅作了题为《大数据大科学大产业大健康》的主题演讲,广州医科大学近200名师生到场听讲。演讲结束后,学生们与汪建董事长进行了热烈的互动交流。2013-11-08 00:00:00.0
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“大数据”革新医药研究——运用大数据应怀谦恭敬畏之心
医药产业的发展进入大数据时代,在近日召开的第十七届北京国际生物医药产业发展论坛“大数据时代的医药产业创新研讨会”上,与会专家共同探讨了大数据时代医药研究的困难、问题、发展方向,强调要充分利用好大数据所带来的机遇,推动疾病研究、药物创新和临床个体化治疗。 突破传统思维模式 怎么算清楚池子里面有多少条鱼? 中国科学院院士、中国科学院生物物理研究所陈润生教授认为:“生物信息学的相关数据就是典型的大数据。”生物信息学数据的4V(Volume、Variety、Velocty、Value)特征,完全符合大数据的特征。 但是,大数据下的生物信息学发展也面临困难。陈润生介绍,一是量大。除了传统的基因组数据之外,包括转录组、蛋白质组、代谢组、表观遗传组、结构组等等一系列由基因组派生出来的数据,已经达到海量,而且越来越复杂。华大基因研究院首席运营官尹烨也表示,生物圈系统总量的信息,估计至少达到1060数量级。 “但是,可供研究的样本量又是非常小的。”陈润生谈到,要得到各种疾病患者的样品,实际上取样非常困难。比如肿瘤取100例已经很不容易,有些特殊肿瘤甚至是非常低频的,取10个、20个都很困难。如何用小的变量来研究极大的可采集的数据空间?如何通过生物信息学的方法来弥合数据量和样品量之间的极端悬殊差异?陈润生说:“如果采取传统建模的办法,是非常困难的。” 陈润生还指出了第三个困难:在所采集的少量样品里,即使是患者的样品,在基因组水平或者其他组学水平的变化频率也不是100%,往往很多变异在基因组上是低频出现的,即有效事件频度低。“实际上往往我们采集的样品不包括任何有效变异,你做了半天那些东西都是假象!”如果不了解自己感兴趣的数据是如何获取的话,即使有这么多的数据,也很难得到跟人类健康和其他应用目标相关的有效、可靠的变异。 陈润生表示,大数据时代的到来,对生物信息学来讲是一件好事。但是,生物信息学数据的特征和面临的困难决定了不能采用传统的处理所谓常规大数据的方法,而需要改变思维。正如大家所知道的,外显子测序分析方法在国际上还不成熟,现在一个明确的目标就是要发展其新的算法,即把整个外显子作为一个独立单位来看待它跟疾病的关系。大数据未来的发展,一定会为生物信息数据的处理带来新的方法、技术,使其更加容易并符合实际要求。 尹烨也表示,大数据促使科学研究的方法不断进化,从实验科学到理论科学到计算科学,再到连续密集数据分析,传统的靠运气和努力的假说研究模式已然不能适应。“数据爆炸时代如何实现精确打击?靠的是思路和规模,不要随机样本,而要全体数据。”尹烨举例,怎么算清楚池子里面有多少条鱼?在大数据时代,简单的方式是把水放净直接数,这是最准确的统计学方法。“只要把数据收集全,然后进行聚类分析,其义自现”。据悉,华大基因过去21个月在《自然》、《科学》发表了62篇文章,大部分基于大数据。 挖掘数据共性特征 对于所获得的和人类健康相关的数据,其共性是什么?个性是什么? 谈到疾病相关组学数据变化的共同性和特异性,陈润生认为,现在进入了个体化医疗时代,可以根据个人基因组的不同而“量体裁衣”。2012年美国以双胞胎为对象进行的试验发现,即使是双胞胎组学的表现,跟疾病相关的也不完全相同。