崛起的东方（摘要）----《大熊猫基因组》研究的意义
2010-02-11 00:00:00.0
作者：Gregory A Petsko
由深圳华大基因研究院发起，中国科学院昆明动物研究所等中国多家单位参与的研究成果《大熊猫基因组》于2010年1月21日 以封面故事发表于《nature》杂志，Gregory A Petsko认为这项研究成果在基因组学历史上具有划时代的重要意义。此外， Kim Worley、 Richard Gibbs、Shaun Jackman、InancBirol等专家分别对本文有详细的解析和高度的评价。
大熊猫数量稀少，全球仅存两千余只，属于珍稀濒危动物。在生命之树中，大熊猫介于人类和狗之间。大熊猫基因组是全球第一个采用新一代合成法测序技术完成的哺乳动物基因组序列图。
新一代测序技术以极高的速度产生短序列(35-100 bp)，最后运用生物信息学方法将测序片段拼接成全基因组序列。新一代测序技术应用于全基因组de novo测序，大大降低了基因组测序的成本，同时极大提高了测序效率，完全突破了成本高且耗时费力的传统基因组测序方法。
关于新一代测序技术是否具有足够高精确度的问题，以华大基因为首的中国科学家们给予了有说服力的答案。大熊猫基因组测序有73倍冗余，平均长度为4万碱基对的Contigs，以及3,805个scaffolds。高度的测序冗余在组装中抵消了测序本身带来的错误问题，从而保证了序列图谱的准确度。
该项研究的测序部分主要是由Illumina公司的测序仪器完成，成本不到1,000,000美金，比用Sanger方法测序的价格下降了10倍。考虑到测序成本的随时间地不断降低，虽然1000美元基因组测序还较遥远，但是用100,000美金实现人类基因组测序已经成为事实了。
Gregory A Petsko认为，该研究的主要承担者深圳华大基因研究院是一个真正的奇迹，科学家们在这个普普通通甚至看上去有些简陋的11层大楼里完成了一项又一项令人瞩目的成就。华大基因诞生于人类基因组1%计划；在短短74天完成水稻基因组计划，打败日本竞争对手并将研究成果发布在Science杂志的封面上；2008年炎黄一号计划解读中国人种特异性；大熊猫测序耗时半年，全部组装和分析软件都是深圳华大基因研究院自主编写的，该成果证明了短序列也能组装成完整基因组，并将成为基因组绘图的国际标准，集中体现了中国的科技竞争力和中国科学家的创新能力。
2007年，华大基因做出两个重大决定：重点投资新一代测序技术和南下深圳。现任执行总裁王俊先生年仅33岁，是一位中国本土成长起来的杰出基因组科学家。他所带领的华大基因的研究团队瞄准国家战略需求和世界科学前沿，一直致力于重要动植物基因组图谱的绘制，曾成功完成了水稻、家蚕、家鸡、家猪、黄瓜等重要基因组计划，在基因组学研究领域一直处于国际前列。
有些人可能认为，只要拥有政府的支持，没有做不到的事。事实上，华大基因并不是国家财政资助的少数幸运儿之一，而是依靠具有竞争力的科技服务和项目资金，自力更生，闯出一条不平凡的发展道路。中国拥有一批迅速成长的高素质科研机构，有些可以媲美国际一流水平，华大基因是中国科研机构中的一朵奇葩。
正当美国反知识主义抬头和蔓延时，中国开始进入全面崛起的新时代，中国文化尊崇强烈的职业道德观，政府加大对科研的投入力度，中国高等教育向美国看齐，人民生活水平极大提高，良好的社会环境吸引了许多国外留学者纷纷回归祖国。相比日本和韩国，中国的研究系统没有太多的森严等级，鼓励年轻科学家的个性化发展，女性科学家享有和男性一样的平等权利。同样，亚洲的印度、新加坡等地的科学界正在逐渐而显著地发展中。
1854年，美国印第安人西雅图酋长迫于白人的压力，签署不平等条约时，这样答复美国政府：
“但我又何必为我民族的夭折哀叹呢？一个部落没落，另一个部落就会振兴；一个民族衰亡，另一民族便会崛起。像海潮一样，后浪逐前浪。这是自然的法则。悲叹惋惜是无用的，你们衰落的时间可能还很遥远，却必定到来。因为即使是能够同上帝像朋友一样亲密无间的白人，也不能免于同样的命运。”
东方，曾经是科研的禁锢之地，现在正在形成科研的核心力量。西方科研的独霸地位逐渐消失，东方科研力量快速崛起，这是Nature 1月21日封面文章《大熊猫基因组》给我们带来的启示。