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中科院昆明动物所与华大基因共同完成中国猕猴全基因组序列多态性分析并建立相关数据库
中国科学院昆明动物研究所和深圳华大基因研究院的研究人员首次完成了对中国猕猴全基因组序列多态性分析,并基于分析产生的海量序列多态数据建立了CMSNP(the Chinese macaque single nucleotide polymorphism)数据库,将为进化和医学研究提供基础支持。这一研究成果于7月6日发表在国际知名杂志《基因组生物学》(Genome Biology)上。 猕猴生理上与人类较接近,因此是生物学、心理学、医学等多种学科研究工作中理想的试验动物,也是被最广泛使用的非人灵长类模式动物。完成对猕猴基因组的测序和分析将帮助人类更好地了解灵长类的进化过程,并将为今后的医学研究等提供更多有价值的信息。 研究人员采用新一代测序的方法完成了对中国猕猴基因组的测序并进行了分析。与已知的印度猕猴基因组序列比较,共发现了550万个单核苷酸序列多态性位点(SNP),其中294万个SNP是中国猕猴基因组中的杂合多态性,256万个SNP是中国猕猴和印度猕猴间的差异位点。同时,还发现了12万多个的基因组结构变异(Structural variation, SV)。此外,利用通用基因组浏览器(GBrowse),研究人员建立了中国猕猴全基因组序列多态性数据库(monkey.genomics.org.cn),为进一步开展数据分析提供了一个可视化的平台。 华大基因项目负责人方晓东说:“猕猴作为一个重要的非人灵长类模式动物,对于生物医学的研究有非常大的帮助,了解其多态性情况将有助于研究人员根据试验目的选择合适的对象(如通过某种特定基因型的频率来选择)及解释试验结果(如遗传差异导致试验结果不一致等)。这只是我们在研究猕猴遗传背景工作框架中的一小部分,后续会有更详尽的猕猴遗传背景差异及进化历史的研究成果公布。”2011-07-19 00:00:00.0
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深圳市重点实验室与工程实验室授牌大会暨2011年华大基因科研管理年中会议举行
2011年7月18日上午,深圳市重点实验室与工程实验室授牌大会暨2011年华大基因科研管理年中会议在深圳华大基因研究院8楼会议厅举行。华大基因研究院院长汪建、副院长王俊等领导及各实验室负责人、人力资源部、财务中心、科技部、法务部、干部部、产业发展部相关人员出席了本次会议。 会议开始,科技部第一负责人杨国华致欢迎词,科技部外部项目管理组靳大卫就国家科学技术“十二五”发展规划政策要点介绍和重点实验室与工程实验室验收标准作了介绍,杨国华就华大科技部上半年工作作了总结性发言,实验室负责人汇报实验室建设情况。 华大科学体系负责人李英睿、海洋平台负责人石琼、环境微生物应用项目组徐俊光、MetaHIT项目负责人覃俊杰、蛋白平台负责人及国家基因库重大专项负责人张勇、生育健康中心负责人王威、临检中心负责人杨玲、农业领域主责运营官张耕耘、生命科学事业部首席科学家杜玉涛分别接受了汪建院长、王俊副院长颁发的 “深圳市贯穿组学生物信息核心技术重点实验室”、“深圳市海洋生物基因组学重点实验室”、“深圳市环境微生物基因组学与应用重点实验室”、“深圳市人体共生微生物和健康研究重点实验室”、“深圳蛋白质组学工程实验室”、“深圳出生缺陷筛查工程实验室”、“深圳临床分子诊断工程实验室”、“深圳作物分子设计聚合育种工程实验室”、 “深圳动物基因组辅助育种工程实验室”牌匾。 汪建院长和王俊教授对十个实验室今后的发展做出了一系列详实的部署,指出每个实验室都要按照国家重点实验室和国家工程实验室的验收标准,高标准严要求的落实发展规划,从而在“十二五”期间依托若干实验室逐步构建出华大独特的科研创新体系。 据了解,深圳市高度重视自主创新体系的建设与完善,重点实验室建设是其中的重点,依托深圳华大基因研究院在生物基因方面的强大科研实力,深圳市设立了五个市级重点实验室和五个市级工程实验室。 相关链接: 基因科学与产业重大基础性平台成功落户深圳2011-07-19 00:00:00.0
