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华大基因荣获国际半干旱热带作物研究所科研合作奖
2011年12月9日,国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)第39周年纪念庆典在印度海德拉巴召开。在会议上,国际半干旱热带作物研究所为了表彰华大基因在“木豆基因组计划”中做出的巨大贡献,授予华大基因“国际半干旱热带作物研究所科研合作奖”(ICRISAT Research Partnership Award)。 华大基因生命科学事业部负责人张耕耘博士对此殊荣表示衷心感谢,并指出:“我们很高兴能够与国际半干旱热带作物研究建立良好的合作伙伴关系,希望我们还可以共同合作开展更多的农作物基因组研究,为改善干旱热带地区农民生活作出更多贡献。” 由国际半干旱热带作物研究和华大基因等单位主导完成的木豆基因组研究成果已于11月7日在国际权威杂志《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上在线发表,该研究成果对提高木豆的质量、产量和促进亚洲及撒哈拉以南的非洲等地区的可持续性粮食生产具有重大的意义。据悉,华大基因与国际半干旱热带作物研究所目前还正在联合开展“鹰嘴豆基因组项目”的研究。 有关更多详细内容,请见: http://www.icrisat.org/newsroom/news-releases/icrisat-pr-2011-media24.htm2011-12-12 00:00:00.0
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汪建院长等与盖茨基金会联席主席比尔•盖茨会面
2011年12月8日,深圳华大基因研究院院长汪建、执行院长王俊、生命科学事业部负责人张耕耘、科学体系负责人李英睿、美洲华大负责人徐讯与美国比尔及梅琳达·盖茨基金会(简称盖茨基金会)联席主席比尔·盖茨等一行在北京会面,双方就共同关心的话题进行了深入的交流与探讨。 双方在愉快的氛围中亲切交谈近三小时。汪建院长等向盖茨基金会介绍了华大的发展模式及在科研、健康、农业和教育等方面的成果及进展情况。比尔·盖茨等高度评价了华大的科研实力,并对华大远大的志向及其希望对未来产生深远影响的决心表示钦佩。 比尔·盖茨表示,中国在现代农业和全球健康领域具有科技优势,期望像华大这样的高科技企业力量,可以通过科技进步共同应对全球健康与发展的挑战。盖茨还表示,基金会愿意与华大就可能的合作领域进行进一步探索。 汪建院长等欢迎比尔·盖茨访问华大,并期望与盖茨基金会一起积极探索在其他方面的交流与合作。 比尔及梅琳达·盖茨基金会简介: 比尔及梅琳达·盖茨基金会(简称盖茨基金会)创建于2000年,在比尔和梅琳达·盖茨夫妇以及沃伦·巴菲特的带领下,基金会由首席执行官杰夫·莱克斯和联席主席威廉·盖茨共同管理。 秉承“所有生命价值平等”的理念,基金会通过在全球健康、全球发展和美国本土教育三方面的工作来帮助人们实现健康而富有成效的生活。在发展中国家,基金会主要致力于提高人们的健康水平,使他们有机会摆脱饥饿和贫困。在美国,基金会致力于确保人们,尤其是贫困人群,有机会在学习和生活中取得成功。 截至2011年6月底,基金会共有957名员工在位于美国西雅图及华盛顿,中国北京、印度德里和英国伦敦的五个办公地点工作。基金会所捐助的受益者遍布全球100多个国家,捐助总额超过239亿美元。 基金会北京代表处设立于2007年5月,在中国支持了一系列卫生和发展项目: 全球健康项目 艾滋病的防治 虽然总体上中国艾滋病感染率较低,但在某些高危人群中却相对较高。通过广泛开展有效的防治项目,中国有可能遏制艾滋病的流行。 