2011年11月15日，华大基因和美国俄勒冈州立大学签署合作协议，宣布双方将共同完成9种植物疫霉菌的全基因组测序和转录组分析工作。据悉，此次合作是疫霉菌基因组测序联盟研究项目的一部分，该联盟计划最终完成疫霉菌的150个基因组和300个转录组测序及分析工作。本次合作开启了华大基因和疫霉菌基因组测序联盟合作的新纪元，旨在通过对所有已发现的植物疫霉菌进行全基因组测序和转录组分析，为植物尤其是农作物疫霉菌类植物病原菌防治提供科研基础。疫霉菌基因组测序联盟由即将上任俄勒冈州立大学基因组研究与生物计算中心主任的国际著名植物病理学家Brett Tyler博士发起，并获得了包含全球12位疫霉菌研究专家的顾问委员会的支持。 疫霉菌（Phytophthora）是一群重要的植物病原菌，由其侵染引起的植物病害统称为“疫病”，该类病菌寄主范围广，传播速度快，能侵染各种林木、果树、花卉、农作物等多种植物，引起植物的叶斑、茎溃疡、枝枯、果腐、根腐以及其他营养器官的腐烂，严重时导致整株死亡，每年疫霉菌侵染引起的植物疫病给马铃薯、棉花、辣椒、大豆等农作物的生产带来严重损失，如1840年代造成爱尔兰大饥荒的马铃薯晚疫病和1990年代美国西海岸的栎树猝死病。由于疫霉菌与绝大多数微生物病原体在生物学上关系较远，普通的杀真菌剂等对疫霉菌基本不起作用，因此，培育具备疫霉菌抗体的新品种植物是应对该病的主要策略。 疫霉菌基因组测序联盟成员之一、南京农业大学的王源超教授介绍说：“疫霉菌基因组测序项目是一个广泛的国际合作项目，已经有来自美国、中国、加拿大、荷兰、瑞士、澳大利亚、瑞典等国家的研究人员参与合作。” 加州大学河滨分校的全球疫霉菌库馆长和委员会成员Michael Coffey博士表示：“我非常高兴能够将全球疫霉菌库的资源用于这个令人兴奋的研究项目。全球疫霉菌库拥有所有已知的疫霉菌类型和经过验证的菌株。” 将于今年12月份加入美国俄勒冈州立大学的Brett Tyler博士表示：“我们对于能够携手华大基因共同发起疫霉菌基因组测序联盟感到非常高兴。基于华大基因在基因组测序，转录组研究和生物信息分析方面的专业技能及其在植物基因组研究的丰富经验，我们期望我们的合作能够实现更大的突破，为各种植物尤其是农作物的病虫害防治提供新手段、开辟新途径。” 华大基因主席杨焕明教授说：“我们非常期待能够与美国俄勒冈州立大学及其他加入疫霉菌基因组测序联盟的成员共同合作完成这个非常重要的项目，由华大基因完成的全基因组测序、转录组分析的相关数据和结果将会与疫霉菌基因组测序联盟的成员共享。我们相信通过分工协作，所有的联盟参与者将高效且低成本的获得巨大的收益，并加速植物病原菌的基因组研究进程。”

11月12日，中山大学逸仙大讲堂——生物医药行业标杆企业参访团一行来到深圳华大基因研究院参观学习，参观中，学员们详细了解了华大科学发展道路、标志性的科研成果、技术体系、国家基因库、健康服务、生物育种、社会责任与民生项目、人才培养与教育规划等内容。随后，汪建院长为学员讲授基因计划。 毫无疑问，汪建教授领导的华大基因是这个领域的王者，他的演讲风格更将他的个性体现的淋漓尽致。在下午的讨论中，汪教授从人类最本质的生、老、病、死各个阶段为案例，从生产、生活、降解三个阶段的特征出发，为学员们精彩演绎了基因图谱能够为人类社会创造的巨大价值，“我就是一个算命先生，但是我们的准确率能够达到80%以上，你们CEO班的学员过来，我给你们免费测算基因图谱”，“我们的目标就是像麦当劳、肯德基那样在全世界各地组建机构进行基因测序，让人类的生活更健康”，汪院长用英文表达了他领导的华大基因的宏伟愿景——Better Design, Better Life, Better World，幽默及睿智的表达中，学员们瞬时理解了汪建，了解了华大基因，更加对生物医药行业有了深入的了解。 带着对新兴领域发展的思索，对自身企业发展的借鉴，本期中山大学逸仙大讲堂——生物医药行业标杆企业参访也取得了圆满的成功。