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香港中文大学──华大基因跨组学创新研究院今成立全球基因研究及人才培训新基地
香港中文大学(以下简称“香港中大”)与深圳华大基因研究院(以下简称“华大基因”)合作成立“香港中文大学──华大基因跨组学创新研究院”(以下简称“创新研究院”)。成立典礼今天(7月18日)于香港中大举行,由原深圳市委常委、常务副市长、现深圳企业家协会会长、香港中大荣誉院士刘应力教授;华大基因理事长杨焕明院士;香港中大校长沈祖尧教授;中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室教育科技部副部长莫锦强先生;深圳市委教育工委书记、深圳市教育局局长郭雨蓉女士;华大基因院长汪建教授,以及创新研究院院长陈伟仪教授主礼。 基因组科学技术在过去二十年发展迅速,但相关人才(如计算机生物学和生物信息专业人士)的培训速度则未能配合。为促进基因组科学的持续发展,并把研究成果转化成惠及人群的产品及服务,相关人才的培训至为关键。香港中大在基因研究方面卓有成就,华大基因则是全球最大的基因组学研发中心之一,科研成就备受推崇。香港中大及华大基因成立“香港中文大学──华大基因跨组学创新研究院”,结合双方的科研实力,致力培训基因组学、蛋白质组学、代谢学、临床遗传学、临床基因组学、计算机生物学及生物信息科学的人才,当可推动相关研究,促进生物科技及制药业的发展。 香港中大校长沈祖尧教授于成立典礼上表示:“创新研究院将为香港中大和华大基因的学者提供合作平台,充分发挥双方的科研实力,促进基因组学和蛋白质组学研究在临床医学中的应用。创新研究院致力发展成为世界一流的基因研究基地,并培育科研人员,带领基因研究创造更多突破,造福人群。” 华大基因理事长杨焕明院士表示:“华大基因与香港中大在过去三年多共同开展多个重要课题,获得显著的科研成就。本次创新研究院的成立,将为全方位培养跨组学复合型人才创造良好平台。随着基因测序技术的迅猛发展,当前正迫切需要具备多种专业知识的跨领域人才来处理其产生的巨大数据量,并且全方面解读基因密码的奥妙。” 香港中大与华大基因多年来一直紧密合作,包括于2009年成立“中·华基因联合研究中心”,在肿瘤、大豆及糖尿病三个研究项目中开展深入合作,并取得可喜的成果。其中的“大豆回家”项目,在大豆基因组研究达成重大突破,有关研究成果获遗传学权威学术期刊《自然遗传》(Nature Genetics)刊登为封面故事。香港中大和华大基因亦签署了研究生合作协议,共同培训研究生。本次成立的“香港中文大学──华大基因跨组学创新研究院”将提供基因组学、蛋白质组学、计算机生物学及生物信息科学的基础和高级课程(包括硕士及博士课程)、开展研究项目及共建跨组学联合实验室,以满足人才培训、学术研究和生物技术研发的需求;同时为香港中大与华大基因长久延续的合作建立更稳固的基础,为今后开拓更多的创新研究领域和项目创造条件。 香港中大一直以来致力拓展与深圳的合作发展,就学术、教育、研究等各方面制订了长远策略。香港中文大学深圳研究院预计在今年开幕,将成为研发、培训和技术转移的基地;在深圳市政府支持下,香港中大正在筹建香港中文大学(深圳)。创新研究院的未来发展将与香港中大深圳研究院及深圳校区的发展互相结合,促进深港两地基因组科学及生物科技的合作。 香港中大的基因科研成就 香港中大的医学院、理学院及工程学院拥有大量基因组学、蛋白质组学、临床遗传学、临床基因组学、计算机生物科学及生物信息科学的专业人才。大学先后成立了“香港生物信息中心”、“微生物基因组科学与蛋白质组学研究中心”,以及由医学院、理学院和工程学院人员组成的“系统生物学课题小组”。生物医学学院和李嘉诚健康科学研究所设立了生物信息中心实验室,支持基因组科学与蛋白质组学的研究工作。此外,生物医学学院亦建立了新的研究生部,将于下学年开办基因组学及生物信息学硕士课程。凭借在基因研究方面的优秀条件,香港中大将积极贡献人才培训,满足基因组科学发展的需求。2011-07-18 00:00:00.0
