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吉林市副市长房立群一行莅临华大 共谋华大农业及健康领域等产业化发展
2011年7月6日下午,吉林省吉林市副市长房立群、经合局副局长杨瑜春、经开区投资促进局局长李志刚等一行到访华大,与华大代表共同讨论在农业及健康领域的合作事宜,深圳华大基因研究院农业领域主责运营官张耕耘、生命科学事业部首席科学家杜玉涛农业平台全志武及部门相关负责人等予以热情接待。 参观中,张耕耘博士首先为房立群副市长一行详细介绍了华大的发展历程及重大科研成就,特别是华大在水稻育种、手工克隆猪、无创产前基因检测、地中海贫血等农业及健康领域的研究成果及产业化发展状况。 座谈会上,张耕耘博士向房立群副市长一行汇报了华大学术成果、科研技术,特别就植物、动物、微生物和海洋方向的高通量转基因技术,并强调,基因推动农业育种,基因是生物经济形态的核心知识产权。 对此,房立群副市长大力赞扬了华大在国内以及世界基因组领域的实力,并表示,基因研究领域无限宽广,吉林市将结合其特有的地区资源优势,为华大基因提供产业化平台,更快更好地促进其产业化发展。双方就如何通过合作推动产业发展及合作事宜交换了意见,并就下一步的合作进行更深入的探讨。2011-07-06 00:00:00.0
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华大基因首次全面发布最新版生物信息分析软件
2011年7月6日,华大基因生物信息软件发布会在深圳福田区大中华喜来登酒店隆重举行。会上发布的生物信息软件是华大基因自主研发且广受业界欢迎的工具升级及扩展之最新力作,它们将为生物学家提供强有力的解决方案,使研究者能够更加方便地使用这些生物信息学工具进行实验设计及分析。 本次发布的生物信息软件主要包括三个方面:基础数据分析工具、群体遗传学分析工具和传统工具的优化升级版。华大基因科学技术部门负责人李英睿指出:“随着生物信息学在生命科学领域的作用日趋重要,生物信息学分析软件已成为生物学工作者做研究的必备工具。全新升级版的软件增加了多项新的功能,具有稳定性好、效率高等优点,可以支持动植物、微生物及人类疾病等领域的个体及群体多组学研究。通过这些软件工具可以对海量的原始数据进行分析、处理,使之成为具有明确生物学意义的信息,从而使人们能够更加深入地了解生物的起源、遗传、发育与进化的本质。” 来自华大基因生物信息软件研发团队的专家们分别对这些软件进行了详细地阐述并简单介绍了其使用方法等。基础数据分析工具可以对新一代测序技术产生的各种基因组数据进行全方位分析,包括具有更高效率与精度的重新设计功能并对国际标准格式兼容的比对软件SOAPaligner3、能获得更加准确和完整基因组序列的从头组装软件SOAPdenovo2、基于基因组局部组装的indel检测方法的SOAPindel、基于基因组从头组装结果的单碱基分辨率结构性变异检测方法的SOAPsv等;而传统工具在优化升级后也极大的提高了运行速度及效率。 SOAPdenovo2的研发负责人之一李振宇指出:“SOAPdenovo2是SOAPdenovo的升级版,其性能和适应性均有较大提高,能够组装出更加精确和完整的基因组序列”。 群体遗传学是遗传多样性研究的重要理论。目前,传统的人工算法已远远不能满足群体遗传学分析的要求,而群体遗传学分析软件和软件包不仅可以满足其要求,而且还可以方便快捷地处理大量的分析数据。华大基因此次还发布了非常实用的群体遗传学分析工具,其主要基于群体基因组学研究产生的海量数据为基础,可以对群体遗传变异进行更加高效、更加准确的检测分析。华大基因信息分析技术导师邵浩靖指出:“我们可以提供群体插入删除分析和群体变异检测方法,这些方法可以对大于500个样本的群体的中低深度重测序数据进行分析。” 就传统工具的优化与升级,华大基因弹性计算中心研发主管向伟说:“采用分布式版本对基因组的拼接与组装有两个好处:一是运算速度与集群大小呈线性增长;二是可以根据任务大小轻重缓急弹性地分配计算集群资源,而不是各种不同的任务在同一个集群里排队。这样既可以提高效率,也可以节约资源及成本”。 华大基因高性能信息分析中心负责人王丙强博士指出:“随着基因组学的快速发展,其产生的海量数据对存储、计算机性能等方面以每12-18个月10倍的速度在增长,并已远超越著名的摩尔定律。为了解决这一难题,华大基因信息生产中心正不断地在高性能计算领域内开发可以解决海量数据方面的硬件”。 发布会上,与会者就生物信息软件相关问题进行了提问,华大基因研究人员均一一详细解答。