艾滋病的预防:盖茨基金会承诺投入5000万美元,与中国政府以及非政府组织合作,在包括男男同性恋人群在内的高危人群中开展预防艾滋病的工作。该项目还将为艾滋病病毒感染者和病人提供更多咨询、检测、关怀和支持等方面的服务,并且致力于减轻社会对他们的歧视。 艾滋病研究:盖茨基金会还支持预防艾滋病的研究,例如开发有效的疫苗等。基金会也为中国提供艾滋病防治研究的资助,包括资助北京大学700万美元的研究经费。 结核病的防治 中国的结核病患者数量约占全世界结核病患者总数的14%,其中耐药性结核病患者约占世界总数的22%。然而,中国开展大规模公共卫生干预的能力以及日益加强的政治承诺和当前日新月异的科技进步,都为中国全面控制结核病带来机遇。 结核病防治:2009年4月,盖茨基金会宣布与中国卫生部建立伙伴关系,此次合作旨在通过运用最新的结核病防治技术,加强结核病的诊断和治疗,进而加强中国国家结核病防治规划。基金会将在未来五年内(2009-2014)为中国提供3300万美元资助。合作项目前两年半为开发阶段,通过在局部地区试点,来检验新工具和创新的卫生服务提供方式的可行性和有效性;后两年半为示范阶段,优选开发阶段中最有效的创新方法,并将其整合为新的结核病防治模式,同时在二十个地市逐步推广。 烟草控制 与烟草有关的疾病已经成为世界最大的健康挑战之一。幸运的是,已经证明有许多政策和规划对控烟相当有效。盖茨基金会承诺协助中国在控烟以及应对吸烟对健康产生的消极影响等方面的努力。 中国医疗烟草项目:基金会为美国中华医学基金会提供了1000万美元的资金,用于从经济学角度研究并测试可以影响医疗行业从业人员戒烟的模型。该项目同时还希望加强中国医学院校中的控烟工作。 全球烟草科技支持协议:基金会还通过全球烟草技术支持协会为美国艾默利大学提供了1400万美元的资金,用于支持其与中国城市建立合作伙伴关系,从而共同研发有效的烟草控制措施和政策。 “探索大挑战”(Grand Challenges Explorations, 简称GCE) 基金会鼓励中国研究人员和科学家们通过GCE 项目申请科研经费。GCE在2008年启动,为期五年,每年两轮,旨在减少全球卫生领域内进行创新研究的障碍。在前五轮的GCE活动中,共有8份来自中国的申请分别获得十万美元的资助。基金会鼓励更多来自中国的申请者通过访问GCE官方网站进行在线申请http://www.grandchallenges.org/Explorations。 全球发展项目 农业研发 基金会正在中国积极地寻求合作伙伴,以帮助非洲国家的农业发展,特别是提高小面积耕地的单位产量。基金会认为中国是能够提供农业技术和发展援助的重要资源,并希望借鉴中国在过去三十年中改善农民生活的成功经验,促进非洲发展。2008年,基金会投入1800万美元用于支持中国农业科学院开发可以在艰苛环境下成功生长的新品种水稻。 其它援助项目 紧急灾害救援 在四川发生严重地震灾害之后,基金会向中国卫生部提供了130万美元的资金,用于紧急救援的相关活动。 如需了解更多信息,请浏览比尔及梅琳达·盖茨基金会网站:www.gatesfoundation.org2011-12-12 00:00:00.0
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中国科学家主导完成50个水稻基因组重测序及遗传变异数据库构建——最新研究成果在《自然-生物技术》杂志发表