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武汉市口岸药品检验所关注武汉华大产业化发展
2011年7月16日上午,武汉市口岸药品检验所代表团一行30余人到访参观武汉华大基因。 参观中,代表团了解了武汉华大近期的产业化发展情况,对无创产前基因检测、宫颈癌HPV检测、HLA高分辨分型、乙肝病毒HBV耐药基因检测等人类健康领域新技术表示支持和认同,对轻木、谷子等生命科学项目兴趣浓厚。 据了解,武汉市口岸药品检验所自去年入驻光谷生物城后,将于近期正式开展药品类监督和检验工作,全力支持园区各企业的产业化发展。2011-07-18 00:00:00.0
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宁夏农林科学院枸杞工程技术研究中心与华大基因共同启动 “枸杞基因组计划”
2011年7月16日,宁夏农林科学院枸杞工程技术研究中心与华大基因共同宣布正式启动“枸杞基因组计划”,该签约仪式在宁夏农林科学院召开。宁夏回族自治区副主席屈冬玉、宁夏农林科学院党委书记、院长刘荣光、深圳华大基因研究院院长汪建、宁夏科技厅厅长马清贵、宁夏科技厅副厅长张新君、宁夏农林科学院科研处处长张富国、深圳华大基因研究院生命科学事业部总经理张耕耘、国家枸杞工程技术研究中心副主任曹有龙、中国科学院武汉植物园王瑛研究员等专家领导出席了此次签约仪式。 下午四点,发布会在宁夏农林科学院副院长李生宝的主持下拉开序幕。宁夏农林科学院党委书记、院长刘荣光致欢迎词,并介绍了枸杞的研究现状,他指出:“该项目将对全面开展枸杞的遗传学研究、基因组学研究以及分子育种研究提供非常重要的科学价值,对枸杞的进一步开发利用具有重要意义。枸杞项目组负责人曹有龙表示:“宁夏农林科学院与国家枸杞工程技术研究中心拥有多年丰富的枸杞研究经验和种质资源,为枸杞基因组计划的实施奠定了坚实的基础。 随后,深圳华大基因研究院院长汪建主要介绍了基因组学研究现状,并指出,“基因组学研究应迅速转化为生产力,为育种等提供指导作用。枸杞作为宁夏的支柱产业,我们应该开展长期,深层次的合作,包括枸杞的育种及国家基因库项目。”宁夏自治区副主席屈冬玉说:“我们要在马铃薯基因组研究喜获重大突破之际,坚定信心,克服困难,下大力气将枸杞基因组与育种相结合,挖掘枸杞有用基因,并将其应用于生产中。我们以后还要开发宁夏特色物种基因资源,从而实现宁夏农业和科研的跨越式发展。”发布会的最后,汪建院长与李生宝副院长在项目合作协议上签字。 传统的植物系统学研究主要集中在以宁夏枸杞为主的有效成分的提取分离、药理、基因工程、栽培相关等方面。然而传统的系统学难以解释该属物种的系统演化和全球分布特点,因此从分子进化角度,基因组学研究可以作为该属物种分子系统学研究以及基因资源深入发掘的一个切入点,进行枸杞属物种遗传多样性、生态因子和活性成分变异的相关性研究,发掘该属物种特有的基因功能和新的基因资源,将会为优良种质资源的发掘、育种栽培和生产区划提供重要的理论基础。 该研究项目将会采用目前最先进的全基因组鸟枪法测序(WGS)策略对枸杞基因组进行研究,并通过对测序所获得的大量的数据进行信息分析和深度挖掘,从而为枸杞从育种、栽培到生物、化学、医药及深加工诸领域的深层研究奠定基础。全基因组鸟枪法测序(WGS)策略具有速度快、简单易行、成本较低的优点,目前已经被广泛应用于测定动植物基因组序列,如水稻、熊猫、黄瓜、牡蛎、半滑舌鳎、石斑鱼、朱鹮等。 华大基因作为全球最大规模的基因组研究中心,拥有大规模的测序平台和强大的生物信息分析能力,为枸杞基因组计划的实施提供了有力保障。据悉,自去年1月至今,华大基因及其合作伙伴共启动了505种动植物基因组测序项目,其中,基因组已组装完成的项目有95个,正在进行组装的项目有194个。宁夏农林科学院和国家枸杞工程技术研究中心拥有丰富的种质资源以及多年丰富的枸杞研究经验,为枸杞基因组计划的实施奠定了的重要基础。传统与新型结合的研究方式必然给枸杞研究带来一场更深更快的革命,其取得的新成果也将给人类带来更大的福音。2011-07-16 00:00:00.0
