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致命大肠杆菌起源新线索
6月5日,深圳华大基因研究院研究小组通过多位点测序分型( Multi Locus Sequence Typing, MLST),发现引起此次爆发的菌株与2001年在欧洲分离的菌株01-09591及2002年的中非分离株55989有高度相似性。这三株菌具有7个完全相同的“看家基因”,(“看家基因”被广泛用于细菌分类),从而得出结论该三类大肠杆菌为同一类型(ST678)。 根据这个发现,研究小组对这三株菌展开进一步调查,通过对大肠杆菌的12个毒力基因/适应基因分析发现,2001年欧洲分离株与今年的爆发菌株完全吻合,而中非菌株与其他两株欧洲菌株相比,缺少了志贺毒素基因和抗亚碲酸盐基因。研究人员据此推测,2001年的欧洲分离株很有可能是这次爆发菌株的直接祖先。抗生素抗性试验结果表明,经过10年的进化,2011年的菌株可能获得了一些新的基因,从而具有了耐更多种抗生素的能力。 通过对2001年与今年爆发菌株的基因组比较分析,将极大的助于进一步阐明为什么导致这次疫情的菌株致病能力如此之强;并将为疾病的起源、传播和控制提供线索。这将为一线医护人员应对和控制全球疫情扩散提供更有力的支持。 研究人员正在联系寻找2001年欧洲菌株的样品及相关信息,并继续进一步的分析研究。 华大基因已将最新的基因组序列发布在NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/67657)及网站连接 (ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482)。2011-06-05 00:00:00.0
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德国爆发大肠杆菌已发现8种抗生素的抗性基因
6月4日,深圳华大基因研究院、德国汉堡大学医学院、中国疾病预防控制中心和军事医学科学院微生物流行病研究所今日发布对德国爆发的大肠杆菌的最新研究进展,已发现8种抗生素的抗性基因。 华大基因通过对更新的基因组图谱进行分析,证实了该大肠杆菌属于血清型O104。O104型大肠杆菌曾在美国引起小规模的感染事件,但是经比较发现引起此次欧洲大肠杆菌疫情的菌株与美国O104型大肠杆菌菌株在基因组水平上有很大的差异。 研究人员进一步调查此次爆发的大肠杆菌是否含有已被发现的大肠杆菌的毒力基因。初步分析结果只确定了Stx2基因的存在,暂未发现其他毒力基因。Stx2基因编码志贺毒素,是出血性大肠杆菌的主要毒力因子,并可能与出血性肠炎及溶血性尿毒症的致病性有关。 之前研究人员已经发现该菌株携带氨基糖甙类、大环内酯类及磺胺类抗生素的耐药基因。而目前又新发现5个抗生素抗性基因,包括 头孢菌素, 单酰胺菌素,青霉素和链霉素类抗生素。使得该菌株对至少8种抗生素可能产生耐性。该分析结果将有助于药物筛选,因为错误的使用抗生素,有可能引起病菌的反抗机制而释放更多的毒性。 据悉,该研究小组将继续对该大肠杆菌的遗传图谱进行分析,并结合流行病学的研究,找出该菌种爆发的机制及污染源。 目前,研究人员正在根据该病菌的特异性研制诊断试剂盒,用于诊断、监测和预防疫情的扩散。 该大肠杆菌最新的基因组图谱已上传至NCBI数据(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/67657)。华大基因也提供了下载连接 ( ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482 )并将继续更新图谱信息。2011-06-04 00:00:00.0