2011年11月14日，在第六届国际基因组学大会（ICG-6）上，华大基因与美国约翰·霍普金斯大学签署了《人工合成酵母基因组研究与教育合作协议》，宣布双方将联合开展人工合成酵母基因组研究，并希望能在人工酿酒酵母基因组的构建方面取得更多的突破。据协议，华大基因的研究人员还可到霍普金斯大学进行实习培训，学习合成生物学方面的专业知识。 深圳华大基因研究院主席杨焕明教授、霍普金斯大学医学院分子遗传生物学系Jef Boeke教授、霍普金斯大学高通量生物学中心Joel Bader副教授和蔡毅之博士、华大基因合成生物学平台负责人沈玥、美洲华大科技合作副总裁Ruth Kaucher博士、美洲华大市场部总监Joyce Peng博士等人出席了本次签约仪式。 合成生物学是建立在基因组学、生物信息学、系统生物学等学科基础之上的现代生物科学，是后基因组时代生命科学研究的新兴领域。早在本世纪初，它就已经成为现代生命科学的研究热点，2004年《技术评论》认为“合成生物学”将成为改变世界的十大技术之一；2005年《自然》杂志又刊发专刊介绍生物合成学科的进展。2010年《科学》杂志刊登了题为《首个由化学合成基因组控制的细菌被合成》的文章，文章作者克雷格·文特尔还曾预言合成生物学可以直接带来亿万美元的生物产业。目前，合成生物学在药品、能源、食品生产等方面的产业化应用已初现端倪，美国两家企业已开始使用人工细菌生产生物燃料，制药公司赛诺菲－安万特公司已经获准使用合成生物学改造的啤酒酵母生产青蒿素。 在合成生物学研究中，酿酒酵母基因组人工合成计划（SC2.0 Project）是人类首次尝试改造和从头合成真核生物。研究人员把经过设计的人工合成染色体导入酿酒酵母中，并保证带有人工合成染色体的酵母菌仍能够正常存活。该项工作的完成将阐明一系列如染色体基本特性、RNA剪接功能以及其基因组构成和进化等科学问题。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）作为最简单和第一个完成全基因组测序的真核生物，是人们了解得最全面的生物系统之一，被广泛应用于生物降解、食品加工、医药等领域，这使得它成为合成生物学研究的最理想的模式生物。 “通过SC2.0这个项目，我们不仅能够尽快地了解合成生物学相关技术，同时还可以更加透彻地了解机体的生命系统，如生物学机制、生物学反应、对各种环境的适应性以及进化过程等。目前，研究人员可以通过新一代高通量测序技术更快、更有效地检测及鉴定各种合成生物和合成系统，这对基因工程在化学的应用和对人类健康和环境的维护具有非常重要的意义。”华大基因沈玥指出。 华大基因主席杨焕明院士说：“合成生物学是一个新兴的研究领域，为研究人员深入探索生命科学发展新思路提供了一个独特的机会。约翰霍普金斯大学在合成生物学研究方面具有丰富的经验和精湛的专业技能，华大基因则具有世界领先的基因组学研究实力，我们相信在未来的合成生物研究中我们一定能够取得更大的突破。”

2011年11月9日，武汉华大基因与郑州市中心医院正式签署了合作协议。华大基因华中区负责人牟峰、郑州市中心医院党委书记、院长郝义彬分别在合作协议上签字，河南省卫生厅企业处处长张超，郑州市中心医院副书记李占营、副院长王彦军、科教科科长李瑞、内分泌科主任李清楚及医院所有科室主任及护士长出席了签约仪式。双方将联手开展无创产前基因检测、HLA高分辨分型、宫颈癌HPV检测、乙肝病毒HBV耐药基因检测、单基因病检测等项目的普及运用，把生物基因新技术运用到百姓生活中。 签约发布会上，郝义彬院长高度评价了华大基因在生物基因领域的发展与成就，并形象地描述到，此次与武汉华大基因的联手就像天宫一号与神八飞船的对接。双方的合作为郑州人民带来了福音。负责人牟峰表示，武汉华大基因将继续秉承“让所有移植者安享HLA高分辨配型、让所有妇女早筛HPV远离宫颈癌、让所有产妇无创检测不产唐娃娃”的理念，与郑州市中心医院共同将生物基因新技术普及运用到郑州人民生活中，后期双方将继续在单基因病检测、宫颈癌HPV检测等领域开展深度合作。 据了解，郑州市中心医院创建于1954年10月，是成为郑州市首家三级甲等综合医院。该院是集医疗、教学、科研、预防和康复于一体，具有浓郁特色的现代化大型综合三级甲等医院，在郑州市卫生系统和广大市民心目中树立了优质服务、规范管理、医患和谐的新典范。