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马铃薯基因组研究喜获重大成果 作为《自然》封面文章发表
2011年7月15日,由中国农业科学院主办的“马铃薯基因研究成果发布和座谈会”在京成功举办。马铃薯全基因组序列图和生物学分析研究成果于昨日在国际权威学术期刊《自然》上以封面文章正式发表,该研究成果对这一重要块茎作物的遗传改良及育种具有巨大的科学价值。在项目执行过程中,由中国农业科学院蔬菜花卉研究所、深圳华大基因研究院组成的中方团队实现了从参与到主导的跨越,奠定了我国在马铃薯基因组研究领域的国际领先地位。 中国科技部国际合作司副司长陈霖豪、中国财政部教科文司副司长宋秋玲、中国农业部科教司副司长石燕泉、中国农业科学院国际合作局副局长贡锡锋、自然基金委国际合作局副局长常青、宁夏自治区副主席、中国作物学会马铃薯专业委员会主任委员屈冬玉、中国农科院科技局局长王小虎、处长陆建中、深圳华大基因研究院副院长李松岗、中国农业科学院蔬菜花卉研究所所长杜永臣等专家领导以及来自新华社、中央电视台、人民日报等媒体参加了此次发布会及座谈会。 下午3点,发布会在中国农业科学院副院长唐华俊的主持下正式开始。宁夏自治区副主席屈冬玉主要介绍了马铃薯项目组织的背景,并表示此次马铃薯基因组研究的重大成果对我国马铃薯产业具有重大的意义。据悉,“马铃薯基因组测序国际协作组”是由来自14个国家29个单位的97名研究人员组成的,该协作组经过6年艰苦的努力、克服诸多困难,终于取得了突破性的成果。由中国农业科学院蔬菜花卉研究所、深圳华大基因研究院等组成的中国马铃薯基因组项目团队在此项成果中发挥了重要作用。 2008年底,协作组遇到了二倍体马铃薯基因组高度杂合、物理图谱质量不高、测序成本高等难以克服的困难,项目举步维艰,协作组濒临解散。在这种情况下,中方团队另辟蹊径,提出了一套新的策略:以单倍体马铃薯为材料来降低基因组分析的复杂度,并采用快捷的全基因组鸟枪法策略和低成本的新一代的DNA测序技术。该策略大大加快了整个项目的进程,中方团队于2009年完成了单倍体马铃薯基因组的测序、拼接和注释工作。在这种形势下,国际协作组放弃了原有二倍体基因组测序的技术路线,把绝大部分资源聚集在中方主导的单倍体基因组测序项目上,并于2009年9月23日宣布完成了马铃薯全基因组序列图,在该序列图的基础上,协作组又花了近两年时间对马铃薯基因组进行了细致的生物学分析。 国际单倍体马铃薯基因组计划的首席科学家、中国农业科学院黄三文研究员在发布会上对马铃薯的研究成果做了详细阐述,他指出,马铃薯基因组共包含约39,000个基因,在进化过程中经历了两次全基因组复制。马铃薯是通过薯块繁殖的,属于营养繁殖作物,具有严重的自交衰退现象,对基因组的分析初步揭示了马铃薯自交衰退的基因组学基础。通过比较基因组分析,发现了薯块生长发育和病虫害抗性的重要基因。此外,马铃薯基因组也为进一步了解双子叶植物的进化路径提供了分子生物学新知识。在马铃薯基因组研究工作中,华大基因凭借其国际一流的测序平台和丰富的生物信息学分析经验,在该项目中发挥了重要作用,为阐明马铃薯遗传机制和培养高品质的马铃薯品种提供了坚实的基础。 马铃薯被称为是一种“十全十美”的健康食品,温家宝总理还曾说过“小土豆,大产业,能致富,靠科技”。马铃薯世界上第三大粮食作物,对于粮食安全的作用日益突显。我国是世界最大的马铃薯生产国,目前面积已经接近9000万亩,总产量约900亿公斤。然而我国马铃薯单产水平刚到每亩1000公斤,只有先进国家如荷兰的1/3。马铃薯产业发展的瓶颈是缺乏适合于我国气候条件和栽培方式的优良品种,对于原产南美的马铃薯这一外来作物遗传资源的研究和利用也特显不足。通过全基因组设计育种,马铃薯育种家将加速新品种的培育。在全基因组设计育种上,我国和荷兰、美国等发达国家处于同一起跑线上。