2011年12月12日,由中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院、中国科学院研究生院和中国科学院植物研究所等单位主导完成的50个水稻基因组重测序及遗传变异数据库构建等研究成果在国际著名杂志《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上在线发表。本研究首次对栽培稻和野生稻基因组进行了大规模的遗传变异分析,为科学家深入挖掘水稻重要农艺性状基因及促进水稻分子育种改良等研究提供了宝贵的基因资源。 亚洲栽培稻(普通栽培稻)是世界上最古老的农作物物种之一,具有籼稻和粳稻两个主要亚种。在其从祖先普通野生稻驯化为栽培稻的过程中,一些与水稻产量、品质和抗逆性等相关的重要农艺性状(如穗粒、色泽、种子的休眠和出芽等)经常会发生显著性的变化。然而这些性状往往比较复杂,由多个基因与环境的相互作用所控制,很难通过常规的分子生物学手段进行深入了解。在本研究中,科研人员希望能从基因组水平上解析不同栽培和野生稻基因组序列的遗传变异情况,以利于培育高产、优质和抗逆的水稻新品种,提高育种技术和水平。 研究人员选取了具有代表性的40个栽培稻品系和10个不同地理来源的野生稻进行了全基因组重测序研究,共发现650万个单核苷酸多态性位点(SNPs);808,000个小片段(1-5bp)的插入/缺失,其中大部分为稀有突变;94,700个长片段(>100bp)的结构变异和1.676个拷贝数变异(CNVs)。基于这些遗传变异数据,研究人员还发现了数千个与人工选择相关的候选基因,其中有些基因与水稻的农艺性状具有重要的相关性,而大部分基因的功能尚不清楚。但是据科研人员推测,这些未知功能的基因也可能与水稻的相关农艺性状具有重要关联。 文章的第一作者、华大基因该项目负责人刘心说:“本研究使我们更加全面地了解了水稻全基因组的遗传变异特征,同时,种群结构和系统进化分析结果也让我们从全基因水平上追溯了水稻的驯化历史,并证明籼稻和粳稻的起源的确是独立的,而且粳稻起源于中国普通野生稻。接下来,我们还将进行进一步的研究,希望能为水稻育种改良等研究提供指导作用。” 文章的第一作者、华大基因科学技术负责人徐讯表示:“对栽培稻和野生稻进行大规模的遗传变异研究是十分必要的,因为只有这样才能更加充分的了解它们的变异情况,从而为实现规模化挖掘优良基因,深入了解水稻的进化、起源和分布,和加快高产、优质、广适性新品种培育的进程奠定重要的科研基础。”2011-12-12 00:00:00.0
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华大基因与番禺区计生局、番禺计生服务站签订产前项目三方合作协议
2011年12月8日上午,华大基因与番禺区人口计生局、番禺区人口计生服务站“胎儿21 三体综合症无创基因检测三方合作协议”签署仪式在广州番禺区人口计生局顺利举行。 华大基因华南区第二负责人彭智宇、番禺区人口计生局局长陈忠文、番禺区人口计生局副局长顾锋、番禺区人口计生服务站站长赵如青、番禺区人口计生服务站副站长陶小君等出席了合作协议签署仪式。 陈忠文局长对深圳华大临床检验中心对番禺区优生促进工作的支持表示感谢,并预祝三方今后的合作愉快顺利。 本协议的签署,标志着华大与番禺区政府在医疗健康领域正式展开携手合作,共同促进番禺区优生优育,提升番禺区科研实力,为提高番禺区人民幸福指数而努力。2011-12-10 00:00:00.0
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深圳市人大常委会领导考察华大 了解华大科研实力
2011年12月7日下午,深圳市人大常委会副主任陈彪、深圳市人大常委会副秘书长高建军、深圳市人大计划预算委员会副主任委员戴毅、深圳市人大选联任工委副主任肖丰年、深圳市人大常委会委员何如、叶青、陈泰泉、高云峰以及市人大计划预算委员会委员刘鲁鱼、叶丽燕、黄伟杰、肖幼美等一行参观华大,华大基因研究院蛋白平台及国家基因库重大专项负责人张勇、华大基因科技部负责人孙鑫等热情接待了来宾。 张勇为来宾简单介绍了华大的历史进程及发展,着重介绍了国家基因库的建设进展以及华大在健康医疗、人才教育等方面的情况。 随后,来宾参观了华大测序平台实验室,更直观更实质性的了解了华大的科研实力。2011-12-08 00:00:00.0
