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华大基因杨焕明、张耕耘被分别聘任为农业部重点实验室学术委员会主任及重点实验室主任
摘选自2011年11月14日国家农业部官网 2011年11月14日,国家农业部科技教育司发布以下农业部重点实验室主任及学术委员会主任名单的相关信息,内容如下: 根据《农业部重点实验室管理办法》的有关规定,经研究,农业部同意聘任228位专家为农业部重点实验室主任,聘任228位专家为农业部重点实验室学术委员会主任。其中,深圳华大基因研究院主席杨焕明院士被聘任为农业部重点实验室学术委员会主任,深圳华大基因研究院副院长张耕耘博士被聘任为农业部重点实验室主任,任期至2015年10月。 相关链接: 农业部办公厅关于聘任农业部重点实验室主任及学术委员会主任的批复 农业部重点实验室主任及学术委员会主任聘任名单2011-11-15 00:00:00.0
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中国农业科学院深圳生物育种创新研究院成立 国际水稻所合作正式签约 重大科研项目全面启动
2011年11月15日由中国农业科学院、深圳华大基因研究院共创的中国农业科学院深圳生物育种创新研究院揭牌暨与国际水稻研究所合作签约、重大科研项目启动仪式在深圳市会展中心桂花厅举行。此举标志着“中国农业科学院深圳生物育种创新研究院”(以下简称“研究院”)成立。研究院与国际水稻所举行合作签约仪式并宣布全球3000份水稻核心种质资源重测序项目正式启动,这寓意水稻全基因组分子育种的全面展开。 当日上午,国家农业部、中国农科院、广东省农科院、深圳市政府有关部门领导、华大基因相关领导及科研人员、近40家受邀媒体、现场300多位观众,齐聚一堂,共襄盛举。一同见证了“中国农业科学院深圳生物育种创新研究院”的隆重揭牌。 中央候补委员、原中国农业科学院院长翟虎渠,国际水稻所所长罗伯特.齐格勒,农业部科教司副司长潘海平,农业部对外经济合作中心主任杨易,农业部科教司推广处调研员纪绍勤,农业部对外经济合作中心展览处处长李赤,广东省农科院副院长陈栋,中共广东省委常委、深圳市委书记王荣,深圳市人民政府市长许勤,市委常委、秘书长王毅,市委常委、副市长陈应春,市委常委、龙岗区委书记蒋尊玉,市政府副秘书长高振怀,市农业和渔业局局长何永志,市发展和改革委副主任吴优,市科工贸信委主任王学为,市财政委主任乔家华,市规划和国土委主任王芃,龙岗区副区长熊小平,盐田区领导,市事业单位登记局局长陈开多,市规土委滨海管理局局长邵亦飞,项目所在地大鹏街道书记、主任、副主任等有关部门负责人等出席了新闻发布会。 揭牌仪式由中国农科院副院长、深圳生物育种创新研究院院长王韧主持。仪式前,中央候补委员、原中国农业科学院院长翟虎渠致辞,他表示希望在深圳市委市政府的领导和支持下,通过有关单位的共同努力,一定会把创新研究院建设成为国际、国内交流的平台,同时能够为中国的生物育种、中国的粮食安全提供强有力的科技支撑;接着,深圳华大基因研究院院长汪建致辞,汪建院长强调,深圳华大基因研究院在全球的农业和环境相关的基因组基础研究的贡献很大,我们有充分的理由相信,如果这个基础研究的成果延伸到应用科学,延伸到育种领域去将彻底地改变世界农业发展的现有轨道、发展节奏和发展模式,这是一场革命,并表示了对未来发展的信心;国际水稻所所长Robert Zeigler在随后的讲话中认为,深圳研究院的创立是一个非常明确的信号,表明了中国政府为了进一步促进国际粮食安全所需要的设施表示大力的支持,我们支持中国在水稻研究以及水稻改良的其他工作起到领导的作用,尤其是中国积极参与了由国际水稻所牵头的全球水稻协作组计划,国际水稻研究所非常重视与中国农业科学院和华大基因以及其他中方合作伙伴的合作。 