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深圳市委副书记、市政府市长、党组书记许勤一行莅临华大调研现场办公会
2011年6月3日上午,深圳市委副书记、市政府市长、党组书记许勤一行莅临华大调研,并在华大开展现场办公会。参加此次现场办公会的市政府、区政府领导有:深圳市政府副市长、党组成员袁宝成,深圳市政府秘书长、党组成员李平,深圳市政府副秘书长(正局级),市政府办公厅主任、党组书记高振怀,盐田区委书记、区人大常委会主任郭永航,深圳市盐田区委副书记、盐田区人民政府区长、党组书记杜玲等,深圳华大基因研究院院长汪建、深圳华大基因研究院研究员、中国科学院院士杨焕明、深圳华大基因研究院副院长王俊等予以热情接待,并参加了此次会议。 市发展改革委、市科工贸信委、市规划国土委、市人居环境委、市交通运输委、市卫生人口计生委、市财政局、市教育局、市人力资源保障局、市住房建设局、市农业(海洋)局、深圳海关、深圳出入境检验检疫局等政府部门及深创投、深港产学研、华因康等相关单位领导出席了本次现场办公会。 上午9点30分,深圳市委副书记、市政府市长、党组书记许勤一行首先参观了华大军校、农能、测序、蛋白平台、健康等,汪建院长详细介绍了华大在科学、技术、产业等方面取得的新成果及最新进展。汪建院长说,作为世界上最大规模的基因组学研究中心,建立了大规模测序、生物信息等技术平台,测序能力及基因组分析能力世界领先,并推动克隆育种、健康服务、农业基因组等方向的应用。 随后,许勤市长一行来到八楼会议中心,展开现场办公会。会议上,汪建院长首先就华大的发展历程、基础设施建设、新型人才模式培养等方向、并从科学、技术、产业等方面作现场汇报,并就汇报内容提出相关问题。汪建院长与杨焕明院士均表示,华大将继续坚持“科学发展才是硬道理”的信念,遵循基因组学发展规律的“三发三带”的创新发展模式,进一步完善产学研一体化的体系,发展生物产业、更加快速地开展民生项目,服务百姓,造福社会。 市发展改革委、市科工贸信委、市规划国土委、市人居环境委、市交通运输委、市卫生人口计生委、市财政局、市教育局、市人力资源保障局、市住房建设局、市农业(海洋)局、深圳海关、深圳出入境检验检疫局等多个职能局从汇报所反映的问题中找到与自身的结合点,给予积极回应。 许勤市长对华大基因在过去若干年取得生物技术领域中新的突破,为生物技术和产业的构建,为中国科技发展的贡献给予肯定和祝贺。许勤市长指出,华大基因的成功体现了我国当代的创新精神,体现了在新时期特区发展新的追求,也充分体现了华大人对科学的不懈追求。他同时指出,“华大的成功实践也为我们未来探索新的自主创新体制机制,为培养创新人才探出了新的道路。华大许多取得的成绩、发展的速度,所表现出来的影响力可以说是超出想象的。目前的华大基因是站在人类生物学的前沿,目前的华大基因代表着我们自主创新的精神,目前的华大基因也将会为未来生物学的突破,为未来生物技术向产业的转化形成新的竞争力和生产力打下了坚实的基础,所以从市委市政府的角度要给予充分的肯定。深圳市委市政府将一如既往地继续加大力度,支持华大基因的发展,要使得华大基因成为生物产业一个新的技术扩展源泉,理论研究的基地,产业发展的重要支撑。”2011-06-03 00:00:00.0
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世界首个鹅全基因组序列图谱绘制完成