2011年11月12日，华大基因生物信息学软件及数据发布会在深圳大梅沙东部华侨城茵特拉根酒店隆重举行。这是华大基因继今年7月份生物信息学软件发布会之后，举办的第二届生物信息学软件发布会。在发布会上，研发人员向大家详细介绍了最新版的生物信息学软件的性能和优势，包括最新版SOAP系列软件、遗传变异检测软件、宏基因组测序数据分析软件Metacluster 4.0及两个基于云计算的软件Hecate 2和Gaea 2。来自全球的100多位基因组学和生物信息学专家学者参加了本次发布会。 下午3点半，会议在华大基因杨碧澄博士的主持下正式开始。香港大学的Tak-Wah Lam教授对SOAP3（Short Oligonucleotide Alignment Program短寡核苷酸分析软件包）的优势和应用进行了详细的阐述：“SOAP3是基因组学领域领先的GPU（Graphics Processing Unit）加速软件包，其性能比SOAP2提升了10倍-30倍，能够在几十秒的时间内完成一百万条长度为100bp的序列比对。如今生物信息学已经成为基因组学研究中强有力且必不可少的研究手段，高效、快速的生物信息软件必将会大大促进研究学者在生物学领域取得更大的科学突破。” 据悉，华大基因不断开发新的算法，紧密跟踪GPU计算等先进技术，在提高计算能力的同时降低功耗，力图做到绿色高效能计算，以前需要90个小时完成的数据分析工作现在只需要6个小时就可以完成。香港科技大学的卢冕博士向大家介绍了他与华大基因在计算软件共同研发方面取得的成就，他指出：“基于GPU平台，我们同华大基因共同开发了用于遗传变异检测的GSNP和GAMA。原本使用SOAPsnp需要3天才能完成的人类基因组数据分析，GSNP在2个小时之内就能完成。此外，GAMA在2天内可以完成1000个人的等位基因频率估算，以前则需要1年多的时间。”随后，香港大学的Sim-Ming Yiu教授分析了宏基因组测序数据分析的常用方法以及在宏基因组测序数据分类分析中出现的问题和困难，并对比介绍了Metacluster 4.0的优势。华大基因的彭智宇和谢寅龙分别对转录组测序中可变剪切检测软件SOAPsplice、融合基因检测软件SOAPfusion和转录组测序从头组装软件SOAPdenovo_trans的性能和优势进行了详细的介绍。 奥胡斯大学的李胜霆介绍了SOAPindel 的使用，他表示：“SOAPindel 主要应用于pair-end 短序列测序中插入/缺失突变的检测，通过模拟数据分析验证，SOAPindel具有较高的灵敏度和特异性，而且可以检测到20-100bp较长片段的插入/缺失突变。” 华大基因弹性计算中心研发主管向伟向大家介绍了华大基因的两个基于云计算的软件Hecate和Gaea升级版，他解释说：“这两款新软件主要应用于新一代测序数据软件分析服务，为基因组从头测序和重测序提供弹性计算解决方案，由于两者都具有灵活且扩展性强的特点，因此将此种处理方式命名为弹性计算。如今DNA测序技术成本的下降幅度远远高于测序数据成本，云计算已成为基因组学研究领域中的一个日趋重要的工具或服务。基于云计算的软件服务给研究者提供了分析数据的平台，大大提升了运行速度并降低了成本，他们不再需要自己购买计算机集群即可完成海量数据的分析处理。” 在发布会的最后，由华大基因（BGI）和BioMed.Central（简称BMC，生物医学中心）共同主办的学术期刊杂志——《GigaScience》，首次公布其大型数据库GigaDB（http://GigaDB.org）及其现已公布可免费访问的17个可引用数据库，包括谷子、甜高粱和高粱、土豆、白菜、黄瓜、木豆、三种蚂蚁、蛔虫、裸鼹鼠、绵羊、家蚕和野蚕、藏羚羊、亚洲人（全基因组、转录组和甲基化），使用者可以像使用其他数据库（如NCBI等）一样对其进行访问。GigaScience首席主编Laurie Goodman说：“GigaDB已采用数字对象唯一标识符 （DOI）进行标识，在论文发表在相关学术杂志之前就可以获得数据库中的绝大多数信息，这可以使整个科学界在第一时间共享相关数据信息，省去了从数据产生到文章发表的时间，极大地促进了数据的快速发布及传播。” 