许勤市长发表讲话并指出,生物育种在现代农业当中具有基础性和关键性作用,生物育种产业也是具有广阔发展前景的新兴产业之一,是生物技术产业的重要组成部分。对于推动农业科技创新,促进农业长期稳定发展,保障粮食安全具有十分重要的意义,作为全国首个国家创新城市和全国生物产业基地,深圳市高度重视发展包括生物育种在内的生物产业,将其作为战略性新兴产业,并专门制定了生物产业的振兴规划和发展的产业政策,全力推动生物产业做大做强。 许勤市长还强调,十二五期间深圳特区将深入贯彻落实胡锦涛总书记在深圳经济特区建立三十周年上的重要讲话和出席深圳大运会暨视察广东深圳重要讲话精神,紧紧围绕科学发展的主题和加快转变经济发展方式的主线加快创新发展,积极创造深圳质量,将大力发展生物等六大战略性新兴产业,预计到2015年全市战略性新兴产业的规模将突破两万亿,其中生物产业年销售收入将达到两千亿元以上,这将为生物育种产业的发展提供巨大的机遇和广阔的空间。同时,许勤市长认为,中国农业科学院是国家级的农业科研机构,华大基因是具有国际一流水准的基因科研团队,国际水稻所更是全球著名的农业科研机构,这三者强强联手,发挥各自比较优势,共同推动生物育种技术的研究和生物育种产业的发展,必将大大提高我市乃至全国的农业现代化、生物育种产业的创新能力和发展水平,深圳经济特区热忱的欢迎像生物育种创新研究院这样的农业科研的研究机构落户深圳,鼓励他们形成具有全球影响力的农业科技和生物农业的创新机构,深圳市委、市政府将提供最有力的支持、最优的服务,把创新科技研究院打造成为国际一流的生物育种创新高地和国际生物育种科技交流合作的重要平台,以高精尖为特色,为我国现代农业和生物育种产业发展作出积极贡献。 接下来,中国农业科学院翟虎渠院长、中共深圳市委书记王荣共同为“中国农业科学院深圳生物育种创新研究院”揭牌,在现场300多位同仁的见证下,中国农业科学院深圳生物育种创新研究院正式成立。 在国际水稻所合作签约仪式上,创新研究院副院长张耕耘在介绍双方合作情况,他说,水稻是我国的主要粮食作物,我国水稻传统的育种水平一直走在世界的前列,水稻对我国的粮食安全作出了重大的贡献,随着水稻基因组研究的不断深入,基因资源已经被列为21世纪的战略性资源,对基因资源的挖掘和利用将是生物产业的主战场。随后在创新研究院院长王韧、国际水稻所所长Robert Zeigler代表合作双方就合作战略框架协议签约。 随着创新学院副院长黎志康郑重宣布:全球3000份水稻核心种质资源重测序项目启动!至此,中国农业科学院的技术储备、人才团队、国际合作等国家级的农业研究实力及综合优势将与华大基因研究院在基因组研究上的强大技术优势结合起来,在创新研究院开展全球水稻核心种质的重测序及数据库的搭建工作,包括对约3,000份水稻育种相关核心种质和约8,000份重要种质(总共超过10,000份)的基因组重测序和相应的数据库搭建,并快速建立水稻核心种质的基因型和重要农艺性状的表型数据库,规模化发掘优良基因,突破水稻复杂性状分子改良的技术瓶颈,加快高产、优质、广适性新品种培育的进程,全面提升我国水稻分子育种水平。 参加此次活动的中国农科院领导有中国农科院副院长王韧、中国农科院办公室主任刘继芳、中国农科院科技局局长王小虎、中国农科院财务局局长史志国、中国农科院国际合作局局长张陆彪、中国农科院服务局党委书记方宜文、中国农科院科技局副局长王晓举、中国农科院人事局副局长汪学军、中国农科院作物所所长万建民、中国水稻所副所长胡培松、国家“973”项目首席科学家贾继增、中国农业科学院深圳生物育种创新研究院副院长黎志康;深圳华大基因研究院理事长、中国科学院院士杨焕明,深圳华大基因研究院院长汪建,执行院长王俊,深圳华大基因研究院行政总裁黄胜全,深圳华大基因研究院副理事长龙岳华,深圳华大基因研究院农业平台负责人、创新研究院副院长张耕耘等。2011-11-15 00:00:00.0