2011年6月3日,浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所和华大基因在宁波市象山四季佳利酒店召开新闻发布会,宣布“鹅全基因组序列图谱绘制完成”。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱,这一研究成果对于揭示家鹅繁殖、抗逆、生长、肉质、羽色等性状的遗传基础,鹅的驯化、不同鹅种的生物学分类、中国家鹅的起源、优良鹅种的选育等具有重要的科学价值。农业部全国畜牧兽医总站畜禽遗传资源处杨红杰处长、浙江省畜牧兽医局潘天银副局长、国家水禽产业技术体系遗传育种与繁殖研究室主任、浙江省农业科学院首席专家卢立志研究员、象山县浙东白鹅研究所所长、国家水禽产业技术体系宁波试验站站长陈维虎研究员、华大基因科技合作总裁尹烨、国家水禽产业技术体系专家(何大乾研究员、潘道东教授、沈军达站长)、宁波市畜牧兽医局徐震宇局长以及象山县等专家领导出席了本次发布会。 上午11点,新闻发布会在象山县人民政府副县长孙小雄先生的主持下正式开始。浙江省农科院卢立志研究员首先向大家介绍了鹅全基因组测序完成对促进浙东白鹅产业发展的重大意义,并表示将继续开展转录组、表观遗传学以及与其他地方品种鹅的比较基因组学等方面的研究。华大基因科技合作总裁尹烨指出:“每一个物种全基因组测序的完成都标志着该物种学科和产业发展的新开端,浙东白鹅基因组测序的完成势必会极大地推动浙东白鹅的遗传学研究和产业的发展”。随后,杨红杰处长为鹅基因组图谱绘制工作的圆满完成致贺词,他表示希望浙东白鹅基因组测序技术的成功经验能够应用于其他地方品种鹅的基因组研究。 浙东白鹅原产于浙江东部地区,是通过长期选育形成的浙江省地方独特的优良品种,已被列入《中国畜禽品种志》,其以肉质鲜美、早期生长速度快、风味独特著称。目前,浙东白鹅主产区象山县饲养量达250万只,是当地农业的主导产业之一。在加快推进规模化养殖的同时,浙东白鹅的产业化体系建设也在不断发展,基本形成了一条技术研究推广、生产合作和加工销售的浙东白鹅产业链。浙东白鹅全基因组序列图谱的完成为从分子水平深入了解浙东白鹅的生长性能、肉质和繁殖规律等种质特性奠定了坚实基础,同时也为浙东白鹅地方优良品种的保护和选育以及繁殖力的提高提供了理论依据,必将会促进浙东白鹅产业的进一步发展。 鹅全基因组序列图谱绘制主要由浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所和华大基因共同主持完成,基因组大小约为1.2Gb。该项目采用目前最先进全基因组鸟枪法测序(WGS)策略,分别构建了170bp、500bp、800bp、2kb、5kb、10kb和20kb等不同插入片段长度的文库,进行双末端测序,得到数据总量约为139Gb的原始数据。华大基因通过自主研发的SOAPdenovo软件进行了拼接组装。全基因组鸟枪法测序(WGS)策略具有速度快、简单易行、成本较低的优点,目前已经被广泛应用于测定动植物基因组序列,如水稻、熊猫、黄瓜、牡蛎、半滑舌鳎、石斑鱼、朱鹮等。进一步的比较基因组学分析,将对揭示中国家鹅的起源、地理迁徙、生态演化提供直接重要的科学证据,同时也对从基因组分子序列、基因层次研究家鹅物种改良、肉质改善、适宜饲养条件的探索奠定基础。2011-06-03 00:00:00.0
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武汉华大考察团回访咸宁 商谈健康项目战略合作
2011年6月2日,应湖北省咸宁市政府之邀,由武汉华大核心骨干组成的考察团一行5人回访咸宁。在咸宁市政府的组织安排下,考察团就开展医学健康项目战略合作与参会各市局代表进行探讨交流。 上午,咸宁市政府组织召开专题座谈会,咸宁经济开发区工委书记、管委会主任周亨华、咸宁市政府副秘书长胡建、科技局局长鲍晓峰、卫生局局长汪玲珑、外事侨务办公室党组书记陈红卫、咸宁经济开发区工委副书记、管委会副主任、市招商局局长乐建瞬、市委办公室副主任胡雅南、咸宁经济开发区管委会副主任陈洪豪、招商局局长雷伟民、咸宁市招商局纪检组长黄四生等领导出席会议。