近日，深圳华大基因研究院石琼研究员小组与中科院昆明动物所杨君兴研究员小组，联合完成国内第一个洞穴鱼类全基因组测序工作。该项目以滇池金线鲃为基础，开展de novo全基因组测序，然后对犀角金线鲃和鸭嘴金线鲃开展重测序，并对这三种金线鲃属鱼类的多种组织实施转录组研究。有关工作得到国家自然科学基金和深圳市科技研发资金资助。

金线鲃隶属鲤形目、鲤科、鲃亚科、金线鲃属，国家二级保护动物，地方名贵鱼类。其中，滇池金线鲃为地表水体的正常种类，但犀角金线鲃眼小、生活在地下河出水洞口附近，而鸭嘴金线鲃眼睛退化、全身半透明、穴居生活。作为中国特有类群，生活环境又如此特殊，金线鲃属鱼类值得大家关注和深入研究。

研究小组开展了滇池金线鲃全基因组序列组装分析，结果显示基因组大小将近2Gb，重复序列含量高；通过注释发现，滇池金线鲃基因组约有4万个基因，间接证实了其是异源四倍体。他们通过对比较分析发现，虽然同为金线鲃属，这三种鱼之间的基因组差异要大于先前的预期。

杨君兴研究员为中国科学院昆明动物研究所博士生导师，长期从事珍稀土著鱼类生态保育与驯养繁殖研究。2007年率领团队首次成功实现滇池金线鲃的人工繁殖，2009年又完成抚仙金线鲃等的人工繁育。目前饲养有云南珍稀土著鱼类30余种，正在规模化开展滇池金线鲃的产业化养殖。

石琼研究员为深圳华大基因研究院海洋平台负责人、深圳华大水产科技有限公司科技副总、深圳市海洋生物基因组学重点实验室主任、中国科学院大学华大教育中心博士生导师，主要开展水产养殖与分子育种、海洋药物和海洋生物工程3个方向的研究工作。除了金线鲃外，还与其它单位联合完成弹涂鱼、石斑鱼和海马等重要海洋经济动物的全基因组测序，并合作组建深圳华大水产科技有限公司来实现高端鱼类的育种、养殖示范与推广，全面开展海洋科技和海洋经济的产学研用一体化发展事务。