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深圳基因产学研资联盟第一届全体成员大会隆重召开
2011年11月15日,深圳基因产学研资联盟第一届全体成员大会(以下简称:“大会”)在深圳会展中心隆重举行。深圳基因产学研资联盟的正式成立是深圳市战略性新兴产业发展的一件大事,将为“十二五”期间深圳生物—基因产业的发展发挥重要的作用。 在深圳市政府的推动和支持下,深圳基因产学研资联盟于2011年6月17日正式揭牌。为进一步加强联盟成员之间的联系,促进成员间的交流和合作,更好地推动提升深圳市基因产业规模和竞争力的工作,特召开此大会。 深圳市政府唐杰副市长出席大会并致辞,深圳市政府高国辉副秘书长,发改委、科工贸信委、财政委、规划国土委、卫人委等相关部门领导及28家联盟成员单位代表、20余家新闻媒体代表等近百人出席了大会共商基因产业盛事。 会议由深圳华大基因研究院副理事长龙岳华主持,大会第一次全体会议上,唐杰副市长致辞指出,以华大基因为龙头,以深圳为基地,以产学研资联盟为推手,加强价值链集成和产业链的整合,构建企业、教育、科研、投资机构四位一体的合作机制,将为基因产业的发展带来巨大的生命力和创造力,并衷心希望深圳基因产学研资联盟成立以后,在理事会的领导下,在各联盟成员的通力合作下,能够充分发挥各自的优势,进一步深度联动,为加快深圳基因产业的发展贡献力量。 会议审议并通过联盟章程等会议文件、共选举出深圳华大基因研究院、中国科学院深圳先进技术研究院等深圳基因产学研资联盟第一届理事会理事单位15名。 在大会第二次全体会议上,向大会报告理事会决议:联盟理事长为深圳华大基因研究院汪建院长、联盟副理事长为深圳市创新投资集团有限公司李万寿总裁、深圳市深港产学研创业投资有限公司厉伟董事长、深圳市创业投资引导基金管理委员会办公室蒋玉才主任、中国科学院深圳先进技术研究院许建国副院长、万科企业股份有限公司王石董事长、深圳华大基因科技有限公司黄胜全行政总裁;聘请唐杰副市长、杨焕明院士为联盟名誉理事长,根据首任理事长提名,会议通过,选举龙岳华先生为秘书长、钟廉先生为副秘书长;联盟聘请深圳市前常务副市长刘应力担任科技顾问委员会主任、深圳市政府副秘书长高国辉担任战略顾问委员会主任。 联盟决议设立分支联盟深圳生物医药专利联盟,将进一步推动知识产权相关工作。下一步联盟将进一步建立健全联盟各项规章管理制度,举办参观、宣讲、论坛等各种形式的联盟活动,吸收新会员的加入,扩大联盟的影响力和号召力;协助市政府及相关行业主管部门,对深圳基因相关行业产、学、研、资等各领域的发展现状、问题和需求进行调研,为政府相关规划,扶持、指导和规范政策的出台献言献策,为各联盟成员与政府的良好互动提供协助;围绕联盟各成员未来五年研发、应用、产业、投融资等方面的战略规划和想法,互访互动,寻找大家的共同点、契合点,建立联盟成员共享的设备、技术、知识产权、渠道、金融等公共平台,取长补短,加强研发链、产业链和资本链整合,将联盟打造成为中国一流的产学研资一体化合作平台。 会议指出,深圳基因产学研资联盟的核心任务以推进基因产业的科技进步和产业化为目标,建立产业链上下游研发平台、应用平台、行业信息、知识产权、金融资本等核心资源的共享机制,建立与政府沟通、配合的渠道,推动产业政策、行业标准、服务体系的出台,促进成员单位的快速发展,形成深圳基因产业集群。 接着,深圳市市场监督管理局副局长邝斌就如何做好深圳市生物医药专利联盟有关工作讲话;联盟理事长汪建在致辞中勾勒了深圳基因产学研资联盟未来的发展目标和愿景。 市政府有关领导、联盟全体成员单位负责人、联盟科技顾问委员会成员、联盟战略顾问委员会成员等参加了深圳基因产学研资联盟新闻发布会。深圳市政府高国辉副秘书长致辞、联盟副秘书长钟廉发布联盟信息,联盟名誉理事长杨焕明、联盟理事长汪建和联盟副秘书长钟廉等回答了记者的提问。 