“这个结果强调了疾病的个性化,但是,也有很多研究结果支持某些疾病的共性特征。”陈润生以他所从事的非编码肿瘤谱的工作进行了说明:目前已经发现了很多肿瘤谱,虽然每个人的谱差别很大,但是研究又说明,即便每个人整个非编码转录的谱不一样,但在若干种肿瘤中有共同的谱,也就是说共性和个性都存在。目前比较热门的全基因组关联分析(GWAS)方法就是希望找到疾病的共性,大量的结果表明确实存在一些疾病的共同变异,甚至共同的点突变和某些疾病紧密相关。 对所获得的和人类健康相关的数据,其共性和个性的界限是什么?陈润生认为,“个性是有的,每个人都有差别,但是如果说每个人跟每个人都没有任何共性的话,将来医药无法发展。”陈润生强调,共性给普遍治疗提供基础,个性则使得治疗在共性的基础上达到更佳效果。是不是共同的疾病在组学上有共同的变化,是不是共同的疾病对每个人都有特异,都值得深入研究。目前我们一定要利用好生物信息学的数据,注意发掘疾病共性的数据特征,同时要考虑到个性化的数据,掌握好两者的辨证关系,这样才能够更好实施对某个个体疾病的治疗。 陈润生还呼吁要关注广大的非编码基因序列。过去人们都关注编码基因与疾病的相关性,但编码基因只占人类遗传密码的2%,其余98%都是非编码序列。 推动转化医学研究 如此多的基因被测序之后,能够解释疾病的不到20%,在大数据的情况下应该重视什么? 生物芯片北京国家工程研究中心转化医学研究院院长孙义民认为,在数据产出和挖掘之后,为了人类健康,大数据时代更应重视数据的利用。 “诺奖获得者利根川进博士说,人类除外伤以外的所有疾病都与基因受损有关。”孙义民认为,大数据时代真正要做的不只是单独一个基因,更需要的是多层次的生物信息的整合,从遗传到表观遗传,从DNA到RNA到蛋白,通过疾病易感位点/发病机制研究、肿瘤标志物研究、调控网络研究,开展转化医学研究,去解释疾病的生理、病理过程,最终为人类健康服务,为个体化医疗服务。 孙义民举例介绍了大数据转化研究的一个实例。由于东西方种族的不同,基因与疾病的关系存在一定差异,只有中国人自己的个体遗传检测数据分析系统才最适合中国人。他们针对国际上发表尤其是中国人发表的疾病易感基因和传统致病位点进行了评估,用了3年时间针对中国人群设计开发了疾病预警专用生物芯片,建立了完备的疾病与基因关联数据库。应用这9大类70多种疾病的易感性检测的基因芯片,可通过内因(基因检测)去改变外因,指导后续的健康管理,从而避免和降低得病风险。 “我的基因我知道,我的基因我做主。”尹烨则表示,多组学联合分析为治愈疾病助力。他们通过持续14个月的综合性个人组学监控(IPOP)联合基因组、转录组、代谢组和自身抗体组,及时预测出患2型糖尿病的风险。在患者血糖急剧上升后及时进行饮食和锻炼等生活方式的改变,在半年内降低了血糖,治疗了糖尿病。“而一滴血中也蕴含着大数据,可以轻松得到每个人的各种组学信息。”尹烨谈到,如果是孕妇,在第5周就能捕获到胎儿的有核红细胞,从而获得胎儿全部的遗传信息;如果是肿瘤患者,通过检测血液CTCs细胞,可比CT及MRI检查提前数月发现肿瘤转移及复发。 “大数据时代的医学研究需要和医院、专家合作,进行转化医学开发。我们的需求从临床中来,通过大数据进行产品研发,通过工业进行产品定型和申报,在政府支持下应用在临床。”孙义民谈到了在我国进行转化医学实践的体会。 尹烨则强调,科学再先进,我们能收集和处理的数据也只是世界上极其微小的一部分,我们使用大数据的时候,应当怀有谦恭和敬畏之心。 本文转载自中国医药报,记者白毅2013-11-06 00:00:00.0