面对在基因组学研究中分析处理的数据量的迅猛飙升，华大基因正不断地在高性能计算领域内开发可以处理海量生物信息数据的硬件和分析软件。华大基因信息生产中心在2011年6月20日举办的国际超级计算机大会（International Supercomputing Conference，ISC11）上，荣获由国际数据公司（International Data Corporation，IDC）公布的首届“高性能计算创新优秀奖”（HPC Innovation Excellence Award），寓意着深圳华大基因高性能计算和应用能力已经处于国际先进水平，引领国内生物领域高性能计算的行业发展。华大基因目前在深圳、香港、北京、杭州和武汉拥有数个大型生物信息学超级计算中心，存储系统超过10PB（petabytes），总计算能力为156TFlops，现在正向1000TFlops（即1PFlops）甚至更高的计算性能快速前进。

2011年11月11日，上海华大基因开幕典礼在上海时代医创园隆重举行。上海市浦东新区经信委主任吴泉国、浦东新区科委副主任蔡龙海、浦东药监局副局长张伟等领导，科学界中国工程院院士王红阳、中国科学院院士刘新垣、同济大学科技处副处长张军博士等，上海市相关药厂负责人，深圳华大基因研究院行政总裁黄胜全、科技合作事业部总裁尹烨、临检中心负责人杨玲、医学健康事业部负责人易鑫、上海华大基因负责人杨晓楠等及多家媒体人士共同见证了上海华大基因诞生的历史性时刻。 据了解，2010年12月13日，华大基因与上海国际医学园区在香港签署了合作框架协议，2011年5月正式成立注册上海华大基因科技有限公司。 开幕典礼上，浦东新区科委副主任蔡龙海先生代表浦东新区首先致辞，他衷心希望上海华大基因能够为构建浦东区域性产学研协同创新机制的示范体发挥积极的作用，为上海创新型城市的建设作出重要贡献。同时，他强调，上海华大基因正式落户上海国际医学园区，必将依托于世界领先的基因测序和信息分析的核心能力，依托于上海的以国家级研究中心为核心的现代生物科技创新体系，高素质的人才优势、完备的城市基础设施、领先的城市信息化设施、有力的地方政府支持等综合优势，专注于技术研发和医学临床服务。 上海华大基因负责人杨晓楠首先诚挚感谢大家拨冗参加这一庆典、见证华大基因在华东片区开启的新征程，他说，在上海华大成立后这些日子里，我们陆续启动了基于《胎儿染色体非整倍体无创基因检测》项目的上海市科委“2011年创新技术合作企业联盟”的申报、立项工作、华大基因-同济大学“临床遗传学”创新班的筹备工作。今天，这些工作均已启动并积极向前推动，在这领导、朋友欢聚一堂的日子里，上海华大将迈进在上海产学研全面发展的新征程。今后，上海华大的发展将以基因组测序和生物信息分析科技平台为基础，高效地服务于上海市的公众健康、医疗卫生事业。 上午11时11分,浦东新区科委副主任蔡龙海、中国科学院院士刘新垣、上海市浦东新区经信委主任吴泉国、华大基因行政总裁黄胜全、上海华大基因负责人杨晓楠、同济大学科技处副处长张军、浦东国际医学园区副总经理王永茂共同为上海华大基因开幕剪彩。现场掌声雷动，一片欢悦。 据相关负责人介绍，2007年7月华大基因Sanger测序平台正式入驻上海，为上海、江苏、福建及山东地区的大学、医药公司、医院等科研机构提供Sanger测序和生物信息分析的科研服务。经过几年的发展，上海华大的生产平台已经由最初的4人团队，迅速发展成现在的50多人的团队，实验室由最初的100㎡发展到1000㎡的标准测序实验室，3台3730测序仪高饱和度运转。2011年上海华大基因正式落户上海国际医学园区，日前，3台Hi-seq高通量测序仪也已完成了调试并正式投入使用。 至此，上海华大基因拥有了一代、二代高通量测序设备，结合华大基因整体的生物信息分析核心能力，可以立足当地，同时为长三角的科研院所、医药公司研发和临床医学研究提供科研服务，以此作为科学和产业完美结合的新型产业发展模式，为华东的社会经济建设和民生服务工程起到示范性的引领作用。这些都将推动生物科技在医疗健康领域的应用，实现科技惠民的目标。