聘请的深圳基因产学研资联盟战略顾问委员会成员单位有:深圳市发展和改革委员会、深圳市科技工贸和信息化委员会、深圳市财政委员会、深圳市规划和国土资源委员会、深圳市人居环境委员会、深圳市卫生和人口计划生育委员会、深圳市教育局、深圳市民政局、深圳市人力资源和社会保障局、深圳市农业和渔业局、深圳市口岸办公室、深圳市盐田区政府、深圳市龙岗区政府、深圳市坪山新区管委会;参加此次会议的深圳基因产学研资联盟成员单位有深圳华大基因研究院、深圳华大基因科技有限公司、深圳华因康基因科技有限公司、创世纪转基因技术有限公司、深圳微点生物技术有限公司、深圳市北科生物科技有限公司、深圳翰宇药业股份有限公司、深圳市海普瑞药业股份有限公司、深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司、深圳市第二人民医院、北京大学深圳医院、深圳市南山人民医院、国康网健康管理有限公司、深圳第一健康医疗管理有限公司、深圳市中航健身时尚股份有限公司、今日国际控股集团有限公司、中国科学院深圳先进技术研究院、中国农业科学院深圳生物育种创新研究院、深圳市农业科技促进中心、深圳市创新投资集团有限公司、深圳市深港产学研创业投资有限公司、万科企业股份有限公司、深圳市傲冠软件股份有限公司、深圳科技工业园有限公司、深圳市创业投资引导基金管理委员会办公室、深圳市源政投资发展有限公司、深圳市融捷融资担保有限公司、深圳市中小企业信用融资担保集团有限公司等。2011-11-15 00:00:00.0
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华大基因与美国俄勒冈州立大学联手植物疫霉菌基因组研究 望为植物病原菌防治开辟新途径
2011年11月15日,华大基因和美国俄勒冈州立大学签署合作协议,宣布双方将共同完成9种植物疫霉菌的全基因组测序和转录组分析工作。据悉,此次合作是疫霉菌基因组测序联盟研究项目的一部分,该联盟计划最终完成疫霉菌的150个基因组和300个转录组测序及分析工作。本次合作开启了华大基因和疫霉菌基因组测序联盟合作的新纪元,旨在通过对所有已发现的植物疫霉菌进行全基因组测序和转录组分析,为植物尤其是农作物疫霉菌类植物病原菌防治提供科研基础。疫霉菌基因组测序联盟由即将上任俄勒冈州立大学基因组研究与生物计算中心主任的国际著名植物病理学家Brett Tyler博士发起,并获得了包含全球12位疫霉菌研究专家的顾问委员会的支持。 疫霉菌(Phytophthora)是一群重要的植物病原菌,由其侵染引起的植物病害统称为“疫病”,该类病菌寄主范围广,传播速度快,能侵染各种林木、果树、花卉、农作物等多种植物,引起植物的叶斑、茎溃疡、枝枯、果腐、根腐以及其他营养器官的腐烂,严重时导致整株死亡,每年疫霉菌侵染引起的植物疫病给马铃薯、棉花、辣椒、大豆等农作物的生产带来严重损失,如1840年代造成爱尔兰大饥荒的马铃薯晚疫病和1990年代美国西海岸的栎树猝死病。由于疫霉菌与绝大多数微生物病原体在生物学上关系较远,普通的杀真菌剂等对疫霉菌基本不起作用,因此,培育具备疫霉菌抗体的新品种植物是应对该病的主要策略。 疫霉菌基因组测序联盟成员之一、南京农业大学的王源超教授介绍说:“疫霉菌基因组测序项目是一个广泛的国际合作项目,已经有来自美国、中国、加拿大、荷兰、瑞士、澳大利亚、瑞典等国家的研究人员参与合作。” 加州大学河滨分校的全球疫霉菌库馆长和委员会成员Michael Coffey博士表示:“我非常高兴能够将全球疫霉菌库的资源用于这个令人兴奋的研究项目。全球疫霉菌库拥有所有已知的疫霉菌类型和经过验证的菌株。” 将于今年12月份加入美国俄勒冈州立大学的Brett Tyler博士表示:“我们对于能够携手华大基因共同发起疫霉菌基因组测序联盟感到非常高兴。基于华大基因在基因组测序,转录组研究和生物信息分析方面的专业技能及其在植物基因组研究的丰富经验,我们期望我们的合作能够实现更大的突破,为各种植物尤其是农作物的病虫害防治提供新手段、开辟新途径。” 华大基因主席杨焕明教授说:“我们非常期待能够与美国俄勒冈州立大学及其他加入疫霉菌基因组测序联盟的成员共同合作完成这个非常重要的项目,由华大基因完成的全基因组测序、转录组分析的相关数据和结果将会与疫霉菌基因组测序联盟的成员共享。我们相信通过分工协作,所有的联盟参与者将高效且低成本的获得巨大的收益,并加速植物病原菌的基因组研究进程。”2011-11-15 00:00:00.0