会上,华大基因华中区负责人牟峰向与会领导汇报了武汉华大HLA高分辨分型、宫颈癌HPV筛查、无创产前基因检测、HBV乙肝病毒耐药基因分型检测等医学健康项目的开展情况,并就与咸宁市政府联手开展大规模宫颈癌HPV筛查等民生项目进行了深入交流。 中午,中共咸宁市委书记黄楚平、市长任振鹤、副市长王汉桥等市委、市政府领导宴请武汉华大考察团。黄楚平书记表示,将尽最大的努力、最大的支持、最大的配合,组织协调咸宁市政府及各市局部门,落实开展与武汉华大的战略合作,让武汉华大在医学健康领域新技术尽快在咸宁市普及应用,造福咸宁百姓。 华大宣传部2011-06-03 00:00:00.0
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湖北省委党校第四十六期省直处干班学员参观武汉华大
2011年6月1日下午,湖北省省委党校第四十六期省处直干班学员一行20余人,在中新科技园办公室江中平主任的陪同下来访参观武汉华大。 参观中,来宾们对华大近年来在人类健康和生命科学两大领域开展的项目兴趣浓厚,询问了解了生物基因在百姓生活中的普及应用情况,高度评价了武汉华大HLA高分辨分型、宫颈癌HPV筛查、无创产前基因检测、HBV乙肝病毒耐药基因分型检测等新技术,对武汉华大开展的各产业化项目表示肯定与支持。2011-06-02 00:00:00.0
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基因组分析结果揭示新型超毒性大肠杆菌导致德国疫情爆发
6月2日,深圳华大基因研究院、德国汉堡大学医学院、中国疾病预防与控制中心和军事医学科学院微生物流行病研究所联合研究揭示德国疫情是由一种新型具有超级毒性的大肠杆菌引起的,该新型菌株携带多种耐抗生素的特异基因,致使其难以治疗。据德国卫生部公布的数据,这场大肠杆菌疫情至今已导致17人丧生,欧洲已有超过千人受到感染,并且疫情有可能会进一步恶化。 德国大肠杆菌疫情爆发之后,华大基因立即建立联系开展合作,自发地加入到这场与疾病的研究中,成立专门研究小组对该细菌进行测序和生物信息学分析,以便尽快寻找到致病机理,研发有针对性的治疗措施并有效的控制疫情的蔓延。在获得病毒样本后三天的时间内,华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。经过初步信息分析,发现该菌株是一种新的兼具侵袭、产毒、肠出血等特征的大肠杆菌。 华大基因利用第三代测序仪——Ion Torrent进行了该大肠杆菌的全基因组测序,初步组装结果预测的菌株基因组大小为5.2Mb。通过对序列的分析发现该菌株属于血清型O104,但O104型大肠杆菌以前未见引起人类感染大规模爆发的报道。通过进一步比对分析发现该菌株与2002年从中非艾滋病患者腹泻标本中分离的肠侵袭性大肠杆菌55989菌株的同源性超过93%。根据对基因序列的分析结果显示,导致疫情爆发的菌株通过基因水平转移获得了肠出血性大肠杆菌的毒力基因和毒力相关质粒,可能与该菌株强毒性和重症感染有关。研究还发现,该菌株携带氨基糖甙类、大环内酯类、磺胺类等抗生素的耐药基因,导致抗生素治疗无效。研究小组还将进一步分析这些毒力相关基因的完整性和表达情况,及耐药和毒力基因水平转移机制,并在更多爆发菌株中进行验证。后期分析结果请关注后续报道。 该菌株的基因组序列已上传至NCBI数据库,编号SRA037315.1。2011-06-02 00:00:00.0
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江苏省委书记罗志军率领江苏省党政代表团参观华大