最后,华大基因宣布了本次发布软件均可免费下载并公布其使用路径(http://soap.genomics.org.cn/)。此次发布的这些软件为信息分析增加了一些有力的数据分析工具及方法,可以很好的满足研究机构或医疗机构对不同的生物学数据的深度挖掘及分析的要求。通过这些生物信息分析软件,使用者可以独自进行基因组数据的分析,如组装、基因预测、功能注释、重复序列分析、SNP分析、进化相关分析等。据悉,华大基因每年还会举办多次生物信息学培训班,让广大科研人员可以熟练地掌握生物信息分析软件的使用方法及如何更加科学有效地分析、挖掘这些生物信息数据资源。2011-07-06 00:00:00.0
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从德国致病性大肠杆菌到濒临灭绝的北极熊 《GigaScience》将最先为科学界提供可引用数据
2011年7月6日,《GigaScience》杂志执行编辑Scott Edmunds正式对外宣布《GigaScience》杂志已经开始接收数据,并公开了首个可引用的数据库—德国大肠杆菌数据库。该期刊由华大基因(BGI)和BioMed Central(简称 BMC ,生物医学中心)共同主办,主要采用全文文献与大型数据库相结合的崭新模式,为广大科学工作者提供前沿、有效的数据以及生物学发现等资源。据悉,该期刊是一个面向所有使用或产出海量数据的生物学研究者的开放阅读期刊,不仅能够促进数据的快速发布,还有助于研究者对数据的轻松访问、重复使用及动态追踪,更重要的是还可以在网上对其进行永久性免费访问。 目前,由华大基因和其德国的合作伙伴以及万种脊椎动物计划联盟共同创建的数据库包括了最近流行的德国致病性大肠杆菌O104菌株和7种脊椎动物(大熊猫、恒河猴、食蟹猴、北极熊、帝企鹅、阿德利企鹅、家鸽)的基因组序列和组装数据。该数据库已采用数字对象唯一标识符(DOIs)进行标识,使用者可以像使用其他数据库(如NCBI等)一样对其进行访问。 《GigaScience》杂志社通过与DataCite 机构 (http://datacite.org/) 和大英图书馆(the British Library)的合作为数据库提供DOIs。目前论文是数据产生者的研究成果获得认可的唯一有效途径,而传统的论文发表需要较长时间的撰写、修改和编辑,该冗长的过程会限制相关数据的使用性,并将严重阻碍科学发现的进程。因此,创建DOIs的首要目标就是促进数据的快速发布及传播,使得论文发表在相关学术杂志之前就可以获得数据库中的绝大多数信息。 德国致病性大肠杆菌爆发事件已经明确地证实了数据免费、快速发布的重要性。为了控制疫情的恶化,华大基因和德国汉堡—埃普多夫大学医学中心的研究人员以最快的速度完成对致病菌的基因组测序及分析并向全球免费公开所有数据,并声明在公共领域许可证范围内,所公开的数据没有使用限制。该数据库的公开使得整个科学界在第一时间共享了相关数据信息 (http://www.sciencemag.org/content/332/6035/1249.full),省去了从数据产生到文章发表的时间,加速了数据的传播与使用。具有DOI的德国大肠杆菌基因组数据库使得大肠杆菌成为第一个以这种方式公开的物种。此外,研究人员也可以按照同样的方式向数据库中添加已经经过证实的有价值的信息 (http://bacpathgenomics.wordpress.com/2011/06/13/e-coli-data-released-under-creative-commons-0-license/)。 关于数据库的其他相关信息,具体见下: 华大基因“德国大肠杆菌”数据库:http://dx.doi.org/10.5524/100001 德国大肠杆菌数据分析:https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki 万种脊椎动物基因组计划:http://climb.genomics.cn/g10k 独立数据库可单独引用的DOIs: 10.5524/100001 (大肠杆菌)E. coli 10.5524/100002 (恒河猴)Chinese Rhesus Macaque 10.5524/100003 (食蟹猴)Crab Eating Macaque 10.5524/100004 (大熊猫)Giant Panda 10.5524/100005 (帝企鹅)Emperor penguin 10.5524/100006 (阿德利企鹅)Adelie penguin 10.5524/100007 (家鸽)Domestic pigeon 10.5524/100008 (北极熊)Polar Bear2011-07-06 00:00:00.0