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中山大学逸仙大讲堂之走进生物医药行业标杆企业
11月12日,中山大学逸仙大讲堂——生物医药行业标杆企业参访团一行来到深圳华大基因研究院参观学习,参观中,学员们详细了解了华大科学发展道路、标志性的科研成果、技术体系、国家基因库、健康服务、生物育种、社会责任与民生项目、人才培养与教育规划等内容。随后,汪建院长为学员讲授基因计划。 毫无疑问,汪建教授领导的华大基因是这个领域的王者,他的演讲风格更将他的个性体现的淋漓尽致。在下午的讨论中,汪教授从人类最本质的生、老、病、死各个阶段为案例,从生产、生活、降解三个阶段的特征出发,为学员们精彩演绎了基因图谱能够为人类社会创造的巨大价值,“我就是一个算命先生,但是我们的准确率能够达到80%以上,你们CEO班的学员过来,我给你们免费测算基因图谱”,“我们的目标就是像麦当劳、肯德基那样在全世界各地组建机构进行基因测序,让人类的生活更健康”,汪院长用英文表达了他领导的华大基因的宏伟愿景——Better Design, Better Life, Better World,幽默及睿智的表达中,学员们瞬时理解了汪建,了解了华大基因,更加对生物医药行业有了深入的了解。 带着对新兴领域发展的思索,对自身企业发展的借鉴,本期中山大学逸仙大讲堂——生物医药行业标杆企业参访也取得了圆满的成功。2011-11-14 00:00:00.0
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华大基因与美国约翰•霍普金斯大学联合开展人工合成酵母基因组研究 望加速合成生物学发展
2011年11月14日,在第六届国际基因组学大会(ICG-6)上,华大基因与美国约翰·霍普金斯大学签署了《人工合成酵母基因组研究与教育合作协议》,宣布双方将联合开展人工合成酵母基因组研究,并希望能在人工酿酒酵母基因组的构建方面取得更多的突破。据协议,华大基因的研究人员还可到霍普金斯大学进行实习培训,学习合成生物学方面的专业知识。 深圳华大基因研究院主席杨焕明教授、霍普金斯大学医学院分子遗传生物学系Jef Boeke教授、霍普金斯大学高通量生物学中心Joel Bader副教授和蔡毅之博士、华大基因合成生物学平台负责人沈玥、美洲华大科技合作副总裁Ruth Kaucher博士、美洲华大市场部总监Joyce Peng博士等人出席了本次签约仪式。 合成生物学是建立在基因组学、生物信息学、系统生物学等学科基础之上的现代生物科学,是后基因组时代生命科学研究的新兴领域。早在本世纪初,它就已经成为现代生命科学的研究热点,2004年《技术评论》认为“合成生物学”将成为改变世界的十大技术之一;2005年《自然》杂志又刊发专刊介绍生物合成学科的进展。2010年《科学》杂志刊登了题为《首个由化学合成基因组控制的细菌被合成》的文章,文章作者克雷格·文特尔还曾预言合成生物学可以直接带来亿万美元的生物产业。目前,合成生物学在药品、能源、食品生产等方面的产业化应用已初现端倪,美国两家企业已开始使用人工细菌生产生物燃料,制药公司赛诺菲-安万特公司已经获准使用合成生物学改造的啤酒酵母生产青蒿素。 在合成生物学研究中,酿酒酵母基因组人工合成计划(SC2.0 Project)是人类首次尝试改造和从头合成真核生物。