全球专家学者齐聚深圳,畅谈基因组标准

201237日,由深圳华大基因研究院和基因组标准协会Genomic Standards ConsortiumGSC)联合举办的第13届基因组标准协会会议在深成功召开。这是该协会首次在中国举办基因组标准会议。来自全球基因组学领域的百余名专家学者参加了本次会议,并从动植物、微生物、生态环境等领域汇报了基因组标准化的最新研究进展,亦对海量基因组数据处理分析、存储交换以及可重复性研究中数据分析处理的标准和政策等问题展开了全方位的讨论。

 

生物信息学是当前生物学领域的研究热点,在基因组数据分析、处理等方面发挥着非常关键的作用。大规模测序是基因组研究的最基本任务,其中每一个环节都与信息分析密切相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙,到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖于基因组信息学的软件和数据库。目前,科研人员可以轻易获取大量的基因序列和完整的基因组图谱,然而,许多基因组学和生物信息学资源都并未能被充分利用,其主要原因是由于不同的表现形式、数据类型及不统一的名称,使得很多数据很难被充分利用。因此,讨论制定基因组学研究中的各项标准和政策迫在眉睫。

 

5日上午8点半,会议在芝加哥大学、阿尔贡国立实验室的Jack A Gilbert教授的主持下正式开始。Jack A Gilbert教授表示很高兴能看到基因组标准协会来到亚洲,与华大基因建立合作,他希望通过大家的共同努力,建立基因组数据分析管理等相关标准,从而促进基因组学的进一步发展。英国生态与水文研究中心的Dawn Field教授向大家介绍了基因组标准协会的目标及已取得的成果,他指出基因组标准协会的主要目的在于推广全球范围内基因组数据的交换与整合,推动基因组学研究的标准化。在报告中,Dawn Field教授还指出测序通量的提高和测序成本的降低使得越来越多的物种的基因组被测序,由此产生了海量的基因组学数据。如何充分利用这些数据将会成为下一阶段科学家们所关注的重点,同时,与其相关的标准、政策的建立也将成为最关键的一步。

 

深圳华大基因研究院执行院长王俊教授结合基因组研究项目实例阐述了华大基因在未来五年内的发展方向和目标。他提到华大基因将召集全球合作伙伴联合开展“3M计划”(“百万动植物基因组计划”、“百万人基因组计划”和“百万微生态系统基因组计划”),旨在破译具有重要经济价值和科研价值的动植物基因组,全面了解与人类进化和疾病相关的遗传机制,解析地球上所有环境中的微生物群落基因组,最终为促进农业应用、人类健康、生态环境保护等奠定坚实的基础。随后,与会者围绕动植物基因组研究、病毒基因组研究、真菌基因组研究、微生态系统基因组研究和宏基因组研究等主题,结合各自研究项目进行了成果分享和交流。一些精彩报告如“牡蛎的基因组组装和功能学研究”、“高通量测序在病毒基因组研究中的应用”、“生物信息学分析系统在真菌进化、功能基因组学及比较基因组学中的应用”等引起了与会者的广泛关注和热烈讨论。本次会议为期三天,在随后的两天里,与会者基于已经完成或正在进行的基因组学研究项目对基因组数据的分析处理和共享管理等问题进行讨论,并深入探讨了全球合作模式。

 

华大基因一直在为实现全球的科研数据共享而努力。据悉,华大基因参与了由牛津大学主导的全球30多家科研机构共同建立一种将生物学各领域产生的大量科学数据进行管理、整合及共享的标准­ISA Commons,该项目进展已于2012127日发表在《自然-遗传学》上。此外,由华大基因和BioMed Central共同创办的《GigaScience》杂志将成为第一个为科研人员提供可选择使用ISA-commons格式提交数据的杂志。在本次会议上,《GigaScience》杂志执行编辑Scott Edmunds表示,“《GigaScience》将基于本次会议开展的一系列讨论及研究成果组织一期专题,希望大家能够积极投稿参与,使这个专题能够成为一个交流的平台,进一步促进数据传播、组织、理解和使用的革新。”此外,他还补充说:“《GigaScience》杂志将会全面覆盖基因组学领域的各类研究,从个体基因组学研究到个体之间的相互作用到在不同环境中生命体如何存在再到我们该如何理解整个生态系统,这也与此次会议的主题相一致,此外,《GigaScience》作为一种全新的期刊模式,也会接收云计算、软件和数据处理以及其他在数据共享等实践方面取得的精彩研究成果,这些对进入“大数据时代”都是至关重要的。”

 

本次会议邀请了芝加哥大学、阿尔贡国立实验室、美国海洋生物研究所、美国国家生物技术信息基因库中心、英国生态与水文研究中心、英国牛津大学、英国曼彻斯特大学和美国马里兰大学等科研院所的众多知名专家作了近60场精彩的专题报告,为与会者带了一场丰富的学术盛宴,同时,也为全球的基因组学领域的专家学者们提供了一个良好的交流平台。