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系列报道之二:杨焕明院士、汪建院长等应邀访问老挝 与老挝高层共商跨越式发展大计
7月1日下午,深圳访问团先后拜会了中国驻老挝大使布建国、经济商务参赞张玉成。刘应力敦促有关方面加强与大使馆及经济商务处的沟通,取得大使馆及经济商务处的支持。布建国大使和张玉成参赞简要介绍了双方关系情况,也提出诸如人力资源等一些制约中资企业在老挝发展的瓶颈问题。 杨焕明院士认为,应多关心老挝留学生在中国学习的情况和毕业去向。刘应力建议有关部门根据深圳市留学基金的政策,选拔支持老挝留学生赴深圳学习培训,通过华大基因等企业培养高层次本土化人才。汪建院长向布大使、张参赞汇报了华大基因产学研最新成果,特别是国家基因库在深圳华大基因的落成情况,详细介绍了华大基因在农业、畜牧、健康、环境、微生物、流行病防治等多方面的科技成就、产业化成果及创新人才培养模式,并强调华大可以在诸多方面深入为老挝和东南亚地区国家服务。布大使、张参赞深表赞许,愿意积极协助华大基因等深圳企业在老挝发展,深化双方传统友谊,充实双方友好关系。2011-07-06 00:00:00.0
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系列报道之一:杨焕明院士、汪建院长等应邀访问老挝 与老挝高层共商跨越式发展大计
2011年7月1日至7月4日,深圳华大基因研究院理事长、中国科学院院士杨焕明、深圳华大基因研究院院长汪建应老挝国家经济特区和专区管理委员会、老挝国防部、老挝科技部等邀请,陪同原深圳市委常委、常务副市长、现深圳企业家协会会长刘应力、盐田区常务副区长龙岳华、深圳创投副总裁钟廉等有关部门和企业代表访问老挝。 深圳访问团介绍了深圳特区三十年改革发展和创新经验、华大基因产学研一体化发展模式及在老挝的项目进展,并与老挝人民革命党政治局委员、国会主席巴妮·亚托杜女士及上述部门高层领导进行交流。双方表示希望借助深圳经济特区发展经验和华大基因创新发展模式,与老挝优良的热带自然资源和地理位置优势有机结合,加快老挝经济特区建设步伐。 7月1日,深圳访问团抵达万象,与老挝科技部首任部长、原老挝总理办公厅主任波维坎•翁达拉博士会面。作为老挝科技部的第一批客人,刘应力代表深圳对波维坎博士出任即将挂牌的老挝科技部首任部长表示祝贺,并邀请波维坎•翁达拉博士访问深圳,出席深圳高交会。刘应力表示,深圳愿意组织专家为老挝科技部制定科技规划提供帮助。杨焕明院士、汪建院长强调,科技部的成立标志着一个国家的国力在发展史上的新开端,他们祝愿老挝的科技工作者走向世界,华大基因愿意与老挝科技部开展充分合作。对此,波维坎博士表示感谢,并愉快地接受了深圳访问及华大基因的邀请。 此次访问是继2008年11月后,深圳市携华大基因第二次组团访问老挝。2011-07-06 00:00:00.0
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AB SCIEX代表前往华大参观 关注华大未来发展
2011年6月30日,AB SCIEX总裁Rainer Blair先生、APAC服务总监Paul Griffin先生及APAC销售总监Vince Gao女士等AB SCIEX代表等一行前往华大参观并座谈。华大基因研究院院长汪建和理事刘斯奇等出席座谈。 座谈会上,双方介绍了各自的历史背景,发展概况及未来发展规划。AB SCIEX 总裁Rainer Blair先生向华大基因展示了AB SCIEX目前的发展规模、技术优势及其产品应用所涉及领域。刘斯奇理事认真听取了AB SCIEX代表的讲解,并就AB SCIEX的仪器如何更好地在华大基因的未来发展应用进行讨论,他同时与来宾们分享了华大蛋白平台的未来发展计划,并详细地解答来宾们的疑问。本次会议在愉快的气氛中结束。2011-07-06 00:00:00.0
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华大基因与悉尼大学签署合作备忘录为未来进行联合科研项目奠下良机