研究人员把经过设计的人工合成染色体导入酿酒酵母中,并保证带有人工合成染色体的酵母菌仍能够正常存活。该项工作的完成将阐明一系列如染色体基本特性、RNA剪接功能以及其基因组构成和进化等科学问题。酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)作为最简单和第一个完成全基因组测序的真核生物,是人们了解得最全面的生物系统之一,被广泛应用于生物降解、食品加工、医药等领域,这使得它成为合成生物学研究的最理想的模式生物。 “通过SC2.0这个项目,我们不仅能够尽快地了解合成生物学相关技术,同时还可以更加透彻地了解机体的生命系统,如生物学机制、生物学反应、对各种环境的适应性以及进化过程等。目前,研究人员可以通过新一代高通量测序技术更快、更有效地检测及鉴定各种合成生物和合成系统,这对基因工程在化学的应用和对人类健康和环境的维护具有非常重要的意义。”华大基因沈玥指出。 华大基因主席杨焕明院士说:“合成生物学是一个新兴的研究领域,为研究人员深入探索生命科学发展新思路提供了一个独特的机会。约翰霍普金斯大学在合成生物学研究方面具有丰富的经验和精湛的专业技能,华大基因则具有世界领先的基因组学研究实力,我们相信在未来的合成生物研究中我们一定能够取得更大的突破。”2011-11-14 00:00:00.0
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武汉华大产业发展再获突破 与郑州市中心医院正式签署合作协议
2011年11月9日,武汉华大基因与郑州市中心医院正式签署了合作协议。华大基因华中区负责人牟峰、郑州市中心医院党委书记、院长郝义彬分别在合作协议上签字,河南省卫生厅企业处处长张超,郑州市中心医院副书记李占营、副院长王彦军、科教科科长李瑞、内分泌科主任李清楚及医院所有科室主任及护士长出席了签约仪式。双方将联手开展无创产前基因检测、HLA高分辨分型、宫颈癌HPV检测、乙肝病毒HBV耐药基因检测、单基因病检测等项目的普及运用,把生物基因新技术运用到百姓生活中。 签约发布会上,郝义彬院长高度评价了华大基因在生物基因领域的发展与成就,并形象地描述到,此次与武汉华大基因的联手就像天宫一号与神八飞船的对接。双方的合作为郑州人民带来了福音。负责人牟峰表示,武汉华大基因将继续秉承“让所有移植者安享HLA高分辨配型、让所有妇女早筛HPV远离宫颈癌、让所有产妇无创检测不产唐娃娃”的理念,与郑州市中心医院共同将生物基因新技术普及运用到郑州人民生活中,后期双方将继续在单基因病检测、宫颈癌HPV检测等领域开展深度合作。 据了解,郑州市中心医院创建于1954年10月,是成为郑州市首家三级甲等综合医院。该院是集医疗、教学、科研、预防和康复于一体,具有浓郁特色的现代化大型综合三级甲等医院,在郑州市卫生系统和广大市民心目中树立了优质服务、规范管理、医患和谐的新典范。2011-11-12 00:00:00.0
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华大基因生物信息学软件及数据二期发布 加速生物信息学发展
2011年11月12日,华大基因生物信息学软件及数据发布会在深圳大梅沙东部华侨城茵特拉根酒店隆重举行。这是华大基因继今年7月份生物信息学软件发布会之后,举办的第二届生物信息学软件发布会。在发布会上,研发人员向大家详细介绍了最新版的生物信息学软件的性能和优势,包括最新版SOAP系列软件、遗传变异检测软件、宏基因组测序数据分析软件Metacluster 4.0及两个基于云计算的软件Hecate 2和Gaea 2。来自全球的100多位基因组学和生物信息学专家学者参加了本次发布会。 下午3点半,会议在华大基因杨碧澄博士的主持下正式开始。