2011年6月1日下午,由江苏省委书记罗志军率领的江苏省党政代表团参观考察深圳华大基因研究院,中共广东省委常委、深圳市委书记王荣,广东省深圳市委副书记、市政府市长、党组书记许勤,广东省深圳市委常委、市委秘书长王毅等领导陪同考察。深圳华大基因研究院院长汪建、深圳华大基因研究院副院长王俊等予以热情接待。 参观中,汪建院长向江苏省党政代表团及深圳市领导们详细介绍了华大的发展历程与科研成就。特别是华大在人才培养、技术力量、科研产业等方面取得的重大成果。汪建院长说,作为世界上最大规模的基因组学研究中心,华大基因建立了大规模测序、生物信息等技术平台,测序能力及基因组分析能力世界领先,并推动克隆育种、健康服务、农业基因组等方向的应用。 江苏省党政代表团及深圳市领导们一行80余人重点考察了华大的分子育种、克隆猪、轻木、新型教育模式等成果展示,并了解了华大在发展人类医学健康产业化项目所取得的长足进步。 罗志军书记在询问华大目前基因测序能力时,汪建院长说,去年华大基因测序能力超过全美国测序能力总量,计算能力世界第一。一个物种基因序列图的完成,就意味着这一物种科研和产业革命性的新开端。华大在《自然》、《科学》发表的科研论文带来的产业价值将是科研投入的十倍、百倍。 汪建院长表示,华大抓住了国家“十二五”规划提供的良好发展机遇,希望在国家政策法规的支持下可以更加快速的开展民生项目,服务百姓,造福社会。 罗志军书记对深圳市领导发出邀请,希望华大能入驻江苏。汪建院长对此表示感谢,并强调华大会积极开展交流,促进合作。2011-06-01 00:00:00.0
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华大光琇医学基因组学联合实验室正式成立
2011年5月31日,武汉华大基因与湖南光琇高新生命科技有限公司签订战略合作协议,华大光琇医学基因组学联合实验室正式成立,并接收到了第一份无创产前基因检测样本。 据悉,华大光琇医学基因组学联合实验室是由武汉华大与湖南光琇高新生命科技有限公司共同组建,无创产前基因检测是联合实验室第一个推向临床应用的服务项目。双方通过联合实验室共同推进人类医学基因组学科学研究、技术开发,加速医学基因组研究成果的市场化和产业化,促进医学基因组学的临床应用,全力实现“科研、技术、产业、教育”的全面发展,为人民健康保驾护航。 附: 卢光琇简介 主任医师,教授,医学遗传学、发育生物学、干细胞工程学、生殖工程学和医学伦理学专业的博士生导师,我国人类生殖工程领域的奠基人和开拓者之一。现任中信湘雅生殖与遗传专科医院院长,人类干细胞国家工程研究中心主任,中南大学生殖与干细胞工程研究所所长,湖南中国遗传医学中心副主任,国家精子库技术指导中心主任,湖南省干细胞工程技术研究中心主任、全国生殖健康专家组成员、全国产前诊断专家组成员、中国优生优育协会理事、中华医学会湖南省副会长等学术职务。并担任全国政协常委和湖南省政协副主席等社会职务。 湖南光琇高新生命科技有限公司简介 湖南光琇高新生命科技有限公司的名称源于我国著名生殖与遗传学家卢光琇教授。卢教授是我国人类生殖工程创始人之一,在辅助生殖技术和干细胞研究领域具有很大的影响力。 而湖南光琇高新生命科技有限公司所属的人类干细胞国家工程研究中心将完成国家干细胞中心的基本建设,包括干细胞研发中心、干细胞移植中心,为干细胞技术的开发和发展提供基础设施,并将按照现代企业制度的要求,完善治理结构,积极推动干细胞技术产业化;建立符合临床应用的人类胚胎干细胞库,形成建库规范,推进胚胎干细胞的临床应用,参与国际化合作,增强我国胚胎干细胞科研在国际上的竞争力;同时还将建立中南地区最大的成体干细胞库及干细胞移植医院,将干细胞治疗推向临床,首先用于治疗现代医学和传统医学都束手无策的疑难杂症,如各种遗传性疾病、脊髓和脑外伤、糖尿病、脑瘫等,为国家三类医疗技术提供干细胞领域的技术规范。 华大华中区负责人牟峰与光琇高新院长卢光琇签订战略合作协议 华大华中区商务负责人汪德鹏与光琇高新副院长林戈交接第一批无创产前基因检测样本2011-06-01 00:00:00.0