2011年6月29日,华大亚太地区第一负责人粱鸿生代表华大与悉尼大学代表John Hearn教授签署合作备忘录。本次合作备忘录的签署,意味着双方的合作已成功开启,在未来,双方将共同开展科研项目和教育培养。 John Hearn教授说:“华大正在进行一些非寻常的工作,并将帮助后代人面对全球挑战。”他同时强调,通过本次签署联合备忘录,将对悉尼大学的教育、培训和科研方面有着深远影响2011-07-06 00:00:00.0
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2011生物IT亚太会议在深隆重召开
2011年7月5日,第一届生物IT亚太会议(Bio-IT APAC Conference & Expo 2011)在深圳福田大中华喜来登酒店隆重召开。来自生命科学、医药、保健、卫生、信息等多个学科领域的200多位名专家学者参加了本次会议,共同探讨了生物技术(BT)与信息技术(IT)相结合的发展模式和前景。本届大会由全球最大规模基因组学研究中心—华大基因(BGI)和全球视觉计算技术的行业领袖—英伟达(NVIDIA)共同举办,大会将持续到本月7日。 下午两点,大会在华大基因市场部总监杨碧澄的主持下正式开始。华大基因理事长杨焕明院士发表致辞,他表示:“随着基因组测序技术的迅速发展,越来越多物种的 基因组被解码,由基因组测序产生的数据也呈指数增长,信息技术在这些巨大而复杂的数据的存储、分析以及最终数据库的建立和资源共享等方面发挥了至关重要的 作用;科学家们运用数学、计算机科学和生物学的各种工具阐明基因组研究获得数据中所包含的生物学意义,生物学和信息学交叉、结合,从而形成了一个新的学科 ——生物信息学或信息生物学。” 随后,华大基因科学体系负责人李英睿为大家讲解了“亚洲人和非洲人个体基因组的结构变异(SV)分析”的报告。李英睿说:“Bio-IT就是利用信息技术(IT)来解决生物学问题,促进大量而复杂的生物学数据背后生物学奥秘的发现。”英伟达公司健康&生命科学事业部主管Kimberly Powell为大家介绍了高性能计算的重要性及其在促进科学发展&发现中发挥的巨大作用。欧洲生物信息学研究所(EBI’s European Nucleotide Archive)Guy Cochrane博士对欧洲核酸数据库(ENA:http://www.ebi.ac.uk/ena/)进行了详细的介绍,比如基因组序列数据存储、提交及检索等。北京大学人民医院的何雨生博士向大家介绍了关于构建基于循证医学的临床科研一体化技术平台方面的思考与实践情况。 IBM全球深度运算销售主管Janis E.Landry-Lanehe结合相关案例向大家介绍了IBM如何为生命科学相关领域科研人员服务,并解释说:“随着人类基因组计划的完成,新一代基因组测序技术的飞速发展使科研人员处于一个数据爆炸的时代,对这些生物学数据的使用也将成为转化医学的重要内容,因此,信息技术(IT)/高性能计算机(HPC)将会有助于实现科学合作、数据的共享和分析等。”随后IBM的高级软件技术顾问罗向军向大家介绍了IBM在存储空间管理方面的详细情况。 本次会议是将生物技术和信息技术相结合的一场盛会,信息技术和生物技术都是高新技术,信息技术支撑生物技术的发展,有助于加强生物技术领域的各种数据库管 理、信息传递、检索和资源共享以及提供特定软件支持等;随着人类基因组计划的完成,生物技术的快速发展也为信息技术发展开辟了新的道路,并推动了信息产业的发展。我们相信生物技术和信息技术的融合必将会引起一场新的革命。 此外,华大基因还将于6日首次全面发布最新研发及扩展的生物信息软件,并宣布免费下载及使用路径。据悉,这些全新升级版的软件增加了多项新的功能,具有稳定性好、效率高等优点,可以支持动植物、微生物及人类疾病等领域的个体及群体多组学研究。2011-07-05 00:00:00.0
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华科同济医学院附属同济医院陈汉平教授关注人类健康领域合作
2011年7月4日下午,华中科技大学同济医学院附属同济医院围产医学科主任医师陈汉平教授一行到访武汉华大。在华大基因华中区负责人牟峰的接待陪同下,陈汉平教授一行参观走访了武汉华大四楼展厅及各实验平台,了解了武汉华大在人类健康领域的产业化进展。 座谈会上,陈汉平教授与负责人牟峰进行了探讨交流。陈汉平教授从技术角度肯定了武汉华大无创产前基因检测项目,认为该项目极具前瞻性,并希望武汉华大与同济医院就开展该项目进行探讨。同时,陈汉平教授对单基因病检测等其他项目兴趣浓厚,她表示期待与武汉华大联手,并将以湖北省政协委员及产前专家的身份去推动无创产前基因检测项目在鄂的全面开展。2011-07-05 00:00:00.0