香港大学的Tak-Wah Lam教授对SOAP3(Short Oligonucleotide Alignment Program短寡核苷酸分析软件包)的优势和应用进行了详细的阐述:“SOAP3是基因组学领域领先的GPU(Graphics Processing Unit)加速软件包,其性能比SOAP2提升了10倍-30倍,能够在几十秒的时间内完成一百万条长度为100bp的序列比对。如今生物信息学已经成为基因组学研究中强有力且必不可少的研究手段,高效、快速的生物信息软件必将会大大促进研究学者在生物学领域取得更大的科学突破。” 据悉,华大基因不断开发新的算法,紧密跟踪GPU计算等先进技术,在提高计算能力的同时降低功耗,力图做到绿色高效能计算,以前需要90个小时完成的数据分析工作现在只需要6个小时就可以完成。香港科技大学的卢冕博士向大家介绍了他与华大基因在计算软件共同研发方面取得的成就,他指出:“基于GPU平台,我们同华大基因共同开发了用于遗传变异检测的GSNP和GAMA。原本使用SOAPsnp需要3天才能完成的人类基因组数据分析,GSNP在2个小时之内就能完成。此外,GAMA在2天内可以完成1000个人的等位基因频率估算,以前则需要1年多的时间。”随后,香港大学的Sim-Ming Yiu教授分析了宏基因组测序数据分析的常用方法以及在宏基因组测序数据分类分析中出现的问题和困难,并对比介绍了Metacluster 4.0的优势。华大基因的彭智宇和谢寅龙分别对转录组测序中可变剪切检测软件SOAPsplice、融合基因检测软件SOAPfusion和转录组测序从头组装软件SOAPdenovo_trans的性能和优势进行了详细的介绍。 奥胡斯大学的李胜霆介绍了SOAPindel 的使用,他表示:“SOAPindel 主要应用于pair-end 短序列测序中插入/缺失突变的检测,通过模拟数据分析验证,SOAPindel具有较高的灵敏度和特异性,而且可以检测到20-100bp较长片段的插入/缺失突变。” 华大基因弹性计算中心研发主管向伟向大家介绍了华大基因的两个基于云计算的软件Hecate和Gaea升级版,他解释说:“这两款新软件主要应用于新一代测序数据软件分析服务,为基因组从头测序和重测序提供弹性计算解决方案,由于两者都具有灵活且扩展性强的特点,因此将此种处理方式命名为弹性计算。如今DNA测序技术成本的下降幅度远远高于测序数据成本,云计算已成为基因组学研究领域中的一个日趋重要的工具或服务。基于云计算的软件服务给研究者提供了分析数据的平台,大大提升了运行速度并降低了成本,他们不再需要自己购买计算机集群即可完成海量数据的分析处理。” 在发布会的最后,由华大基因(BGI)和BioMed.Central(简称BMC,生物医学中心)共同主办的学术期刊杂志——《GigaScience》,首次公布其大型数据库GigaDB(http://GigaDB.org)及其现已公布可免费访问的17个可引用数据库,包括谷子、甜高粱和高粱、土豆、白菜、黄瓜、木豆、三种蚂蚁、蛔虫、裸鼹鼠、绵羊、家蚕和野蚕、藏羚羊、亚洲人(全基因组、转录组和甲基化),使用者可以像使用其他数据库(如NCBI等)一样对其进行访问。GigaScience首席主编Laurie Goodman说:“GigaDB已采用数字对象唯一标识符 (DOI)进行标识,在论文发表在相关学术杂志之前就可以获得数据库中的绝大多数信息,这可以使整个科学界在第一时间共享相关数据信息,省去了从数据产生到文章发表的时间,极大地促进了数据的快速发布及传播。” 面对在基因组学研究中分析处理的数据量的迅猛飙升,华大基因正不断地在高性能计算领域内开发可以处理海量生物信息数据的硬件和分析软件。华大基因信息生产中心在2011年6月20日举办的国际超级计算机大会(International Supercomputing Conference,ISC11)上,荣获由国际数据公司(International Data Corporation,IDC)公布的首届“高性能计算创新优秀奖”(HPC Innovation Excellence Award),寓意着深圳华大基因高性能计算和应用能力已经处于国际先进水平,引领国内生物领域高性能计算的行业发展。华大基因目前在深圳、香港、北京、杭州和武汉拥有数个大型生物信息学超级计算中心,存储系统超过10PB(petabytes),总计算能力为156TFlops,现在正向1000TFlops(即1PFlops)甚至更高的计算性能快速前进。2011-11-12 00:00:00.0