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华大基因人类遗传与疾病研究技术新突破,超级序列捕获技术有望加速应用转化
目前,华大基因正推出一种新型人类基因组区域捕获技术,即超级序列捕获技术(以下简称Allinone)。该技术主要通过对特定群体设计探针集,从基因组水平上对人类全基因组的外显子区域、群体特异的tagSNP(标签SNP)区域和MHC区域(人类白细胞抗原系统区域)实现同步捕获,然后再进行高通量测序分析。Allinone所捕获的这些DNA区域与人类疾病的发生发展紧密关联,且具有简便、经济、高效、覆盖范围广等优点,因此该技术将成为人类遗传和疾病研究领域的一种新型高效的基因组研究工具。 据了解,Allinone探针集将会覆盖整个基因组的5%-10%,不但可以捕获基因编码区域,还可以捕获很多非编码区域。目前广泛应用的外显子测序技术可以捕获基因编码区,但是基因组中的很多功能区域是非编码的,这些非编码区虽然不能够转录信使RNA,但是能够调控遗传信息的表达,所以了解非编码区域的遗传信息将提供更加完整的基因表达控制信息,而Allinone平台可轻松解决这个问题。 Allinone探针集覆盖了群体特异的tagSNP区域,所以通过该技术可以高效、快捷的了解群体的特异性变异情况,这对复杂疾病研究具有非常重要的意义。单核苷酸多态性(SNP)是人类基因组中最丰富的遗传变异,其中少量的标签SNP(挑选出的SNP集合)就能够提供与全部SNP位点大致相同的图谱信息。由于各种群之间存在遗传差异性,所以每个种群也拥有代表该种群基因图谱的标签SNP,只需通过这些标签SNP便可以对大量样本或整个种群的变异情况进行研究。 Allinone目标捕获区域还整合了华大基因最近研发的MHC区域捕获探针集,即可对人类MHC区域实现高度覆盖及有效富集。MHC区域广泛参与免疫应答的诱导与调节,与已发现包括自身免疫疾病、癌症、多种复杂疾病等至少百余种疾病密切相关。由于该区域和多种复杂疾病的发生以及人类免疫系统活动具有密切关系,因此Allinone对该区域的覆盖无论对人类疾病的机理研究还是药物研发都具有非常重要的意义。 华大基因执行院长王俊说:“目前,我们已经开始使用中国疾病患者的样本对汉族人群的Allinone捕获技术进行测试评估。只要建立一个‘种群特异性’的参考基因组,就可以应用Allinone捕获技术对其他更多的样本进行重测序研究。除了针对汉族人群的Allinone,华大基因还将针对世界其它主要人群设计及推出相应人群的Allinone研究工具,从而推动全世界的基因组学研究的快速发展。” 华大基因研究人员高玉池说:“目前,我们所研发的Allinone的总体目标区域大小为180M左右,可以广泛应用于以汉族人群或汉族近缘群体为研究对象的基因组学研究。”对该技术的测试评估结果表明,目标区域覆盖度达到97%以上,检测的SNP位点与高深度全基因组测序结果一致性率在99.5%以上。此外,华大基因还在研发更加多样化的高级信息分析内容,以更好的解释基因组数据的生物学意义。 高玉池表示:“我们相信Allinone凭借其数据全面性、操作灵活性、高性价比等多方面优势将成为人类疾病基因组学、表型-基因型关联研究及其它人类遗传学研究的最佳工具。”2011-12-07 00:00:00.0
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2011年极端环境微生物国际大会在深成功召开