2011年11月10日下午，罗湖外语学校副校长张汉亮、教务主任赵钦一行来访华大基因。华大基因研究院总裁助理、人力资源与教育总监殷波、人才培养中心合作交流组（国内）负责人彭凤琴、人才培养中心教育顾问郭肇铮等予以热情接待。 来宾参观了华大展厅，重点了解了华大创新型人才培养情况，张汉亮副校长对华大在生物科普、生物资源保护方面的贡献及人才教育培养表示高度的赞扬与认可。 在座谈会上，来宾指出，深圳市的鹏城英才培养计划，鼓励高中与高校、科研机构合作，探索创新型人才培养模式和机制，罗湖外语学校是深圳市首批创新型人才培养试点学校之一，此次来访希望与华大建立创新人才联合培养，培养生物领域创新型人才。 随后，双方就人才培养方向的如何优势结合等内容进行了深入探讨。

2011年11月8日，由英国研究理事会、英国贸易投资总署、广州开发区管委会共同主办的“中英生物科技之桥项目”对接会在广州翡翠皇冠假日大酒店顺利召开。 英国驻广州总理事摩根，英国贸工部顾问、英国贸易投资总署生命健康领域全球研发负责人杜建盛博士，广州开发区管委会副主任、广州市萝岗区委常委、常务副区长李红卫，广州开发区科信局副局长朱平，广州国际生物岛科技投资开发有限公司总经理汤敏超分别为对接会开幕致辞。出席本次会议的还有各大生物科技企业、科研院所、金融投资机构、高效生物工程院系、广州各大医院及媒体代表。华大基因研究院副总裁张秀清教授、华南区第二负责人彭智宇等作为入围项目负责人出席此次会议。 据了解，“中英生物科技之桥项目”是由英国政府直接资助的开放式项目。受英国政府委托，英国布莱福德大学先后与广州开发区管委会及广州国际生物岛科技投资开发有限公司签订合作备忘录。本项目旨在通过简洁、务实、创新的模式，加强英国生物产业技术、人才、资本乃至具体项目与广州的对接，项目的征集范围主要围绕生物科技以及生物医药领域。 华大基因产前诊断项目作为入围项目之一，由我院张秀清教授在会上围绕项目背景、现有基础、研究目标、研究内容、预期成果及考核指标等内容做了相关汇报。张秀清教授表示，希望能借此机会与英方同仁达成共识，在出生缺陷领域展开合作研究。此次参会，无疑将会给华大产前诊断项目带来崭新的国际合作机遇。

2011年11月9日，华大基因与美国费城儿童医院（The Children’s Hospital of Philadelphia）联合宣布建立合作伙伴关系，并将在费城儿童医院共建“华大基因-费城儿童医院联合基因组学中心”（BGI@CHOP Joint Genome Center）。双方希望通过大规模基因测序和生物信息学分析，能够找到与罕见和常见儿科疾病相关的致病基因，为儿科疾病的临床诊断、治疗提供新思路。 费城儿童医院建于1855年，是美国第一所公立儿童医院，它拥有世界一流的医疗团队和庞大的儿科疾病数据库；而华大基因则拥有先进的高通量测序技术平台和强大的生物信息分析能力。在此次合作中，双方将充分发挥各自优势，为科学家和临床医生提供更多有价值的生物学数据，从而为提高人类的健康水平做出贡献。 费城儿童医院应用基因组学中心主任Hakon Hakonarson博士说：“费城儿童医院拥有全球最大规模的儿科疾病生物数据库。其中大多数样本的信息已通过电子病历与临床数据相连接，我们可以将儿童病患的情况追踪至成人期。此次与华大基因和合作，让我们走上了基因组为基础的个体化医疗的通畅之路。” 费城儿童医院的首席科学家Philip Johnson博士说：“我们非常高兴能与华大基因合作，这两个世界级的研究机构的合作是非常理想的。通过此次合作，我们希望能够寻找到新的儿科疾病诊断和治疗的方法为患儿及其家庭带来幸福，而本次合作将会是我们朝向这个目标迈出的第一步。” 美洲华大负责人王学刚博士表示：“通过与费城儿童医院的合作以及双方共建的联合基因组学中心，我们期望此次合作能在儿科疾病研究中取得重大突破，为世界各地的儿童患儿带来福音。” 深圳华大基因执行院长王俊博士说：“华大基因与费城儿童医院的合作，正所谓是强强联合，必将会极大地推动儿科疾病基因组学研究的发展，加速罕见和常见儿童疾病的致病机理的发现。”