目前马铃薯全基因组遗传变异图谱的构建和分子设计育种体系的开发是关键,亟需得到各方面的支持,同时要加强与常规育种的结合,从而加速培育具有我国自主知识产权的优良品种,造福广大人民。 座谈会上,各位专家领导纷纷表示了国际合作的重要性,并指出还需尽快开展马铃薯基因组的后续研究工作,并加快研究成果在育种方面的运用及推广,从而实现科技成果的转化,为马铃薯的遗传改良及育种作出重大贡献。马铃薯全基因组序列精细图的完成是我国农业领域取得的重大新成果,具有重要的标志性意义。该研究项目得到了科技部国际合作司和基础司、财政部科教文卫司、农业部科教司和国际合作司、国家自然科学基金委等部委的大力支持,此次取得的重大成果充分体现了各部委联合攻关的优势,也再一次证明了社会主义制度集中力量办大事的优势。2011-07-15 00:00:00.0
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巴登新城投资公司应邀考察华大 双方探讨现代旅游全面创新模式
2011年7月15日上午,巴登新城投资公司总裁翦迪岸带领综合考察组、农业考察组、健康考察组对华大进行全面考察,华大基因研究院院长汪建、执行总裁王俊、行政总裁黄胜全以及华大农业平台、医学健康平台负责人等予以热情接待。 来宾参观了华大展厅以及华大各实验平台,了解了基因技术在农业分子育种、动物育种、医疗健康疾病研究以及环保等方面的广泛应用。 在随后的座谈上,汪建院长首先介绍了此次考察的背景情况,他表示,从传统旅游走到现代旅游需要增加新的元素,华大与巴登新城有很多可以合作的地方,并强调希望通过巴登基地试点,以崭新的高科技姿态进入,实现观光旅游与健康、工作、休闲、文化等一体化。 翦迪岸总裁表示,此次来华大考察很受教育和启发,希望尽快推进现代旅游业与文化、科技的结合。 最后,各领域就进一步开展的合作项目进行了分组讨论。2011-07-15 00:00:00.0
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深圳市人居环境委领导华大座谈 对华大发展予以支持
2011年7月15日深圳市人居委张建安副主任、规划处吴亚平处长等一行4人来访华大,华大基因研究院农业领域主责运营官张耕耘博士、科技部第一负责人杨国华、环境微生物应用项目组徐俊光博士、能源微生物应用项目组程书博士等予以热情接待并进行了座谈。 座谈会上,徐俊光博士和程书博士分别汇报了环境科研资金项目及深圳市环境微生物基因组学与应用重点实验室的建设、环境示范工程项目及进展。张建安副主任对华大目前开展的生物传感器以及循环经济方面的工作表示了高度的兴趣,并就饮用水安全监测和垃圾渗透液的处理等方面提出了合作意愿。张建安副主任同时表示愿意对华大的项目申请、重点实验室建设等方面的工作予以支持。 会后,张建安副主任一行在张耕耘博士等的陪同下参观了沼气实验平台和生物传感器构建平台,对华大的工作给予了赞赏。2011-07-15 00:00:00.0
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深圳市副市长吴以环一行来访华大 对华大取得的成果予以赞扬
2011年7月14日,深圳市副市长吴以环在深圳市盐田区常务副区长龙岳华的陪同下率深圳大学、清华大学研究生院、北大研究生院、哈工大研究生院、深圳中学、深圳实验学校、深圳外国语学校、市高级中学、市第三高级中学、深大师范学院附属中学、市第二实验学校、市第二高级中学、市第二外国语学校校长一行来访华大,华大基因研究院副院长王俊、总裁助理王建伟、人才培养中心彭凤琴等热情接待了来宾。 王俊副院长为来宾介绍了华大的发展历程、华大在医学健康、克隆及分子育种等领域取得的成果以及华大创新人才培养模式。他表示,华大是为了公益事业而诞生的,希望继续发挥华大优势,为幸福广东贡献力量。 得知华大相关成就已经编入高中生物课本后,吴以环副市长提出,让在场各位校长结合学校的特点,从中学做起,普及生物基因基础知识,并对华大取得的成果予以赞扬。2011-07-15 00:00:00.0