2011年12月7日,由中国科学院微生物研究所、云南微生物研究所、云南大学与深圳华大基因研究院共同主办的“2011年极端环境微生物国际大会”在深圳大梅沙京基海湾大酒店成功召开。近百位来自微生物学领域的专家学者参加了本次会议,共同探讨了极端微生物的多样性、独特的生存机制及其在能源、环境等方面的应用前景。 上午8点,会议正式开始,华大基因主席杨焕明院士发表致辞,他指出,“在地球上的每个环境中都有一种以上的微生物存在,每种微生物具有其独特的功能、基因组结构及代谢机制。高通量测序技术的迅速发展尤其是测序成本的降低为微生物基因组研究提供了一个崭新的平台,我们希望能够和全球的微生物研究领域的研究人员一起完成全球已知的所有微生物的基因组测序,挖掘微生物资源的科学研究价值和应用前景。”随后,与会者围绕“生命起源与进化”、“生物多样性及生态学”、“基因组学与宏基因组学”、“生理代谢”、“环境适应性”、“遗传机制”、“生物技术与应用”等主题,结合各自研究方向进行了分享和交流。中科院微生物所张立新教授和与会者分享了其在构建海洋微生物天然产物资源库,应用高通量筛选方法快速找到活性微生物天然产物克服病原株甚至耐药株的致病性以及利用精确工程方法提高活性产物的产量三个方面的研究思路和内容。 近年来海洋污染日趋严重,频繁的海洋溢油事故对海洋环境和海岸生态系统造成了十分恶劣和长期的影响,利用微生物降解溢油被认为是处理海洋溢油污染最环保的方法。国家海洋局第三海洋研究所的邵宗泽教授向大家介绍了近海、深海和极地等环境中石油降解微生物的多样性的相关研究。放线菌是抗生素的主要生产菌,在已知的人畜用抗生素中,约有三分之二以上是由放线菌产生的。云南大学云南省微生物研究所副所长李文均教授针对当前极端环境中放线菌资源挖掘面临的机遇和挑战进行了阐述。此外,“结核分支杆菌的基因组学和治疗学研究”、“基于高通量测序的微生物资源开发”、“比较宏基因组和转录组分析揭示酸性矿山废水微生物群落功能的高度保守性”、“深海热液口嗜热菌多样性研究”、“关于生命起源和外来生命探索”等精彩大会报告引起了与会者的极大兴趣和关注。 在自然界中,有些环境是普通生物不能生存的,如高温、低温、高酸、高碱、高盐、高压、高辐射等。然而,即便是在这些通常被认为是生命禁区的极端环境中,仍然有些微生物在顽强的生活着,我们将这些微生物叫做极端环境微生物或简称为极端微生物。极端环境微生物是生命的奇迹,它们蕴涵着生命进化历程的丰富信息,代表着生命对于环境的极限适应能力,界定了生物圈的“边界”,是生物遗传和功能多样性最为丰富的宝藏。研究极端环境微生物的基本生物学特点及适应机理,对于揭示生物起源的奥秘和发展的规律、阐明生物多样性形成的机制和动力、认识生命与环境的相互作用、尤其是与地球化学变化之间的关系具有极为重要的意义,同时也将大大促进极端环境微生物资源在生物技术产业发展中的应用。 此次会议学术气氛浓厚,与会者反响热烈,为微生物学研究领域的专家学者们提供了一个良好的交流平台。华大基因作为全球最大规模的基因组学研究中心之一和本次会议的主办方,在微生物基因组研究中取得了一系列研究成果,目前已经完成600多种微生物的基因组测序,共包括3500多个菌株和1800多个宏基因组。在上个月召开的第六届国际基因组学大会(ICG-6)上,华大基因执行院长王俊教授介绍了“百万微生态系统基因组计划”,旨在应用高通量测序技术的优势更好的了解全球各种微生物和微生物群落的信息,开发微生物资源在应对人类所面临的环境、能源和人口健康等问题的巨大潜力。2011-12-07 00:00:00.0
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华大基因与国际热带农业中心联合开展5000份木薯种质资源基因组测序项目