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上海华大基因开幕典礼隆重举行——华大基因在华东片区开启新征程
2011年11月11日,上海华大基因开幕典礼在上海时代医创园隆重举行。上海市浦东新区经信委主任吴泉国、浦东新区科委副主任蔡龙海、浦东药监局副局长张伟等领导,科学界中国工程院院士王红阳、中国科学院院士刘新垣、同济大学科技处副处长张军博士等,上海市相关药厂负责人,深圳华大基因研究院行政总裁黄胜全、科技合作事业部总裁尹烨、临检中心负责人杨玲、医学健康事业部负责人易鑫、上海华大基因负责人杨晓楠等及多家媒体人士共同见证了上海华大基因诞生的历史性时刻。 据了解,2010年12月13日,华大基因与上海国际医学园区在香港签署了合作框架协议,2011年5月正式成立注册上海华大基因科技有限公司。 开幕典礼上,浦东新区科委副主任蔡龙海先生代表浦东新区首先致辞,他衷心希望上海华大基因能够为构建浦东区域性产学研协同创新机制的示范体发挥积极的作用,为上海创新型城市的建设作出重要贡献。同时,他强调,上海华大基因正式落户上海国际医学园区,必将依托于世界领先的基因测序和信息分析的核心能力,依托于上海的以国家级研究中心为核心的现代生物科技创新体系,高素质的人才优势、完备的城市基础设施、领先的城市信息化设施、有力的地方政府支持等综合优势,专注于技术研发和医学临床服务。 上海华大基因负责人杨晓楠首先诚挚感谢大家拨冗参加这一庆典、见证华大基因在华东片区开启的新征程,他说,在上海华大成立后这些日子里,我们陆续启动了基于《胎儿染色体非整倍体无创基因检测》项目的上海市科委“2011年创新技术合作企业联盟”的申报、立项工作、华大基因-同济大学“临床遗传学”创新班的筹备工作。今天,这些工作均已启动并积极向前推动,在这领导、朋友欢聚一堂的日子里,上海华大将迈进在上海产学研全面发展的新征程。今后,上海华大的发展将以基因组测序和生物信息分析科技平台为基础,高效地服务于上海市的公众健康、医疗卫生事业。 上午11时11分,浦东新区科委副主任蔡龙海、中国科学院院士刘新垣、上海市浦东新区经信委主任吴泉国、华大基因行政总裁黄胜全、上海华大基因负责人杨晓楠、同济大学科技处副处长张军、浦东国际医学园区副总经理王永茂共同为上海华大基因开幕剪彩。现场掌声雷动,一片欢悦。 据相关负责人介绍,2007年7月华大基因Sanger测序平台正式入驻上海,为上海、江苏、福建及山东地区的大学、医药公司、医院等科研机构提供Sanger测序和生物信息分析的科研服务。经过几年的发展,上海华大的生产平台已经由最初的4人团队,迅速发展成现在的50多人的团队,实验室由最初的100㎡发展到1000㎡的标准测序实验室,3台3730测序仪高饱和度运转。2011年上海华大基因正式落户上海国际医学园区,日前,3台Hi-seq高通量测序仪也已完成了调试并正式投入使用。 至此,上海华大基因拥有了一代、二代高通量测序设备,结合华大基因整体的生物信息分析核心能力,可以立足当地,同时为长三角的科研院所、医药公司研发和临床医学研究提供科研服务,以此作为科学和产业完美结合的新型产业发展模式,为华东的社会经济建设和民生服务工程起到示范性的引领作用。这些都将推动生物科技在医疗健康领域的应用,实现科技惠民的目标。2011-11-11 00:00:00.0