2011年12月6日,华大基因(BGI)和国际热带农业中心(The International Center for Tropical Agriculture, CIAT)联合宣布双方将共同开展5000份木薯种质资源基因组测序项目,包括对木薯地方品种、改良品种、实验栽培种和野生品种的基因组测序及生物信息学分析工作,实现规模化挖掘优良基因,深入了解木薯的进化、起源和分布,从而加快高产、优质新品种培育的进程,全面提升木薯分子育种水平。 木薯是热带地区的第四大农作物,仅次于水稻、小麦和玉米,它的根、茎、叶都可以利用,可谓全身是宝。目前木薯在工业、农业等许多领域利用广泛,尤其是在新型能源、工业原料和潜在的粮食作物等方面具有广阔的发展前景。 由于木薯主要在非发达国家种植,长期以来木薯的粮食安全及工业价值并未被充分认识,相较于水稻、玉米和小麦,对木薯种植研发投入甚少。2009年,由454生命科学公司(Life Sciences)和美国能源部联合基因研究所(JGI)合作完成了首个木薯基因图谱绘制工作,基因组的组装结果还存在很多片段(12000个大片段),但对已知的基因编码区域覆盖度达到97%。目前,国际热带农业中心正计划采用Illumina的双末端测序方法组装一个更加完整、精确的木薯基因图谱。 华大基因生命科学事业部负责人张耕耘博士说:“目前,新一代高通量测序技术,尤其是大规模基因组重测序,极大地推动了分子育种技术的发展,提高了农作物的质量及产量。通过5000份木薯种质资源基因组测序项目,我们将陆续开展木薯基因组结构特征、分子进化与系统发育等方面的研究,从而为培育木薯新品种,开发新能源和维护全球粮食安全提供重要的科学依据。” 国际热带农业中心一直致力于把现代科学技术应用于农业,以提高热带发展中国家的农业产量,缓解该区人民的贫困与饥饿。该中心的农业生物多样性专家Joe Tohme博士指出:“此次合作为促进木薯遗传学研究和加快木薯品种改良创造了前所未有的新机遇,同时也让全球的研究人员及育种学家可以更好的认识这一重要的经济物种。”2011-12-06 00:00:00.0
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青岛高新区领导率青岛大学校领导一行再度来访 推动教育、医学等领域合作
2011年12月3日下午,青岛市高新区管委副主任赵士玉带领青岛大学校长王安民、青岛大学校长助理、医学院及附属医院院长苗志敏、青岛大学研究生处处长夏东伟、青岛大学教务处处长于永明、青岛大学附属医院副院长董倩、青岛大学附属医院科研处处长王岩青、青岛大学校办副主任姜卫东等一行来访华大,华大基因研究院院长汪建、华东片区第一负责人杨晓楠、人才培养中心郭肇铮、彭凤琴、华大海洋平台负责人石琼等热情接待了来宾。 在华大展厅,来宾重点了解了华大无创产前诊断技术、海洋生物研究领域及华大创新人才培养模式,并对华大这些领域的研究表示很感兴趣。 随后,双方举行了会谈。汪建院长表示,华大现在的数据产出量很大,大数据量将来是科学发展最大的支撑,华大希望通过平台建设支撑创新发展,多出标志性成果,另外,围绕生命科学发展的规律要有创新人才培养模式,希望青岛大学有一批敢想敢干的青年教师和学生来华大合作研究课题。 接着,青岛大学校长助理、医学院及附属医院院长苗志敏、附属医院副院长董倩分别介绍了青岛医学院的情况,提出青岛地区痛风病、白血病、遗传代谢性疾病、甲状腺疾病以及妇女两癌比较普遍,希望从这些方面借助华大平台合作研究,提高临床诊断水平。在儿科方面,先天性肿瘤较多,孕妇21—三体检测还是采用传统羊水穿刺,希望引进华大无创产前诊断技术;青岛大学研究生处处长夏东伟、教务处处长于永明分别介绍了青岛大学研究生及本科生的情况,并表示愿意送一批优秀的教师与学生来华大交流、学习,共同参与课题研究。 最后,双方就如何在相关领域进行进一步的合作进行了深入的探讨。2011-12-05 00:00:00.0